Alex Baumel

Station Marine d’Endoume
Chemin de la Batterie des Lions
F-13007 Marseille, France

Courriel alex.baumel@imbe.fr

CV HAL: [https://cv.archives-ouvertes.fr/alex-baumel]

Short Outline

My main scientific production is related to the question of the origins approached by phylogeography and molecular phylogenetics, but I’m also interested in wildlife and biodiversity science in general.

I teach and taught several topics: plant biology, population biology, population genetics, conservation, phylogeography, molecular systematics, method of learning and writing, the scientific method in ecology, community ecology, niche ecology and multivariate methods of data analysis, etc...

My office and lab is at the station marine d’Endoume in Marseille.

In my other life I’m living with my wife and my son in Marseille, also climbing, hiking and reading a lot.

Cursus
• 2013 : Habilitation à Diriger des Recherches : « Situation des structures de diversité génétique dans l’enquête écologique », Aix-Marseille Université
• 2002 : Maître de conférences de l’Université Paul Cézanne, Aix Marseille III
• 2002 : Attaché temporaire de l’Université Rennes I (ATER)
• 2001 : Thèse de l’Université Rennes I, mention Biologie : « Contexte phylogénétique et conséquences génomiques de l’hybridation et de la polyploïdie : Les enseignements d’une jeune espèce, Spartina anglica C.E. Hubbard (Poacées) ».
• 1998 : DEA Écologie Université Rennes I
• 1997 : Maîtrise Biologie et Ecologie, Université Joseph Fourrier, Grenoble I
• 1993: Bac D. Lycée Alain Borne, Montélimar.


Summary based on my publications by WOS

Researches

Since 2002, the year of the publication of my first phylogeny, I produced several phylogenic and phylogeographic results. The question of origins, the relationships among species and populations make evolution REAL and give a sense of the epic story of biodiversity.

These last years I developped my bioinformartics skills to assembly and analyses of RADseq and Hybseq data which is our main method to adress phylogenomic or population genomic issues for non-model organisms.

My new projects (2023 and beyond) deal with species delimitation, introgression and conservation.

My papers are on HAL alex-baumel

Ordination of Armeria sp. genotypes from Baumel et al. 2020, a population genetic approach applied to the conservation of incipient species.

Responsabilities

Co-leader with Carole of Team 2 from 2016 to June 2022.

Student supervisions

  • Hoby Radoarijaona et Noémie Pernot, M1 BEE Marseille 2023. Survie des plantules d’Astragalus tragacantha dans le Parc National des Calanques.
  • Baptiste Pierre, M2 BEE Perpignan 2023. Phylogeny and evaluation of the capture method for the study of the Romulea genus in the accession area of ​​the Port-Cros National Park.
  • Anatole Maugendre L2 Bioeco 2022. Etude de la diversité génétique par empreintes génétiques des Teucrium sp. dans le Parc National des Calanques.
  • Stéphanie Tranchat M1 BEE Marseille 2022. Différenciation morphologique de Teucrium polium subsp. purpurascens des autres germandrées du Parc National des Calanques.
  • Azimé Yol M1 BEE Lyon 2022. Etude de la diversité morphologique des feuilles et des bractées du tilleul des Baronnies, Tilia platyphyllos.
  • Pauline Garcia-Ladieu M1 ENSAT 2021. Analyse de la biodiversité phylogénétique et de ses variations spatiales du projet woodiv.
  • Kallan Crémel M1 BEE 2021. Évaluation du statut d’espèce du Saxifrage du Dauphiné (Saxifraga delphinensis Ravaud) et mise en évidence de l’évolution réticulée à l’aide de données RADseq.
  • Camille Régnier L2 Bioeco 2021. Polymorphisme de la forme foliaire de Saxifraga delphinensis, Saxifraga exarata, Saxifraga moschata.
  • Léa Auclair L3 ENS Lyon 2020. Etude phylogénétique des taxons Saxifraga exarata, Saxifraga moschata et Saxifraga delphinensis basée sur les espaceurs internes de l’ADN ribosomal.
  • Vasiliki Kotina Master 2 Génomique et analyse de donnée 2020. Transcriptome et polymorphisme génétique du Caroubier (Ceratonia siliqua L., Fabaceae).
  • Manuel Cartereau Thèse 2023, Extinction or persistence of relict trees face to global changes; biogeographic modelling approache and conservation genomics applied to dragon trees.
  • Alice Armand, Benjamin Ferlay et Thibault Dragon Master 1 BEE 2019. Modélisation de la distribution géographique et écologique de Prunus brigantina Vill., un arbre endémique des Alpes sud-occidentales
  • Fatou Paye et Colline Verot Master 1 BEE 2019. Premiers éléments de phylogénie moléculaire pour Saxifraga delphinensis Ravaud ou S. exarata subsp. delphinensis (Ravaud) Kerguélen, taxon endémique du dauphiné (Dévoluy, Vercors, Buech, Barronies)
  • Valentine Frelon L3 Mer 2019 Évaluation d’une méthode d’analyse des données génotypiques visant à obtenir des groupes génétiques géographiquement cohérents.
  • Eleonora Potenza Erasmus Catania University 2019 Expected impact of global climate change on the carob tree range and its genetic diversity.
  • Cartereau Manuel Master 1 2018 Inférence phylogéographique sur l’isolement et la dynamique d’aire de distribution géographique chez Bufonia perennis Pourr
  • Le Galliot Nicolas Master 2 2018 Un ou plusieurs centres de diversité ? Analyse rétrospective de la diversité génétique du caroubier, Ceratonia siliqua L. (Leguminosae) par test d’hypothèses biogéographiques.
  • Cartereau Manuel Licence 3 2017 Etude phylogéographique de Bufonia perennis Pourr. (s. str.) (Viridiplantae, Caryophyllaceae) dans le Sud de la France
  • Le Galliot Nicolas Master 1 2017 Modélisation de l’histoire démographique d’Arenaria provincialis : Aspects temporels et populationnels
  • Beaulier Camille Master 1 Sup Biotech 2017 Molecular evaluation of the origins of Adonis vernalis L. (Ranunculaceae) isolates in Provence
  • Viruel Juan Postdoc 2016 Carob tree phylogeography, development of molecular markers
  • Pouget Marine Thèse 2014 Comment préserver l’héritage évolutif singulier des végétaux endémiques méditerranéens ?
  • Batista Manon, Guiller Clémence, Lambert angélique, Pichot du Mezeray Jean Olivier Master 1 2013 Modélisation de la structure de diversité génétique d’Arenaria provincialis (Caryophyllaceae) dans une démarche de conservation
  • Kharrat-Souissi Amina Thèse 2012 Polymorphisme phénotypique, cytogénétique et moléculaire de Cenchrus ciliaris L., (Poaceae) en relation avec l’aridité climatique.
  • Pouget Marine Master 2 2011 Conservation évolutive de la flore des lapiaz de Basse Provence : Apports de la phylogéographie d’Arenaria provincialis (Caryophyllaceae)
  • Migliore Jérémy Thèse 2011 Empreintes des changements environnementaux sur la phylogeographie du genre Myrtus en méditerranée et au Sahara
  • Youssef Sami Thèse 2011 Ecologie d’une espèce endémique méditerranéenne : étude des adaptations et des facteurs déterminant sa persistance et sa distribution
  • Pouget Marine Master 1 2010 Comparaison des traits racinaires et aériens de cinq Sablines (g. Arenaria, Caryophyllacées)
  • Ong’amo George Postdoc 2010 Spatial genetic structures of two herbaceous forest plant species in Champsaur bocage (southern French Alps)
  • Mechouki Zoubida Master 1 2009 Effet du stress hydrique et du substrat de culture sur la survie et la croissance de 5 Sablines (Caryophyllacées, g. Arenaria)
  • Hardion Laurent Master 1 2009 Phylogenetic relationships of Astragalus tragacantha L. (Fabaceae), a rare West Mediterranean species, inferred from nuclear ribosomal DNA Internal transcribed spacers data (nrDNA ITS).
  • Hamouche Yasmina stage de doctorat 2009 Etude de la variabilité morphologique et phylogénétique des scilles automnales de l’Algérie
  • Hardion Laurent Licence 3 2008 Suivi démographique d’Arenaria provincialis, une caryophyllacée endémique de Basse Provence calcaire
  • Gasmi Aïda Master 2 2008 Structures génétiques spatiales comparées de Primula vulgaris et Moehringia trinervia dans un paysage de bocage (Champsaur, Hautes-Alpes) : Simulation et approche empirique
  • Hamouche Yasmina stage de doctorat 2008 Initiation aux méthodes de criblage du polymorphisme génomique par marqueur PCR multilocus, application aux scilles
  • Migliore Jérémy Master 2 2007 Démographie, écologie, diversité et structure génétique de Mercurialis corsica Cosson (Euphorbiaceae), en vue de sa conservation
  • Sami Youssef Master 2 2007 Écologie et viabilité de la population d’Armeria arenaria (Plumbaginaceae) du Cap Lardier (Var), espèce végétale bio-indicatrice de l’état de conservation de la flore littorale des Maures
  • Daniel Sarah, Serrano Magali Licence 3 2006 Dynamique des populations de Gouffeia arenarioïdes (Caryophyllaceae) endémique provençale : Quelles sont les performances de germination des graines ?
  • Sauve Mathieu, Seguin Olivier Licence 3 2006 Impact des Goélands sur les potentialités d’établissement d’Astragalus tragacantha (Fabaceae) sur les îles du Frioul
  • Ménard Léa, Vanderpert Héloïse Licence 3 2005 Écologie et biologie d’une espèce rare et endémique de Provence calcaire : Gouffeia arenarioïdes (Caryophyllaceae)
  • Amm Annabelle, Boissy Marie-Line, Brest Sébastien, Di Liello Marion, Dumas Pierre-Jean Master 1 2005 Démographie de trois espèces végétales protégées de l’archipel du Frioul : Etude des perturbations et élaboration d’un suivi diachronique dans la perspective d’une analyse de viabilité
  • Gonçalves Virginie Master 2 2005 Ecologie et dynamique des populations de Gouffeia arenarioïdes (Caryophyllaceae)
  • Glen Yannick Master 2 2001 Variabilité génétique des populations françaises de Spartina maritima, espèce native en voie de régression