Ingénieur d’étude, spécialisée en biologie moléculaire et cellulaire, CNRS, depuis 2003, rattachée à l’IMBE depuis 2012.
Responsable technique du Service commun de biologie moléculaire de l’IMBE lien vers SCBM-IMBE : page web
Responsable de la Commission maintenance et réparation de l’IMBE lien vers MRE-IMBE : page web

Formation initiale :
– BTS Biochimie, microbiologie
– Bac STL Biochimie et Génie Biologique

Expériences scientifiques :

2003-2011 : Assistante ingénieur en biologie moléculaire, CNRS DIMAR UMR 6540, Centre océanologique de Marseille. Responsable du service de biologie moléculaire.

Activités principales :

Développer, choisir, adapter, mettre au point et réaliser des protocoles dans le cadre de projets et de programmes de recherche (ANR, réseaux d’excellence).

– Développement et contrôle du bourgeonnement d’Oscarella lobularis pour fournir un modèle d’étude « le bourgeon » car il offre un accès à divers processus morphogénétiques épithéliales et plusieurs avantages techniques.
– Mise au point et développement des hybridations in situ pour localiser le lieu d’expression des gènes.
– Mise au point et développement de marqueurs cellulaires grâce à des immunohistochimies pour étudier la fonction des gènes.
– Mise au point de protocoles de dissociation et réagrégation cellulaires.
– Analyser et présenter les résultats.
– Recherches bibliographies.
– Recherches de nouveaux protocoles, veille technologique.

Soutien technique : génomique et fonctionnel
– Etude de la biologie des populations et phylogénétiques
– Génétique du développement : étude de la fonction et l’expression des gènes.
– Utilisation en routine de marqueurs moléculaires.
– Co-encadrement technique d’étudiants

Mes compétences, savoir-faires :

• Techniques de biologie moléculaire : diverses extractions d’acides nucléiques, PCR, techniques électrophorétiques, clonage, mini-préparation d’ADN, construction de mini-banque. Editions et alignements des séquences avec le logiciel BioEdit Sequence Alignment Editor.

• Techniques d’hybridation in situ (HIS)
  — > Responsable du robot InsituProVSi, Protéigène : depuis 2011 jusqu’à aujourd’hui.

• Techniques d’Immunohistochimie
• Manipulation de microscopes : epifluorescent, confocal, colibri

• Analyses et présentation résultats bruts :
  BioEdit,QuantityOne®, GIMP2, Image Lab, ImageJ et FIJI

Compétences transverses :

– Hygiène & Sécurité : maîtrise (ACMO 7 ans)
– Co-Correspondante de formation (7 ans).
– Anglais : lu et parlé (formation CNRS)
– Logiciels bureautiques : maîtrise
– Création de site internet (logiciel SPIP) : SCBM-IMBE, page perso et projet Amidex-Spongex.
– Création du site internet pour un workshop international organisé du 14-16 octobre 2015 par le projet Spongex.

Mes travaux :

– Etude du modèle bourgeon d’Oscarella lobularis Eponge marine : contrôle du bourgeonnement, étude du developpement du bourgeon au cours du temps.

– Mise au point de techniques de dissociation cellulaire et ré-agrégation pour étudier la fonction des gènes impliqués dans les processus morphogénétiques. Recherche bibliographique et tests.

– Développement de marqueurs cellulaires et mise au point de protocoles d’immunohistochimie dans le cadre de l’étude de la fonction des gènes impliqués aussi dans les processus de morphogenèse.

– Adaptation et mise au point de protocoles HIS (hybridation in situ) pour étudier l’expression des gènes.

– Mise en place des protocoles d’extraction ADN/ARN haute qualité, par étapes (kits, type d’échantillon) en fonction du type de séquençage choisi. J’interagis avec les plateformes de séquençage NGS-Illumina-PacBIO externes (Suisse, Lyon, Marseille).

– Utilisation de marqueurs génétiques en routine et de préparation des individus pour le séquençage de gènes (COI, 16S, 28S, ITS) en routine pour des études de phylogénie ou de phylogéographie (éponges, cnidaires, oursins, crustacés (crevettes et mysidacés)) adaptés aux questions posées, soit pour des études de génétique des populations, soit pour des études phylogénétiques(courts projets)

– Mises au point pour préparer des échantillons avec des locus différents (marqueur COI, et introns) dans diverses espèces et populations, pour une analyse de génétique des populations via une technique de pyroséquençage 454 (société extérieure).

– Mise au point et calibration d’ADN, haut poids moléculaire non dégradé, de 2 modèles pour le séquençage de leur génome complet. Et préparation des tissus de ces modèles pour leur transcriptome. (génome et transcriptome réalisés par société extérieure)

Programmes de recherche : participation

• PICS CNRS StraS (2018-2020) - collaboration Franco-Australienne avec l’Université du Queensland, Brisbane-Australie, Professeur B. Degnan.

• Amidex-spongex (2012-2014) - Emergence et Innovation

• CIGESMED

• ANR :
- ECIMAR (2007-2010)
- Antflocks (2007-2010)
- MedChange (2003-2008)

• Réseaux d’Excellence Européens :
- Marine Genomics Europe : MGE (2003-2008) dont le projet EPIC (Exon Primed Intron Crossing)
- Marine Biology and Ecosystem Functioning : MARBEF (2004-2009) dont le projet GBIRM (marine genetics biodiversity)

Responsable technique du service commun de biologie moléculaire IMBE LIEN SCBM

– Gestion logistique et budget alloué, organisation, plannings, rédaction de documents, inventaire général, appareils, maintenances.

Responsable de la commission Maintenance Réparation Equipement (MRE) de l’unité IMBE
– Gestion logistique et budget alloué, plannings inventaire équipements, appareils, maintenances.

• Membre de la commission des personnels

• Membre invité au Conseil Consultatif de l’Unité CCU (représentante du SCBM)

• Projet Amidex-Spongex : Membre du consortium et du comité d’organisation du workshop international « The origin of metazoans » (site web, affiche...)

Participation à la production scientifique :

PUBLICATIONS (chapitres, articles)  :

2021 : ARTICLE / A. Vernale, M. Mandela Prünster, F. Marchianò Henry Debost, N. Brouilly, C. Rocher, D. Massey Harroche, E. Renard, A. Le Bivic, B. H. Habermann, C. Borchiellini. « Evolution of mechanisms controlling epithelial morphogenesis across animals : new insights from dissociation-reaggregation experiments in the sponge Oscarella lobularis. BMC Ecology and Evolution. ⟨10.1186/s12862-021-01866-x⟩

2021 : CHAPITRE protocole/ Borchiellini C.*, Degnan S. *, Le Goff E.*, Rocher C.*, Vernale A, Baghdiguian S., Séjourné N., Marschal F., Nelly Godefroy, André Le Bivic, Bernard M. Degnan, Emmanuelle Renard. “Staining and Tracking Methods for Studying Sponge Cell Dynamics”. Developmental Biology of the Sea Urchin and Other Marine Invertebrates : Methods and Protocols, Second Edition. Springer protocols pp.81-97. ⟨10.1007/978-1-0716-0974-3_5⟩. ⟨hal-03025733⟩. * Co first authors

2021 : CHAPITRE protocole / Carole B., De Pao-Mendonca K., Vernale A., Rocher C., Ereskovsky A., Vacelet J., Renard E. “ Porifera (Sponges) : Recent knowledge and new pespectives ”. Encyclopedia of life sciences (ELS). Revue online.

2021 : CHAPITRE- revue/ Renard E., Rocher C., Ereskovsky A. and Borchiellini C. “The homoscleromorph sponge, Oscarella lobularis” in : “Established and Emerging Marine organisms in experimental biology”. Edited by A. Boutet & B. Schierwater CRC Press.

2021 : CHAPITRE protocole/ Fierro-Constain L.*, Rocher C.*, Marchal F., Schenkelaars Q., Sejourné N., Borchiellini C., Renard E. “In situ hybridization techniques in the homoscleromorph sponge Oscarella lobularis”. Methods in Molecular Biology. Book : Developmental Biology of the Sea Urchin and Other Marine Invertebrates : Methods and Protocols, Second Edition. Springer protocols.
⟨10.1007/978-1-0716-0974-3_11⟩. ⟨hal-03025722⟩. *Co first authors

2020 : ARTICLE / Rocher C., Vernale A., Fierro-Constaín L., Séjourné N., Chenesseau S., Marschal C., Le Goff E., Dutilleul M., Matthews C., Marschal F., Brouilly N., Massey-Harroche D., Ereskovsky A., Le Bivic A., Borchiellini C., Renard E. « The buds of Oscarella lobularis (Porifera) : a new convenient model for sponge cell and developmental biology ». https://doi.org/10.1101/2020.06.23.167296. Pre-print

2019 : ARTICLE / De Jode A, David R, Haguenauer A, Cahill AE, Erga Z, Guillemain D, Sartoretto S, Rocher C., Selva M, Le Gall L, Féral J-P & Chenuil A. « From seascape ecology to population genomics and back. Spatial and ecological differentiation among cryptic species of the red algae Lithophyllum stictiforme/L. cabiochiae, main bioconstructors of coralligenous habitats ». Molecular Phylogenetics & Evolution. https://doi.org/10.1016/j.ympev.2019.04.005.

2017 : ARTICLE / Fierro-Constaín L., Schenkelaars Q., Gazave E., Haguenauer A., Rocher C., Ereskovsky A., Borchiellini C, Renard E. « The Conservation of the Germline Multipotency Program, from Sponges to Vertebrates : A Stepping Stone to Understanding the Somatic and Germline Origins ». Genome Biology and Evolution. https://doi.org/10.1093/gbe/evw289.

2015 : ARTICLE / Jourda C., Santini S., Rocher C., Le Bivic A., Claverie J-M. « Draft Genome Sequence of an Alphaproteobacterium Associated with the Mediterranean Sponge Oscarella lobularis ». Genome Announc.3 ;5 - PMID:26337883. https://doi.org/10.1128/genomeA.00977-15.

2015 : ARTICLE / Jourda C., Santini S., Rocher C., Le Bivic A., Claverie J-M. (2015). Mitochondrial genome sequence of the glass sponge Oopsacas minuta. Genome Announc 3(4):e00823-15. https://doi.org/10.1128/genomeA.00823-15.

2015 : ARTICLE / Rastorgueff P-A., Rocher C., Selva M., Chevaldonné P. "Preliminary DNA-based diet assessment of a gutless carnivore, the sponge Asbestopluma hypogea. Journal of Experimental Marine Biology and Ecology, Volume 467, Pages 108–114. https://doi.org/10.1016/j.jembe.2015.02.014

2013 : ARTICLE / Gazave E., Lavrov D.V., Cabrol J., Renard E., Rocher C., Vacelet J., Adamska M., Borchiellini C., Ereskovsky A.V. Systematics and Molecular Phylogeny of the Family Oscarellidae (Homoscleromorpha) with Description of Two New Oscarella Species. PLoS ONE 8(5) : e63976. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0063976.

2011 : ARTICLE / Aurelle, D., Ledoux, J.B., Mokhtar-jamaï, K., Rocher, C., Chenuil, A., Féral, J.P. "Phylogeography of the red coral (Corallium rubrum) : inferences on the evolutionary history of a temperate gorgonian. Genetica : 139 (7) : 855-869.

2010 : ARTICLE / Gazave, E., Lapébie, P., Renard, E., Vacelet, J., Rocher, C., Ereskovsky, A., Lavrov, D., Borchiellini, C. « Molecular phylogeny restores the supra-generic subdivision of Homoscleromorphe (Dendy, 1905) sponges ». PlosOne 5(12) : e14290. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0014290.

2010 : ARTICLE / Chenuil, A., Hoareau, T., Egea, E., Penant, G., Rocher, C., Aurelle, D., Mokhtar-Jamai, K., Bishop, J.DD., Boissin, E., Diaz, A., Krakau, M., Luttikhuizen, P.C., Patti, F.P., Blavet, N., Mousset, S. « An efficient method to find potentially universal population genetic markers, applied to metazoans ». BMC Evol Biol. 10 : 276. Published online. https://doi.org/10.1186/1471-2148-10-276.

2008 : ARTICLE / Chenuil A., Egea E., Rocher C., Touzet H., Féral J.P. « Does hybridization increase evolutionary rate ? Data from the 28S-rDNA D8 domain in echinoderms ». Journal of Molecular Evolution. 67(5) : 539-550.

POSTERS :

2020 : De Pao Mendonca K., Dufour A., Selva M., Borchiellini C., Rocher C., Angeletti B., Heïmburger-Boavida L-E., Issartel J., Renard E. “First estimates of the impact of mercury on the mediterranean homoscleromorphs ponge Oscarella lobularis« . Congres international MISTRALS 2020 » Méditerranée : L’expertise scientifique pour les décideurs", Novembre, Visioconférence, Marseille, France.

2018 : Rocher C.*, Le Goff E.*, Degnan S.*, Vernale A.*, Marschal C., Matthews C., Massey-Harroche D., Aouacheria A., Marschal F., Chenesseau S., Vacelet J., Ereskovsky A., Baghdiguian S., Borchiellini C., Godefroy N., Le Bivic A., Degnan B., Renard E. « STUDYING SPONGE CELL BEHAVIOR DURING MORPHOGENETIC PROCESSES. 22nd » Evolutionary Biology meeting. Septembre, Marseille, France. Projet PICS StraS CNRS. * co-first authors

2017 : Vernale A., Schenkelaars Q., Bazellières E., Rocher C., Le Bivic A., Renard E., Borchiellini C. “What about PCP pathway in sponges » Evolutionary Biology Meeting. Septembre, Marseille , France. And in a Sponge World Conference. Juin, Galway, Irlande.

2015 : Rocher C., Séjourné N., Le Bivic A., Fierro-Constain L.,Renard E., Borchiellini C. Oscarella lobularis bud : a new experimental model. International Workshop The origin of metazoans, Hyères, France, 14-16 October 2015.

2010 : B. Mérigot, E. Boissin, E. Egea, J.B. Ledoux, A. Haguenauer, K. Mokhtar-Jamaï, G. Penant, C. Rocher, F. Zuberer, D. Aurelle, J.P. Féral, A. Chenuil. Comparative analysis of genetic diversity of benthic species across areas in the north-western Mediterranean Sea : a pilot study for management perspectives. 39th CIESM, Venise, Italy, 10-15 May 2010.

2008 : Gérard K., Rocher C., Yasuda N., Nagai S., Nadaoka K., Féral J.-P. Mitochondrial Phylogeography of Acanthaster planci (L.). Across the Indo-Pacific Region : does the Strong Genetic Break Reveal an Ongoing Speciation ?

2006 : Chevaldonné P., Lejeusne C., Pillon Y., Dehollain C., Lecroisey C., Rocher C., Aurelle D., Chenuil A., Pérez T., Boury-Esnault N., Vacelet J. 2006. Molecular phylogeography of Mediterranean and Eastern Atlantic sponges of the genus Aplysina. 7th International Sponge Symposium, Buzios, Rio de Janeiro, Brasil, 7-13 May 2006.

Articles dans des actes de congrès internationaux :

• Chenuil A., Egea E., Rocher C., Féral J.P. (2010). Comparing substitution rates in spatangoid sea urchins with putatively different effective sizes, and other echinoderm datasets. In : Echinoderms : Durham, Harris et al. (eds) : 159-161, Taylor & Francis Group, London.

• Chenuil A., Rocher C., Egea E., David B., Féral J.P. (2010). Comparing DNA sequence evolution in spatangoid sea urchins : How to interpret variation of substitution rates and variation in tree shape among families ?. In : Echinoderms : Durham, Harris et al. (eds) : 314 (abstract), Taylor & Francis Group, London.