Caroline Rocher

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Assistante ingénieur CNRS

Institut Méditerranéen de Biodiversité et d’Ecologie Marine et Continentale (IMBE UMR CNRS 7263, IRD 237
Station Marine d’Endoume
Chemin de la batterie des Lions
13007 Marseille
tél : 04 91 04 16 38
Fax : 04 91 04 16 35
Mail : Caroline Rocher

Poste actuel

Assistante ingénieur, spécialisée en biologie moléculaire et cellulaire, CNRS IMBE depuis 2012.
Responsable technique du Service commun de biologie moléculaire de l’IMBE lien vers SCBM-IMBE : page web

CV

  • Expériences scientifiques :

2003-2011 : Assistante ingénieur en biologie moléculaire, CNRS DIMAR UMR 6540, Centre océanologique de Marseille. Responsable du service de biologie moléculaire.

2002-2003 : Technicienne en biologie moléculaire, CNRS UMR 7628,
Observatoire océanologique de Banyuls-sur-Mer.

2001-2003 : Technicienne Contrôle qualité microbiologique
Prélèvements stériles / filtrage sur milieux cultures Coliformes/ numérations normes AFNOR.

2001 : Technicienne Détection du prion résistant des
ESB (P3), département de santé animale Pasteur Cerba
Prélèvements d’obex/ purification du prion/ test ELISA méthode sandwich.

  • Diplômes et formations :

1999 : BAC STL option biochimie génie-biologique (Paris)
2001 : BTS Biochimie microbiologie biologie moléculaire (Paris)

2006 : Formation Basic Sequencing Training (Courtaboeuf)
2011 : Formation Hybridation in situ sur coupe (Lyon)

Activités de recherche

Activités principales :

développer, choisir, adapter, mettre au point et réaliser des protocoles dans le cadre de projets et de programmes de recherche (ANR, réseaux d’excellence).

- Développement et contrôle du bourgeonnement d’Oscarella lobularis pour fournir un modèle d’étude « le bourgeon » car il offre un accès à divers processus morphogénétiques épithéliales et plusieurs avantages techniques.
- Mise au point et développement des hybridations in situ pour localiser le lieu d’expression des gènes.
- Mise au point et développement de marqueurs cellulaires grâce à des immunohistochimies pour étudier la fonction des gènes.
- Mise au point de protocoles de dissociation et réagrégation cellulaires.
- Analyser et présenter les résultats.
- Recherches bibliographies.
- Recherches de nouveaux protocoles, veille technologique.

Soutien technique : génomique et fonctionnel
- Etude de la biologie des populations et phylogénétiques
- Génétique du développement : étude de la fonction et l’expression des gènes.
- Utilisation en routine de marqueurs moléculaires.
- Co-encadrement technique d’étudiants

Mes compétences, savoir-faires :

  • Techniques de biologie moléculaire : diverses extractions d’acides nucléiques, PCR, techniques électrophorétiques, clonage, mini-préparation d’ADN, construction de mini-banque. Editions et alignements des séquences avec le logiciel BioEdit Sequence Alignment Editor.
  • Techniques d’hybridation in situ (HIS)
    — > Responsable du robot InsituProVSi, Protéigène : depuis 2011 jusqu’à aujourd’hui.
  • Techniques d’Immunohistochimie
  • Analyses et présentation résultats bruts :
    BioEdit,QuantityOne®, GIMP2, Image Lab

Compétences transverses :

- Hygiène & Sécurité : maîtrise (ACMO 7 ans)
- Co-Correspondante de formation (7 ans).
- Anglais : lu et parlé (formation CNRS)
- Logiciels bureautiques : maîtrise
- Création de site internet (logiciel SPIP) : SCBM-IMBE, page perso et projet Amidex-Spongex.
- Création du site internet pour un workshop international organisé du 14-16 octobre 2015 par le projet Spongex.

Projets et programmes

par ROCHER Caroline

Mes travaux :

- Mise au point et élevage du bourgeon d’Oscarella lobularis : contrôle du bourgeonnement, étude du developpement du bourgeon au cours du temps.

- Mise au point de techniques de dissociation cellulaire et ré-agrégation pour étudier la fonction des gènes impliqués dans les processus morphogénétiques. Recherche bibliographique et tests.
- Développement de marqueurs cellulaires et mise au point de protocoles d’immunohistochimie dans le cadre de l’étude de la fonction des gènes impliqués aussi dans les processus de morphogenèse.
- Adaptation et mise au point de protocoles HIS (hybridation in situ) pour étudier l’expression des gènes chez Oscarella lobularis.

- Utilisation de marqueurs génétiques (microsatellites, introns) et de préparation des individus pour le séquençage de gènes (COI, 16S, 28S, ITS) en routine pour des études de phylogénie ou de phylogéographie (éponges, cnidaires, oursins, crustacés (crevettes et mysidacés)) adaptés aux questions posées, soit pour des études de génétique des populations, soit pour des études phylogénétiques(courts projets)

- Mises au point pour préparer des échantillons avec des locus différents (marqueur COI, et introns) dans diverses espèces et populations, pour une analyse de génétique des populations via une technique de pyroséquençage 454 (société extérieure).

- Mise au point et calibration de l’extraction d’ADN de 2 modèles pour le séquençage de leur génome complet. Et préparation des tissus de ces modèles pour leur transcriptome. (génome et transcriptome réalisés par société extérieure)

Programmes de recherche : participation

Amidex-spongex (2012-2014) - Emergence et Innovation

CIGESMED

• ANR :
- ECIMAR (2007-2010)
- Antflocks (2007-2010)
- MedChange (2003-2008)

• Réseaux d’Excellence Européens :
- Marine Genomics Europe : MGE (2003-2008) dont le projet EPIC (Exon Primed Intron Crossing)
- Marine Biology and Ecosystem Functioning : MARBEF (2004-2009) dont le projet GBIRM (marine genetics biodiversity)

Responsabilités

Responsable technique du service commun de biologie moléculaire IMBE page web

  • Gestion logistique et budget alloué, organisation, plannings, rédaction de documents, inventaire général, appareils, maintenances.
  • Organisatrice de séminaires techniques SCBM lien
  • Création de la page web du SCBM IMBE

Activités transverses

par ROCHER Caroline

  • Membre de la commission Maintenance Réparation Equipement MRE de l’unité. Référente pour le site géographique Endoume.
  • Membre invité au Conseil Consultatif de l’Unité CCU (représentante du SCBM)
  • Projet Amidex-Spongex : Membre du consortium et du comité d’organisation du workshop international « The origin of metazoans » (site web, affiche...)

publications, poster

par ROCHER Caroline

Participation à la production scientifique :

Publications :

• Jourda C., Santini S., Rocher C., Le Bivic A., Claverie J-M. 2015. Draft Genome Sequence of an Alphaproteobacterium Associated with the Mediterranean Sponge Oscarella lobularis. Genome Announc.3 ;5 :,2015 sept - PMID:26337883.

• Jourda C., Santini S., Rocher C., Le Bivic A., Claverie J-M. 2015. Mitochondrial genome sequence of the glass sponge Oopsacas minuta. Genome Announc 3(4):e00823-15. doi:10.1128/genomeA.00823-15.

• Rastorgueff P-A., Rocher C., Selva M., Chevaldonné P. Preliminary DNA-based diet assessment of a gutless carnivore, the sponge Asbestopluma hypogea. Journal of Experimental Marine Biology and Ecology, Volume 467, June 2015, Pages 108–114.

• Gazave E., Lavrov D.V., Cabrol J., Renard E., Rocher C., Vacelet J., Adamska M., Borchiellini C., Ereskovsky A.V. (2013) Systematics and Molecular Phylogeny of the Family Oscarellidae (Homoscleromorpha) with Description of Two New Oscarella Species. PLoS ONE 8(5) : e63976. doi:10.1371/journal.pone.0063976.

• Aurelle, D., Ledoux, J.B., Mokhtar-jamaï, K., Rocher, C., Chenuil, A., Féral, J.P. (2011) Phylogeography of the red coral (Corallium rubrum) : inferences on the evolutionary history of a temperate gorgonian. Genetica : 139 (7) : 855-869.

• Gazave, E., Lapébie, P., Renard, E., Vacelet, J., Rocher, C., Ereskovsky, A., Lavrov, D., Borchiellini, C. (2010) Molecular phylogeny restores the supra-generic subdivision of Homoscleromorphe (Dendy, 1905) sponges. PlosOne 5(12) : e14290, doi:10.1371/journal.pone.0014290.

• Chenuil, A., Hoareau, T., Egea, E., Penant, G., Rocher, C., Aurelle, D., Mokhtar-Jamai, K., Bishop, J.DD., Boissin, E., Diaz, A., Krakau, M., Luttikhuizen, P.C., Patti, F.P., Blavet, N., Mousset, S. (2010) An efficient method to find potentially universal population genetic markers, applied to metazoans. BMC Evol Biol. 10 : 276. Published online 2010 September 13. doi:10.1186/1471-2148-10-276.

• Chenuil A., Egea E., Rocher C., Touzet H., Féral J.P. (2008). Does hybridization increase evolutionary rate ? Data from the 28S-rDNA D8 domain in echinoderms. Journal of Molecular Evolution. 67(5) : 539-550.

Articles dans des actes de congrès internationaux :

• Chenuil A., Egea E., Rocher C., Féral J.P. (2010). Comparing substitution rates in spatangoid sea urchins with putatively different effective sizes, and other echinoderm datasets. In : Echinoderms : Durham, Harris et al. (eds) : 159-161, Taylor & Francis Group, London.

• Chenuil A., Rocher C., Egea E., David B., Féral J.P. (2010). Comparing DNA sequence evolution in spatangoid sea urchins : How to interpret variation of substitution rates and variation in tree shape among families ?. In : Echinoderms : Durham, Harris et al. (eds) : 314 (abstract), Taylor & Francis Group, London.

Posters :

Rocher C., Séjourné N., Le Bivic A., Fierro-Constain L.,Renard E., Borchiellini C. Oscarella lobularis bud : a new experimental model. International Workshop The origin of metazoans, Hyères, France, 14-16 October 2015.

• B. Mérigot, E. Boissin, E. Egea, J.B. Ledoux, A. Haguenauer, K. Mokhtar-Jamaï, G. Penant, C. Rocher, F. Zuberer, D. Aurelle, J.P. Féral, A. Chenuil. Comparative analysis of genetic diversity of benthic species across areas in the north-western Mediterranean Sea : a pilot study for management perspectives. 39th CIESM, Venise, Italy, 10-15 May 2010.

• Gérard K., Rocher C., Yasuda N., Nagai S., Nadaoka K., Féral J.-P 2008. Mitochondrial Phylogeography of Acanthaster planci (L.). Across the Indo-Pacific Region : does the Strong Genetic Break Reveal an Ongoing Speciation ?

• Chevaldonné P., Lejeusne C., Pillon Y., Dehollain C., Lecroisey C., Rocher C., Aurelle D., Chenuil A., Pérez T., Boury-Esnault N., Vacelet J. 2006. Molecular phylogeography of Mediterranean and Eastern Atlantic sponges of the genus Aplysina. 7th International Sponge Symposium, Buzios, Rio de Janeiro, Brasil, 7-13 May 2006.