1. Participation au fonctionnement du SCBM :

– Accueil & formation des nouveaux utilisateurs.
– Gestion des salles dédiées (planning d’utilisation, nettoyage, évacuation des déchets).
– Responsable de salles dédiées et des équipements.
– Gestion des stocks (consommables, réactifs communs, commandes, devis).

2. Soutien technique aux projets de recherche de l’IMBE nécessitant la mise en œuvre de techniques de biologie moléculaire et cellulaire, sur des échantillons environnementaux, des organismes marins et terrestres :

– Conseil/Formation/Encadrement technique
– Adaptation, mise au point et réalisation de protocoles
– Gestion de banques d’échantillons et d’amorces PCR
– Analyse et présentation les résultats
– Bibliographie, veille technologique

Spécialisée dans la préparation des échantillons (non anciens, peu dégradés) et des librairies en vue du séquençage haut débit (en externe) par des approches de Metabarcoding, Barcoding, RADseq, génotypage par PCR multiplex…

Référente technique sur les approches Metabarcoding (MBC) permettant l’identification des espèces présentes dans des échantillons environnementaux (peu ou pas dégradés) :

– Informations et conseils pour la mise en place et la planification des expériences : schéma expérimental, échantillons et contrôles nécessaires, budgétisation et prévisionnel des commandes consommables, réactifs, amorces PCR...
– Coordination technique des différents projets MBC réalisés sur le plateau : planning salles et matériels, indication des amorces (avec index de librairies) à utiliser pour regrouper plusieurs projets sur une même puce de séquençage...
– Formation (3 semaines complètes minimum par personne novice) et encadrement
– Gestion et aliquotage des réactifs et amorces

3. Programmes de recherche  : participation

– Etude de la biodiversité présente dans des échantillons environnementaux par des approches de Metabarcoding :
Projets :
• EpiEcosys : Identification des épibiontes des Posidonies
• Seamobb : Identification des espèces coralligènes colonisant des ARMS
• ANR SESAM

Contribution :
Réalisation de la préparation des échantillons jusqu’à l’envoi des librairies pour un séquençage haut débit,
Formation et encadrement d’étudiants et CDD

– Identification d’espèces isolées par Barcoding
• Saxifrage
• Sponge

- Suivi de population et identification de la descendance par génotypage multiplex
• Apron du Rhône