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Accueil > Recherche > Axe 2 : Origine et Evolution de la Biodiversité

Axe 2 : Origine et Evolution de la Biodiversité

Animateurs d’axe : Caroline Borchiellini (Aix-Marseille Université) et Alex Baumel (Aix-Marseille Université)

Les trois équipes de l’axe 2 ont comme objectif commun de vouloir expliquer comment l’évolution et la coévolution des organismes participent aux processus à l’origine de la biodiversité, de sa distribution et de sa dynamique.

Les trois équipes utilisent à des degré divers les méthodes de la génomique fonctionnelle, de l’écologie moléculaire et de la coalescence de gènes.

Le défi que nous souhaitons relever est d’associer l’étude de la diversité moléculaire avec celle de la diversité fonctionnelle (adaptations) pour distinguer les facteurs historiques, biologiques et écologiques dans les causes du changements de la biodiversité.

Nos recherches trouvent leur finalité appliquée dans le cadre de collaborations sur divers sujets tels que la conservation de la biodiversité.

L’axe 2 se décline en trois équipes aux thématiques suivantes :

  • Interactions, Diversité, Evolution et Adaptation (IDEA) s’intéresse aux structures spatiales et à la signification de la diversité et du polymorphisme et vise à produire des connaissances sur l’histoire, la diversification et l’évolution de nombreux taxons de Méditerranée ;
  • Évolution, Génome, Environnement (EGE)s’intéresse aux relations entre les génomes et l’environnement pour comprendre comment les phénotypes apparaissent dans un cadre environnemental et génomique donné.

Animations scientifiques de l’axe 2

par BAUMEL Alex - 18 décembre 2014

La liste de nos animations reflète nos thèmes de recherches. L’ensemble de ces discussions et conférences sont ouvertes.

10 Février 2012 - « Les éponges : une approche combinée phylogénie et génétique du développement comparée » - Carole Borchiellini, Edoume.

9 Mars 2012 - « Génétique du corail rouge : des flux de gènes à l’écologie moléculaire » - Didier Aurelle, St Jérome.

13 Avril 2012 - « Approche génomique de la sélection en environnement spatialement variable et de la spéciation chez les anguilles atlantiques » - Pierre Alexandre Gagnaire, Endoume.

15 Juin 2012 - « Le 454 : taux d’erreur, correction et utilisation en barcoding environnemental » - André Gille, St Charle.

12 octobre 2012 - « L’implication des gènes wnt dans les processus de morphogenèse chez l’éponge Oscarella lobularis » - Quentin Schenkelaars, Endoume.

14 décembre 2012 - « Que fait-on avec des séquences 454 de 154 espèces ? Approche appliquée et fondamentale à la chasse aux microsatellites » - Emese Meglecz, st Charles.

18 Janvier 2013 « Etude du complexe d’espèces d’ophiure Ophioderma longicauda : comparaison entre lignées à larves et lignées incubantes » Station d’Endoume à 14h. Alexandra Weber.

8 Février 2013 « Variation inter spécifique de la température du thorax à l’envol chez les papillons : causes fonctionnelles et contraintes évolutives », Gabriel Neve, st Charles, 14h.

16 Mai 2013 "Exploration de la Biodiversité par NGS, de nouveaux horizons ?" Journée de conférences à st Charles.

27 mai 2013 « Etude des mécanismes de distribution de la diversité des assemblages des communautés à Coralligène en Méditerranée Française. » Florian Holon, Endoume

du 27 au 30 aout 2013 - 35 ème réunion annuelle du Groupe d’Etude de Biologie et Génétique des Populations - « Petit Pois Déridé »

17 février 2014, « Origine et évolution de la diversité des plans d’organisation chez les métazoaires : apports de l’éponge Oscarella et de l’annélide Platynereis ». Eve Gazave, Endoume

19 février 2014, « Approximate Bayesian Computation : principles, applications in ecology, and a demo of the R abc package. » Katalin Csilléry, Endoume

3 juin 2014, « Comment intégrer l’ECOlogie à l’Evo-Devo ? »

  • Benjamin PRUD’HOMME (Institut de Biologie du Développement de Marseille-Luminy, UMR CNRS 6216 ) « Evolution de la pigmentation des ailes chez Drosophila »
  • André GILLES (Institut Méditerranéen de Biodiversité et d’Ecologie marine et continentale, CNRS UMR 7263) « Compatibilité génomique entre espèces proches : implication dans la réorganisation du transcriptome chez les hybrides »
  • Mohammed BENDAHMANE (Ecole Normale Supérieure, Laboratoire RDP, CNRS-INRA-Lyon1-ENS) « Contrôle génétique du développement du pétale chez Arabidopsis et Rosa »
  • Mark COCK (Algal Genetics Group, UMR 8227 CNRS-UPMC Integrative Biology of Marine Models, Station Biologique Roscoff) “Regulation des cycles de vie chez les algues brunes et le rôle écologique des variations de ces cycles de vie”
  • Michel VANDENBUSSCHE (Evo-Devo of the flower team-RDP laboratory, UMR5667 INRA-CNRS-ENSL-UCB Lyon I) « Évolution des réseaux de gènes régulateurs floraux »
  • Benoit MENAND (Laboratoire de Génétique et Biophysique des Plantes CEA-CNRS-Université de la Méditerranée) « Evolution de la regulation de la croissance des plantes par la voie de signalization TOR kinase : une perspective Eco-Evo-Devo ”

22 septembre 2014 - « Conservation de la biodiversité et héritages évolutifs »

Journée organisée conjointement par les équipes Macrobio et IDEA de l’IMBE, le M2R SBEM et le Conservatoire botanique national méditerranéen (CBNMED).

  • Thèse de Marine Pouget, IMBE : Comment préserver l’héritage évolutif singulier des végétaux endémiques méditerranéens ?
  • Markus Pfenninger, centre de recherche sur la biodiversité et le climat, Francfort-sur-Maine : Including environmental information in phylogeography : case study in Radix (Gastropoda, Lymnaeidae)
  • Cristina Roquet Ruiz, Laboratoire d’écologie alpine, Grenoble : Phylogénomique : vers une meilleure compréhension de l’évolution des plantes parasites. Perspectives de l’usage des phylogénies en conservation
  • Jérémy Migliore, Laboratoire biologie évolutive et écologie, Bruxelles :Intégrer la dimension évolutive dans la conservation de la biodiversité du Sud des Alpes
  • Gianluigi Bacchetta, Centre de conservation de la biodiversité, Cagliari : La distribution de la flore endémique pour les analyses biogéographiques et la conservation
  • Présentation de la Flore de la France méditerranéenne continentale par le CBNMED et séance de dédicaces par les auteurs

7 novembre 2014 - Rencontre avec la plateforme TGML, Luminy, Marseille.

15 décembre 2014, « Diversité microbienne et fonctionnement des écosystèmes »

These d’Anais Rancon « Diversité et fonctions des microorganismes associés à la litière de garrigue : influence de facteurs biotiques et abiotiques dans un contexte de changement climatique », en salle des thèse à St Jérôme.

  • « Distribution spatiale à grande échelle des communautés microbiennes » Lionel Ranjard UMR Agroécologie & Plateforme GENOSOL INRA de Dijon
  • « Tendances communes dans la microflore de deux plantes alpines pionnières » Roberto A. Geremia Évolution, Modélisation et Analyse de la biOdiversité Laboratoire d’Ecologie Alpine - Grenoble
  • « Approche fonctionnelle des interactions entre qualité des litières et dynamiques du C et N en milieu agricole » Isabelle Bertrand UMR Eco&Sols INRA de Montpellier

16 janvier 2015 journée sur l’évolution moléculaire et la spéciation à l’époque des NGS,

  • Thèse Alexandra Weber « Etude écologique et génétique du complexe d’espèces cryptiques Ophioderma longicauda : comparaison entre lignées incubantes et lignées produisant des larves planctoniques »
  • Pr Harilaos Lessios (Smithsonian institution, Panama - USA) Reproductive molecules of echinoderm gametes : are they involved in speciation ?
  • Nicolas Galtier (Université Montpellier 2) : Génomique des populations comparative chez les animaux.
  • Nicolas Bierne (Université Montpellier 2, station marine de l’environnement littoral de Sète) : « Reconstructing the history of speciation from NGS data and the evolution of introgression rates between two diverging lineages »

3 avril 2015, Conférences de Guillermo Orti (Dept of Biological Sciences, George Washington University) : « Baiting for Phylogenetic Fishing » et de Ivan Paz-Vinas (IMBE, Aix Marseille Université) : “Distribution of genetic diversity in dendritic networks : patterns, processes and implications for biodiversity conservation« , suivi d’un séminaire technique d’Emese Méglecz et deVincent Dubut :  »Développement de protocoles Biologie Moléculaire et Bio-informatique : approche métabarcoding pour l’étude du régime alimentaire d’un poisson de rivière"

8 avril 2015, Abigail Cahill « Understanding how climate change affects species distributions. »

27 novembre 2015, « Biodiversité et écologie à l’ère de la génomique environnementale »

  • Pascal Hingamp, « Les 1000 et une façons d’estimer la biodiversité à partir des données de métagénomique (hors méta-barcodes) »
  • Magali Lescot, « Ressources informatiques et bioinformatiques pour le traitement d’un jeu de données de génomique environnementale (Tara Océans) »
  • Lionel Ranjard, « Distribution spatiale et déterminisme de la diversité microbienne des sols à l’échelle du territoire nationale »

Diapo JF Martin - 3.3 Mo

Diapo H Sanguin - 6.5 Mo

Diapo D Aurelle - 3.1 Mo

J Vidal Dupiol - 2.2 Mo

Diapo PE Fournier - 8.9 Mo

Diapo E Desmarais - 1.6 Mo

Programme NGS 16 mai - 489 ko