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A-M Farnet

Enseignant-Chercheur- Habilitée à Diriger les Recherches

Institut Méditerranéen de Biodiversité et d’Ecologie Marine et
Continentale (IMBE)
IMBE - UMR CNRS 7263 - IRD 237
Campus Etoile
Case 441 Avenue Escadrille Normandie Niemen 13397 Marseille Cedex 20

+33 4 91 28 81 90
anne-marie.farnet-at-imbe.fr
a-m.farnet-at-univ-amu.fr

Fiche professionnelle


Biosketch

Microbiologiste et biochimiste de formation, j’ai mis ces compétences au service de l’écologie depuis plusieurs années en essayant notamment d’élucider certains mécanismes fonctionnels microbiens au sein des sols et litières et de proposer des méthodes analytiques robustes pour les écologues (activités enzymatiques) ou de prendre en considération des paramètres cruciaux peu envisagés jusqu’alors (activité de l’eau)......

ce n’est qu’un partie de mes activités de recherche donc rendez vous sur la rubrique ’communication’ ou ’recherche’ pour plus d’informations !......


CV

Recrutement au sein d’Aix Marseille Université et rattachée à l’IMBE, UMR CNRS 7263 en septembre 2000 en tant que Maitre de conférences}

Fonction passée  : ATER à Aix-Marseille Université de janvier 1999 à septembre 2000

Formation universitaire

novembre 2011 : Habilitation à Diriger les Recherches, Transformation microbienne de la matière organique récalcitrante d’origine végétale et de certains polluants aromatiques en contexte méditerranéen. Rôle fonctionnel du polymorphisme des laccases fongiques.
JURY : Pr Ph. Goulas, Université de Pau et du Pays de l’Adour, Rapporteur, Pr. G. Saucedo, UAM, Mexico, Mexique, Rapporteur, Dr C. Steinberg, DR INRA, Dijon, Rapporteur, Dr J.M. Savoie, CR INRA, Bordeaux, Examinateur, Dr D. Guiral, DR IRD, Marseille, Examinateur, Pr Th. Tatoni, Université Aix Marseille, Examinateur.

1994-1998 : Doctorat en sciences, spécialité Microbiologie
Variabilité phénotypique et génétique chez Marasmius quercophilus, basidiomycète colonisant une litière de chêne vert’ ,Soutenue le 18 juin 1998, à l’Université Paul Cézanne, Aix-Marseille III.
JURY : M. BARBERO Pr Aix-Marseille III, Examinateur, Président du Jury, J.C. DEBAUD, Pr Lyon I, Rapporteur, J.M. OLIVIER, DR INRA Bordeaux, Rapporteur, C. CHAIX, Pr Aix-Marseille III, Examinateur
F. GOURBIERE, CR Lyon I, Examinateur, J. LE PETIT, Pr. Aix-Marseille III (Directeur de thèse).

1993-1994 : DEA Chimie de l’environnement et santé, Option Santé
‘Différences phénotypique (antibiotypie, biotypie) et génétique (ribotypage, RAPD) entre souches de Stenotrophomonas maltophilia isolées dans divers écosystèmes’ Laboratoire de Microbiologie, Hygiène et Epidémiologie Hospitalière du Professeur De Micco (Hôpital Salvator, Marseille), Université Aix-Marseille II.


Thématiques de recherche

Principales thématiques : processus fonctionnels microbiens impliqués dans les cycles biogéochimiques au sein des litières et sols, vulnérabilité des communautés microbiennes aux stress liés aux changements climatiques et hiérarchisation de facteurs environnementaux structurant cette vulnérabilité (empreinte littorale, étage bioclimatique...), potentialités de détoxification des milieux naturels contaminés par des polluants aromatiques via certaines enzymes fongiques (phénoloxydases).

Activités de recherche déclinées à travers l’encadrement doctoral et les projets nationaux et internationaux

Encadrement doctoral

Bénéficiaire de la Prime d’Encadrement Doctoral et de Recherche de 2004 à 2012 et de la Prime d’Excellence Scientifique depuis octobre 2012

-Thèses co-encadrées
Co-encadrement à 50%

- Caroline Brunel, (2012-15) Co-direction Gros-Farnet, Identification des pratiques sylvicoles atténuant les effets du changement climatique via la dynamique des fonctions microbiennes liées aux stocks de carbone dans les sols, Bourse ADEME Région PACA

- Nathalie Boukhdoud, (2012-15), Co-direction Gros-Farnet et en collaboration avec Thalal Darwish, (DR, Remote Sensing Center, Beyrouth) ‘Dynamique des stocks de carbone dans les sols : identification des usages et pratiques atténuant les effets du changement climatique en région méridionale méditerranéenne’, Bourse CNRS libanais.

- A.C. Chèvremont, (co-directeur Dr. J.L. Boudenne, MCF HDR, Université de Provence), Réutilisation d’eaux usées par LED-UV : impacts sanitaires et environnementaux, Financement Région PACA. Début de thèse en octobre 2009. Soutenance 18 décembre 2012.
Situation actuelle : Post doctorante projet SATT

- L. Qasemian, (co-directeur Dr. D. Guiral, DR IRD), Caractérisation du potentiel de dégradation de matières organiques naturelle (litières) et anthropique (HAP) par les communautés microbiennes issues du milieu littoral méditerranéen, Co-financement ADEME-Région PACA, Début de thèse octobre 2008. Soutenance le 2 février 2012.
Situation actuelle : ATER Université de Montbéliard

- C. Coquet, (co-directeur Dr. E. Ferré, MCF HDR, Aix-Marseille III), Valorisation de molécules extraites d’essences végétales méditerranéennes en cosmétologie, soutenance le 26 septembre 2006. Bénéficiaire d’une bourse CIFRE.
Situation actuelle : CDI dans la Société Vincience (Sophia Antipolis, France).

- M. Velazquez-Cedeno (co-directeur Dr. J.M. Savoie, CR HDR, INRA, Bordeaux) : Compétition entre Pleurotus ostreatus et Trichoderma spp. en culture sur paille de blé : rôles des communautés bactériennes du substrat et des laccases de Pleurotus. Soutenue le 4 novembre 2005. Bénéficiaire d’une Bourse CONACYT.

- MASTERS RECHERCHE ET PRO (R. Besbes, J. Sespedes, C. Brunel, N. Boukhdoud, L. Qasemian, A.C. Chevremont, F. Peter-Valence M. Velazquez-Cedeno, E. Pocachard)

Projets de recherche

#Projet EC2CO MICLIMED
. 2013-2015. Impact d’un gradient d’aridification et de l’empreinte littorale sur la dynamique de décomposition de litières de Pinus halepensis et Pistacia lentiscus à l’échelle du circum Méditerranéen. Responsable du projet.

#ANR AGASUB (fev. 2010 - mars 2013). Programme Blanc International, France-Mexique), ‘Biology of the gourmet and medicinal mushroom Agaricus subrufescens , development of its cultivation and of new products of therapeutic interest or for diseases prevention’, A.M. Farnet leader of Work package2 (80 000 €).

#Programme ECOS NORD (Mexique), 2014-18, Prétraitement biologique de matériaux lignocellulosiques (bagasse de canne à sucre) et fermentation-saccharification simultanées pour une production optimisée de bioéthanol, coordinatrice française A.M Farnet (MCF HDR AMU) en partenariat avec l’Instituto de Biotecnología y Ecología Aplicada, Universidad Veracruzana, Mexico. Implication des membres de l’équipe : E. Ferré (MCF HDR), F. Ruaudel (TC).

#Programme Jeune Equipe AIRD, 2013-16, coordinatrice Dr. I. Gaime Perraud (CR IRD), Diversification de la technologie de culture de Pleurotus sp à Cuba et sa diffusion dans la zone Caraïbe, AM Farnet (responsable de la caractérisation biochimique de la biomasse fongique et des activités phénoloxydases associées). Implication des membres de l’équipe : E. Ferré (MCF HDR), F. Ruaudel (TC).

# Programme Société d’Accélération et de Transfert de Technologie Sud Est : Nouveau procédé de désinfection des eaux usées par couplage UV-A et UV-C, Co-responsable A.M. Farnet et J.L. Boudenne, en collaboration avec la Société BMES (Lyon) et la SATT Sud Est, financement du post-doctorat d’Anne Céline Chevremont.

# EPUROLED Efficacité et innocuité de diodes électroluminescentes ultraviolettes pour le traitement des eaux usées, Programme INGECOTECH : Chimie pour le Développement Durable, CNRS (2010-2011)

# Programme DIREN Guyane ‘Biodiversité marine’, 2009-2012, Coordinateur D. Guiral (DR IRD)

# Contrat de Recherche IMEP /Société Naturatech, 2009-10, 25 000 €, Coordinatrice A.M. FARNET

# Contrat de Recherche IMEP /Société Aquaprox, 2008, 18 000 €, Coordinatrice A.M. FARNET

#Contrat de Recherche IMEP /Fédération Française de Trufficulture, 2008, 15 000€, co-responsabilité avec le Dr. R. Gros (MCF, IMEP).


# Projet SEMAT, ‘Système d’Epuration par Macrophytes en Terre’
2003-2006 Partenaire Financier : Ministère de la Recherche, Coordinatrice Dr P. PRUDENT UMR Chimie Provence, Coordinatrice du projet en écologie microbienne A .M. FARNET 45 000 euros.


Activités d’enseignement

Enseignement, formations


Publications

Publications indexées à comité delecture
42.HERNANDEZ C., FARNET DA SILVA A.M., ZIARELLI F., PERRAUD-GAIME I., GUTIERREZ-RIVERA B., GARCIA-PEREZ J.A., ALARCON E., 2016, Laccase induction by synthetic dyes in Pycnoporus sanguineus and their possible use for sugar cane bagasse delignification, Appl. Microb. Biotechnol., 1-13

41. NEHMTOW J, RABIER J, GIGUEL R, COULOMB B, FARNET AM, PERISSOL C, ALARY A, LAFFONT-SCHWOB I 2016, Evaluation of an integrated constructed wetland to manage pig manure under Mediterranean climate. Environ Sci Pollut Res, 23 : 16383-16395.

40. BOUKHDOUD, N., GROS, R., DARWISH, T., FARNET DA SILVA A. M. *, 2016, Effect of agricultural practices and coastal constraints on soil microbial functional properties in Mediterranean olive orchards, European Journal of Soil Sciences, 67 : 470-477

39. FARNET DA SILVA, A.M , BOUKHDOUD, N., GROS R., 2016, Distance from the sea as a driving force of microbial communities under water potential stresses in litters of two typical Mediterranean plant species, Geoderma, 269:1-9.

38. HERNÁNDEZ C., SANDOVAL N., MALLERMAN J., GARCÍA-PÉREZ J., FARNET A.M., PERRAUD-GAIME I., ALARCÓN E., 2015, Ethanol induction of laccase depends on nitrogen conditions of Pycnoporus sanguineus Electronic Journal of Biotechnology 18 (4) : 327-332. doi:10.1016/j.ejbt.2015.05.008.

37. QASEMIAN L., GUIRAL, D., FARNET A.M., 2014, How do microlocal environmental variations affect microbial activities of a Pinus halepensis litter in a Mediterranean coastal area ? Science of the Total Environment. 496 : 398-205. (IF=3.163, Q1)

36. FARNET A.M., QASEMIAN L., PETER-VALENCE F., RUAUDEL F., SAVOIE J.M., ROUSSOS S., GAIME-PERRAUD I., ZIARELLI F. and FERRE F.,2014, Do spawn storage conditions influence the colonization capacity of a wheat-straw based substrate by Agaricus subrufescens ?CRAS/Biology. 337 : 443-450. (IF=1.632 Q2)

35. CHEVREMONT, A.-C., BOUDENNE,J.-L., COULOMB, B., FARNET, A.-M.,2013, Fate of carbamazepine and anthracene in soils watered with UV-LED treated wastewaters. Water Research. 47 : 6574-6584
(IF=4.655 Q1)

34. FARNET A.M.*, QASEMIAN L., GIL G. AND FERRÉ E., 2013, The importance of water availability in the reaction equilibrium of hydrolases in forest litters from a Mediterranean area : a study on lipases, European Journal of Soil Science, 1-6.(IF=2.651 Q1)

33. LLARENA-HERNÁNDEZ R.C., LARGETEAU M.L., FARNET A.M., FOULONGNE-ORIOL M., FERRER N., REGNAULT-ROGER C., SAVOIE J.M., 2013, Potential of European wild strains of Agaricus subrufescens for productivity and quality on wheat straw based compost, World Journal of Microbiology and Biotechnology. 29:1243-1253.(IF=1.262 Q3)

32. FARNET, A.M.*, QASEMIAN, L., PETER-VALENCE, F., SAVOIE, J. M., RUAUDEL, F., F., FERRÉ , E.,2013. Capacity for colonisation and degradation of horse manure and wheat-straw- based compost by different strains of Agaricus subrufescens during the first two weeks of cultivation, Bioresource Technology. 131, 266–273. (IF=4.750 Q1).

31. CHEVREMONT, A.-C., BOUDENNE,J.-L., COULOMB, B., FARNET, A.-M.,2013, Impact of watering with UV-LED-treated wastewater on microbial and physico-chemical parameters of soil. Water Research, 47, 1971-1982.(IF=4.655 Q1)

30. QASEMIAN, L., BILLETTE, C., GUIRAL, D., ALAZARD, E., MOINARD, M., FARNET, A.-M., 2012, Halotolerant laccases from Chaetomium sp., Xylogone sphaerospora, and Coprinopsis sp. isolated from a Mediterranean coastal area, Fungal Biology, 116, 1090-1098.

29. QASEMIAN, L., GUIRAL, D., ZIARELLI, F., RUAUDEL, F.AND FARNET, A.M., 2012, Does anthracene affect microbial activities and organic matter decomposition ? A comparative study in Pinus halepensis litters from Mediterranean coastal and inland areas, Chemosphere, 89, 548–555. (IF=3.05, Q1).

28. CISSOKHO, I., FARNET, A.-M., FERRÉ, E., BERTRAND, M.P., GIL, G. AND GASTALDI, S., 2012, Enzyme-triggered Radical Reactions : Another Approach For Tin-free Radical Chemistry, Chimia, 66, 435-438. (IF=1.58, Q2)

27. CHEVREMONT, A.-C., FARNET, A.-M., COULOMB, B., BOUDENNE, J.-L., 2012, Effect of coupled UV-A and UV-C LEDs on both microbiological and chemical pollution of urban wastewaters, Science of the Total Environment, 42, 304-310.(IF=3.190, Q1).

26. QASEMIAN, L., GUIRAL, D., ZIARELLI, F., VAN DANG, T. K., FARNET, A.M., 2012, Effects of anthracene on microbial activities and organic matter decomposition in a Pinus halepensis litter from a Mediterranean coastal area, Soil Biology and Biochemistry, 46, 148-154. (IF=3.242, Q1).

25. CHEVREMONT, A.C., FARNET, A.M., SERGENT, M., COULOMB, B., BOUDENNE, J.L., 2012, Multivariate optimization of faecal bioindicator inactivation by coupling UV-A and UV-C LEDs, Desalination, 285, 219-225 . (IF=1.851, Q1).

24. PETER-VALENCE, F., LLARENA –HERNANDEZ, C., LARGETEAU, M., SAVOIE, J. M., RUAUDEL, F., ZIARELLI, F., FERRÉ , E., FARNET A.M.*, 2011, Chemical characterization of the biomass of edible medicinal mushroom, Agaricus subrufescens, via solid-state 13C NMR, Journal of Agricultural and Food Chemistry, 59, 8939–8943. (IF=2.816, Q1).

23. QASEMIAN, L., GUIRAL, D., BELGHAZI, M., GROS, R., ALAZARD, E., FERRE, E. and FARNET A.M., 2011, Identification of various laccases induced by anthracene and contribution to its degradation in a Mediterranean coastal pine litter, Chemosphere, 84, 1321-1328. (IF=3.155, Q1).

22. FARNET, A.M.*, CHEVREMONT, A.C., GIL, G., GASTALDI, S, FERRE, E., 2011, Alkylphenol oxidation with a laccase from a white-rot fungus : Effects of culture induction and of ABTS used as a mediator , Chemosphere, 82, 284-289.(IF=3.05, Q1)

21. FARNET, A.M.*, FERRE, E., GIL, G., GASTALDI, S., 2010, A new substrate to measure laccase activities in complex environments : application to litters, Soil Biology an Biochemistry, 42, 1001-1005 (IF=3.242, Q1).

20. FARNET A.M.*, QASEMIAN L., GOUJARD L., GIL G., GUIRAL D., RUAUDEL F., FERRE E., 2010, A modified method based on p-nitrophenol assay to quantify hydrolysis activities of lipases in litters, Soil Biology an Biochemistry, 42:386-389. (IF=3.242, Q1).

19. FARNET A.M.*, QASEMIAN L., GUIRAL D., FERRE E.,2010, A modified method based on arsenomolybdate complex to quantify cellulase activities : application to litters. Pedobiologia,53, 159-160.

18. FARNET A.M.*, PRUDENT P., ZIARELLI F., DOMEIZEL M., GROS R. 2009, Solid-state 13C NMR to assess organic matter transformation in a subsurface wetland under cheese-dairy farm effluents. Bioresource Technology, 100 : 4899-4902 (IF=4.45 Q1)

17. GOUJARD L., FERRE E., GIL G. RUAUDEL F., FARNET A.M.* 2009, A method to quantify transesterification activities of lipases in litters, Journal of Microbiological Method, 78:127-130. (IF=2.00 Q2)

16. FARNET A.M.*, GIL G., RUAUDEL F., CHEVREMONT A.C. , FERRE E. 2009, Polycyclic aromatic hydrocarbon transformation with laccases of a white-rot fungus isolated from a Mediterranean schlerophyllous litter. Geoderma, 149 : 247-271. (IF=2.07 Q1)

15. C.COQUET, E. FERRE, D. PEYRONEL, C. DAL FARRA, FARNET A. M.*, 2008. Identification of new molecules extracted from Quercus suber L. cork, Compte Rendu de l’Académie des Sciences, Sciences de la Vie/Life Sciences, 331:853-858. (IF=1.632 Q2)

14. VELAZQUEZ-CEDENO M., FARNET A.M.*, G. MATA, J.-M. SAVOIE, 2008. Role of Bacillus spp. in antagonism between Pleurotus ostreatus and Trichoderma harzianum in heat-treated wheat-straw substrates, Bioresource Technology, 99 : 6966-6973. (IF=4.45 Q1)

13. FARNET A.M.*, PRUDENT P., CIGNA M., GROS R., 2008. Soil microbial activities in a constructed reed-bed under cheese-dairy farm effluents, Bioresource Technology, 99 : 6198-6206. (IF=4.45 Q1)

12. FARNET A.M.* GIL G., FERRE E., 2008. Effects of pollutants on laccase activities of Marasmius quercophilus, a white-rot fungus isolated from a Mediterranean schlerophyllous litter, Chemosphere, 70 : 895-900. (IF=3.05, Q1)

11. VELAZQUEZ-CEDENO M., FARNET A.M.*, BILLETTE C., MATA G., SAVOIE J.-M. 2007. Interspecific interactions with Trichoderma longibrachiatum induce Pleurotus ostreatus defence reactions based on the production of laccase isozymes, Biotechnology Letters, 29:1583-1590. (IF= 1.595)

10. COQUET C, BAUZA E, OBERTO G, BERGHI A, FARNET AM, FERRE E, PEYRONEL D, DAL FARRA C, DOMLOGE N. 2005. Quercus suber cork extract displays a tensor and smoothing effect on human skin : an in vivo study. Drugs Experimental and Clinical Research, 31 : 89-99. (IF = 1.152 Q2)

9. FARNET A.M.*, CRIQUET S., CIGNA M., GIL G. AND FERRÉ E., 2004, Purification of a laccase from Marasmius quercophilus induced with ferulic acid : reactivity towards natural and xenobiotic aromatic compounds, Enzyme and Microbial Biotechnology 34:549-554 (IF= 1.705 Q2)

8. VELÁZQUEZ-CEDEÑO M.A., A.M. FARNET*, E. FERRÉ, J.M. SAVOIE, 2004, Variations in lignocellulosic activities in dual cultures of Pleurotus ostreatus and Trichoderma longibrachiatum on non sterilized wheat straw. Mycologia, 96 : 712-719 (IF= 1.525 Q2)

7. CRIQUET S., FERRÉ E., FARNET A.M. AND LE PETIT J. 2004. Annual dynamics of phosphatase activities in an evergreen oak litter : influence of biotic and abiotic factors, Soil Biology and Biochemistry, 36, 7:1111-1118. (IF=3.242, Q1).

6. FARNET A.M.*, CRIQUET S., POCACHARD E., GIL G. AND FERRE E. 2002. Effect of an induced laccase on aromatic compounds. Purification of a new isoform of laccase from a Marasmius quercophilus strain isolated from a cork oak litter (Quercus suber L.), Mycologia, 94 : 735-740. (IF= 1.525 Q2).

5. CRIQUET S., FARNET A.M., AND FERRE E., 2002, Protein measurement in forest litter, Biology and Fertility of Soils , 35 : 307-313. (IF=1.143)

4. FARNET A.-M.*, CRIQUET S., TAGGER S., GIL G., AND LE PETIT J., 2000, Purification, partial characterization and reactivity with aromatic compounds of two laccases from Marasmius quercophilus strain 17, Canadian Journal of Microbiology, 46:189-194. (IF= 1.150).

3. CRIQUET S, FARNET A-M.*, TAGGER S., LE PETIT J. 2000. Annual variations of phenoloxidase activities in an evergreen oak litter. Influence of certain biotic and abiotic factors. Soil Biology and Biochemistry, 32 : 1505-1513. (IF=3.242, Q1).

2. FARNET A.-M.*, TAGGER S., AND LE PETIT J., 1999, Effects of copper and aromatic inducers on the laccases of the white rot fungus Marasmius quercophilus, Compte Rendu de l’Académie des Sciences, Sciences de la Vie/Life Sciences, 322:499-503. (IF= 1.199 Q2).

1. FARNET A.-M.*, ROUX M., AND LE PETIT J., 1999, Genotypic variations among isolates of Marasmius quercophilus, a white-rot fungus isolated from evergreen oak litter, Canadian Journal of Botany,77:884-890. (IF=1.058 Q3).

-Brevets

CHEVREMONT A.C. , FARNET A.M., COULOMB, B., BOUDENNE J .L. Utilisation de diodes UV électroluminescentes pour l’abattement de charges microbiennes d’indicateurs fécaux, 2011, Brevet n° FR 11 00547, Institut National de Protection Industrielle.

LAPADATESCU, C., BARBE, E. , PETER-VALENCE, F., FERRE, E., FARNET, A.M , Procédé de traitement de composés aromatiques polluants, 2011, Institut National de Protection Industrielle.


Communications orales

Communications scientifiques : séminaires, colloques, congrès et conférences et autres communications etc ..
Interventions de culture scientifique et technique, médias (presse,TV, radio, Web ..)


Responsabilités administratives et d’enseignement

Responsabilités scientifiques, d’enseignements, administratives
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