Alex Baumel

Station Marine d’Endoume
Chemin de la Batterie des Lions
F-13007 Marseille, France


CV HAL : []

Short Outline

My main scientific production is related to the question of the origins approached by phylogeography and molecular phylogenetics, but I’m also interested in wildlife and biodiversity science in general.

I teach and taught several topics : plant biology, population biology, population genetics, conservation, phylogeography, molecular systematics, method of learning and writing, the scientific method in ecology, community ecology, niche ecology and multivariate methods of data analysis, etc...

My office and lab is at the station marine d’Endoume in Marseille.

In my other life I’m living with my wife and my son in Marseille, also climbing, hiking and reading a lot.

• 2013 : Habilitation à Diriger des Recherches : « Situation des structures de diversité génétique dans l’enquête écologique », Aix-Marseille Université
• 2002 : Maître de conférences de l’Université Paul Cézanne, Aix Marseille III
• 2002 : Attaché temporaire de l’Université Rennes I (ATER)
• 2001 : Thèse de l’Université Rennes I, mention Biologie : « Contexte phylogénétique et conséquences génomiques de l’hybridation et de la polyploïdie : Les enseignements d’une jeune espèce, Spartina anglica C.E. Hubbard (Poacées) ».
• 1998 : DEA Écologie Université Rennes I
• 1997 : Maîtrise Biologie et Ecologie, Université Joseph Fourrier, Grenoble I
• 1993 : Bac D. Lycée Alain Borne, Montélimar.

Summary based on my publications by WOS


Currently, my main projects are on Saxifraga species delineation in South West Alps and carob tree (Ceratonia siliqua) phylogeography and ecology ( My important and recent papers are about the phygeography of the carob tree. We revealed a new scenario for Mediterraneran tree history and domestication. More details here.

These last years I developped my bioinformartics skills to assembly and analyses of RADseq data which is our main method to adress phylogenomic or population genomic issues for non-model organisms.

My project on Saxifraga sp. deals with the syngameon concept and I investigate how narrow endemics originated and persist in this syngameon. I focus mainly on S. delphinensis which is living in south-west prealps in an area corresponding more or less to a glacial refugia. Our unpublished results show former and current introgression in sympatry and allopatry situations. Publishing these results is ongoing and should achevied in 2023.

Recently, with my colleagues of the PPM team, we started a macroecological project dealing with the vulnerability of trees of arid lands face to climate change. The aim of the thesis of Manuel Cartereau (PPM/OEB teams) is to develop a global approach to ca 1k species trees and to have a focus on dragon trees. More details here.

My next projects (2023 and beyond) will deal with species delimitation and systematics. I’m considering to acquiers experience and use the Angiosperm353 bait in parallel with more classical method (barecode markers and morphometrics).

I’m still working on a lot of other case studies, such as Astragalus tragacantha, ..., and I keep an eye on Arenaria provincialis (phylogeography and evolution).

Since 2002, the year of the publication of my first phylogeny, I produced several phylogenic and phylogeographic results. The relationships among species and populations make evolution REAL and give a sense of the epic story of biodiversity. Below, some figures produced in my researches for the last 20 years, imagine the millions of years behind these patterns :)

Some key-words and selected papers,

Phylogeography, Biogeography, Plant systematic, Niche ecology, DNA, Polymorphism, Molecular ecology, Diversity, ...

  • Baumel A, Nieto Feliner G, Medail F, La Malfa S, Diguardo M, Boudagher-Kharrat M, Mirleau F, Frelon V, Ouahmane L, Diadema K, Sanguin S, Virue J. (2022). Genome-wide footprints in the carob tree (Ceratonia siliqua) unveil a new domestication pattern of a fruit tree in the Mediterranean. Molecular Ecology, 31, 4095–4111.
  • Viruel J, Le Galliot N, Pironon S, Nieto Feliner G, Suc JP, Lakhal-Mirleau F, Juin M., Selva M., Bou Dagher Kharrat M, Ouahmane L, Malfa S, Diadema K, Sanguin H, Méail F, Baumel A (2020). A strong east-west Mediterranean divergence supports a new phylogeographic history of the carob tree ( Ceratonia siliqua, Leguminosae) and multiple domestications from native populations. Journal of Biogeography 47:460-471.
  • Migliore, J., Baumel, A., Leriche, A., Juin, M., & Médail, F. (2018). Surviving glaciations in the Mediterranean region : an alternative to the long-term refugia hypothesis. Botanical Journal of the Linnean Society, 187(4), 537-549.
  • Hardion, L., Dumas, P. J., Abdel-Samad, F., Kharrat, M. B. D., Surina, B., Affre, L., ... & Baumel, A. (2016). Geographical isolation caused the diversification of the Mediterranean thorny cushion-like Astragalus L. sect. Tragacantha DC.(Fabaceae). Molecular Phylogenetics and Evolution 97:187-195
  • Pouget, M., Youssef, S., Migliore, J., Juin, M., Médail, F., & Baumel, A. (2013). Phylogeography sheds light on the central–marginal hypothesis in a Mediterranean narrow endemic plant. Annals of botany, 112 : 1409-1420.
  • Migliore, J., Baumel, A., Juin, M., & Médail, F. (2012). From Mediterranean shores to central Saharan mountains : key phylogeographical insights from the genus Myrtus. Journal of Biogeography, 39, 942-956.

My papers are on HAL alex-baumel

Ordination of Armeria sp. genotypes from Baumel et al. 2020, a population genetic approach applied to the conservation of incipient species.


Co-leader with Carole of Team 2 from 2016 to June 2022.

Student supervisions

  • Pauline Garcia-Ladieu M1 ENSAT 2021. Analyse de la biodiversité phylogénétique et de ses variations spatiales du projet woodiv.
  • Kallan Crémel M1 BEE 2021. Évaluation du statut d’espèce du Saxifrage du Dauphiné (Saxifraga delphinensis Ravaud) et mise en évidence de l’évolution réticulée à l’aide de données RADseq.
  • Camille Régnier L2 Bioeco 2021. Polymorphisme de la forme foliaire de Saxifraga delphinensis, Saxifraga exarata, Saxifraga moschata.
  • Léa Auclair L3 ENS Lyon 2020. Etude phylogénétique des taxons Saxifraga exarata, Saxifraga moschata et Saxifraga delphinensis basée sur les espaceurs internes de l’ADN ribosomal.
  • Vasiliki Kotina Master 2 Génomique et analyse de donnée 2020. Transcriptome et polymorphisme génétique du Caroubier (Ceratonia siliqua L., Fabaceae).
  • Manuel Cartereau Thèse en cours, Extinction or persistence of relict trees face to global changes ; biogeographic modelling approache and conservation genomics applied to dragon trees.
  • Alice Armand, Benjamin Ferlay et Thibault Dragon Master 1 BEE 2019. Modélisation de la distribution géographique et écologique de Prunus brigantina Vill., un arbre endémique des Alpes sud-occidentales
  • Fatou Paye et Colline Verot Master 1 BEE 2019. Premiers éléments de phylogénie moléculaire pour Saxifraga delphinensis Ravaud ou S. exarata subsp. delphinensis (Ravaud) Kerguélen, taxon endémique du dauphiné (Dévoluy, Vercors, Buech, Barronies)
  • Valentine Frelon L3 Mer 2019 Évaluation d’une méthode d’analyse des données génotypiques visant à obtenir des groupes génétiques géographiquement cohérents.
  • Eleonora Potenza Erasmus Catania University 2019 Expected impact of global climate change on the carob tree range and its genetic diversity.
  • Cartereau Manuel Master 1 2018 Inférence phylogéographique sur l’isolement et la dynamique d’aire de distribution géographique chez Bufonia perennis Pourr
  • Le Galliot Nicolas Master 2 2018 Un ou plusieurs centres de diversité ? Analyse rétrospective de la diversité génétique du caroubier, Ceratonia siliqua L. (Leguminosae) par test d’hypothèses biogéographiques.
  • Cartereau Manuel Licence 3 2017 Etude phylogéographique de Bufonia perennis Pourr. (s. str.) (Viridiplantae, Caryophyllaceae) dans le Sud de la France
  • Le Galliot Nicolas Master 1 2017 Modélisation de l’histoire démographique d’Arenaria provincialis : Aspects temporels et populationnels
  • Beaulier Camille Master 1 Sup Biotech 2017 Molecular evaluation of the origins of Adonis vernalis L. (Ranunculaceae) isolates in Provence
  • Viruel Juan Postdoc 2016 Carob tree phylogeography, development of molecular markers
  • Pouget Marine Thèse 2014 Comment préserver l’héritage évolutif singulier des végétaux endémiques méditerranéens ?
  • Batista Manon, Guiller Clémence, Lambert angélique, Pichot du Mezeray Jean Olivier Master 1 2013 Modélisation de la structure de diversité génétique d’Arenaria provincialis (Caryophyllaceae) dans une démarche de conservation
  • Kharrat-Souissi Amina Thèse 2012 Polymorphisme phénotypique, cytogénétique et moléculaire de Cenchrus ciliaris L., (Poaceae) en relation avec l’aridité climatique.
  • Pouget Marine Master 2 2011 Conservation évolutive de la flore des lapiaz de Basse Provence : Apports de la phylogéographie d’Arenaria provincialis (Caryophyllaceae)
  • Migliore Jérémy Thèse 2011 Empreintes des changements environnementaux sur la phylogeographie du genre Myrtus en méditerranée et au Sahara
  • Youssef Sami Thèse 2011 Ecologie d’une espèce endémique méditerranéenne : étude des adaptations et des facteurs déterminant sa persistance et sa distribution
  • Pouget Marine Master 1 2010 Comparaison des traits racinaires et aériens de cinq Sablines (g. Arenaria, Caryophyllacées)
  • Ong’amo George Postdoc 2010 Spatial genetic structures of two herbaceous forest plant species in Champsaur bocage (southern French Alps)
  • Mechouki Zoubida Master 1 2009 Effet du stress hydrique et du substrat de culture sur la survie et la croissance de 5 Sablines (Caryophyllacées, g. Arenaria)
  • Hardion Laurent Master 1 2009 Phylogenetic relationships of Astragalus tragacantha L. (Fabaceae), a rare West Mediterranean species, inferred from nuclear ribosomal DNA Internal transcribed spacers data (nrDNA ITS).
  • Hamouche Yasmina stage de doctorat 2009 Etude de la variabilité morphologique et phylogénétique des scilles automnales de l’Algérie
  • Hardion Laurent Licence 3 2008 Suivi démographique d’Arenaria provincialis, une caryophyllacée endémique de Basse Provence calcaire
  • Gasmi Aïda Master 2 2008 Structures génétiques spatiales comparées de Primula vulgaris et Moehringia trinervia dans un paysage de bocage (Champsaur, Hautes-Alpes) : Simulation et approche empirique
  • Hamouche Yasmina stage de doctorat 2008 Initiation aux méthodes de criblage du polymorphisme génomique par marqueur PCR multilocus, application aux scilles
  • Migliore Jérémy Master 2 2007 Démographie, écologie, diversité et structure génétique de Mercurialis corsica Cosson (Euphorbiaceae), en vue de sa conservation
  • Sami Youssef Master 2 2007 Écologie et viabilité de la population d’Armeria arenaria (Plumbaginaceae) du Cap Lardier (Var), espèce végétale bio-indicatrice de l’état de conservation de la flore littorale des Maures
  • Daniel Sarah, Serrano Magali Licence 3 2006 Dynamique des populations de Gouffeia arenarioïdes (Caryophyllaceae) endémique provençale : Quelles sont les performances de germination des graines ?
  • Sauve Mathieu, Seguin Olivier Licence 3 2006 Impact des Goélands sur les potentialités d’établissement d’Astragalus tragacantha (Fabaceae) sur les îles du Frioul
  • Ménard Léa, Vanderpert Héloïse Licence 3 2005 Écologie et biologie d’une espèce rare et endémique de Provence calcaire : Gouffeia arenarioïdes (Caryophyllaceae)
  • Amm Annabelle, Boissy Marie-Line, Brest Sébastien, Di Liello Marion, Dumas Pierre-Jean Master 1 2005 Démographie de trois espèces végétales protégées de l’archipel du Frioul : Etude des perturbations et élaboration d’un suivi diachronique dans la perspective d’une analyse de viabilité
  • Gonçalves Virginie Master 2 2005 Ecologie et dynamique des populations de Gouffeia arenarioïdes (Caryophyllaceae)
  • Glen Yannick Master 2 2001 Variabilité génétique des populations françaises de Spartina maritima, espèce native en voie de régression