Cécile Chemin


Assistante ingénieure CNRS

Institut Méditerranéen de Biodiversité et d’Ecologie Marine et Continentale (IMBE UMR CNRS 7263, IRD 237)
Station Marine d’Endoume
Chemin de la batterie des Lions
13007 Marseille
tél : 04 13 94 49 92
Mail : Cecile Chemin

Poste actuel

Assistante ingénieure spécialisée en biologie moléculaire et cellulaire, au CNRS depuis 2008 et rattachée au Service Commun de Biologie Moléculaire de l’IMBE depuis 2020.
Lien vers SCBM-IMBE : page web

Membre de la Commission des personnels (COPER).

Compétences techniques principales :

Biologie moléculaire :
-  Metabarcoding et Barcoding
-  Extraction d’acides nucléiques (cellules, tissus, virus, échantillons environnementaux)
-  PCR, mutagenèse dirigée
-  Génotypage (PCR, PCR multiplex, RFLP)
-  Clonage (restriction, recombinaison)
-  RT-PCR quantitative en temps réel

Biologie cellulaire et Histologie :
-  Culture cellulaire en 2D (adhérentes ou suspension), culture d’organoïde (épiderme)
-  Transfections (plasmides ou siRNA)
-  Coupes de tissus inclus en paraffine
-  Immunomarquages fluorescents sur cellules et tissus
-  Microscopie à fluorescence en champs large et en confocal (SP8)

Biochimie :
-  Western blotting
-  Production et purification de protéines recombinantes
-  Transcription-traduction in vitro
-  Co-Immunoprécipitation

Compétences transverses :

- Anglais : Niveau B2

- Informatique : Word, Excel, Power point, analyse d’image avec ImageJ/Fiji, Vector NTI, bases de données NCBI (gene, BLAST…), Uniprot...

- Correspondante Formation : Identification & transmission des besoins en formations du personnel et de l’Unité, diffusion des formations disponibles. Membre d’une cellule « Formation Continue » regroupant plusieurs Unités et CoFo, aide à la création et mise en place de formations internes.

- Hygiène & Sécurité (niveau équipe/service) : Formation des nouveaux arrivants sur la sécurité, les bonnes pratiques, la gestion des déchets ; relais et soutien de l’Assistant prévention du site d’Endoume.

CV

Formation initiale :

- Equivalent licence pro. « Marqueurs, Typage et Expression Génique »
- BTS Biotechnologies
- Bac STL Biochimie et Génie Biologique

Expériences professionnelles principales :

- 2008 - 2020 Assistante Ingénieur biologiste, CNRS, UMR2587 Centre de Recherches en Pharmacologie-Santé puis UMR5547 Centre de Biologie Intégrative, Toulouse – Équipe « Biologie du centrosome et des microtubules ».
> Étude de l’assemblage des microtubules et de leur réorganisation pendant le cycle cellulaire et au cours de la différenciation : Détermination des protéines impliquées et leurs rôles, recherche de partenaires directs et de sites d’interaction.

- 2006 - 2007 Technicienne biologiste, CHU Pellegrin Centre de Référence des Maladies Rares de la Peau et Inserm U876 Transfert de gènes à visées thérapeutiques, Bordeaux – Équipe « Biothérapies des maladies génétiques et cancers ».
> Étude de maladies dermatologiques (Dermatite atopique, Xeroderma pigmentosum) : Diagnostic de mutations, recherche de polymorphismes génétiques, étude de promoteur.

- 2004 - 2006 Technicienne biologiste, Inserm U743 Institut des Cordeliers et Hôpital HEGP Laboratoire de Virologie, Paris - Équipe « Immunité et biothérapies muqueuses ».
> Projet ANRS « Traitement anti-herpétique associé au traitement syndromique des ulcérations génitales en Afrique : évaluation clinique et biologique sur le portage génital en VIH et HSV2, impact sur la transmission sexuelle du VIH » : Gestion des banques de prélèvements, responsable des analyses virologiques.

- 2003 Technicienne biologiste, INRA, Laboratoire de Génétique Microbienne, Jouy-en-Josas - Equipe « Régulation et métabolisme ».
> Etude du transcriptome de Lactococcus lactis par microarray.

Activités

1. Participation au fonctionnement du SCBM :

- Accueil & formation des nouveaux utilisateurs.
- Gestion des salles dédiées (planning d’utilisation, nettoyage, évacuation des déchets).
- Responsable de salles dédiées et des équipements.
- Gestion des stocks (consommables, réactifs communs, commandes, devis).

2. Soutien technique aux projets de recherche de l’IMBE nécessitant la mise en œuvre de techniques de biologie moléculaire et cellulaire, sur des échantillons environnementaux, des organismes marins et terrestres :

- Conseil/Formation/Encadrement technique
- Adaptation, mise au point et réalisation de protocoles
- Gestion de banques d’échantillons et d’amorces PCR
- Analyse et présentation les résultats
- Bibliographie, veille technologique

Spécialisée dans la préparation des échantillons (non anciens, peu dégradés) et des librairies en vue du séquençage haut débit (en externe) par des approches de Metabarcoding, Barcoding, RADseq, génotypage par PCR multiplex…

Référente technique sur les approches Metabarcoding (MBC) permettant l’identification des espèces présentes dans des échantillons environnementaux (peu ou pas dégradés) :

- Informations et conseils pour la mise en place et la planification des expériences : schéma expérimental, échantillons et contrôles nécessaires, budgétisation et prévisionnel des commandes consommables, réactifs, amorces PCR...
- Coordination technique des différents projets MBC réalisés sur le plateau : planning salles et matériels, indication des amorces (avec index de librairies) à utiliser pour regrouper plusieurs projets sur une même puce de séquençage...
- Formation (3 semaines complètes minimum par personne novice) et encadrement
- Gestion et aliquotage des réactifs et amorces

3. Programmes de recherche  : participation

- Etude de la biodiversité présente dans des échantillons environnementaux par des approches de Metabarcoding :
Projets :
• EpiEcosys : Identification des épibiontes des Posidonies
• Seamobb : Identification des espèces coralligènes colonisant des ARMS
• ANR SESAM

Contribution :
Réalisation de la préparation des échantillons jusqu’à l’envoi des librairies pour un séquençage haut débit,
Formation et encadrement d’étudiants et CDD

- Identification d’espèces isolées par Barcoding
• Saxifrage
• Sponge

- Suivi de population et identification de la descendance par génotypage multiplex
• Apron du Rhône

Publications et communications orales

Epidermal development requires ninein for spindle orientation and cortical microtubule organization. Lecland N, Hsu CY, Chemin C, Merdes A, Bierkamp C. Life Science Alliance 2019 ; 2(2)

Nuclear alignment in myotubes requires centrosome proteins recruited by nesprin-1. Espigat-Georger A, Dyachuk V, Chemin C, Emorine L, Merdes A. Journal of Cell Science 2016 ; 129(22):4227-4237

Functional analysis of Gamma-tubulin Complex Proteins indicates specific lateral association via their N-terminal domains. Farache D, Jauneau A, Chemin C, Chartrain M, Remy MH, Merdes A, Haren L. Journal of Biological Chemistry 2016 ; 291(44):23112-23125

Crystal structure of γ-tubulin complex protein GCP4 provides insight into microtubule nucleation. Guillet V, Knibiehler M, Gregory-Pauron L, Remy MH, Chemin C, Raynaud-Messina B, Bon C, Kollman JM, Agard DA, Merdes A, Mourey L. Nature Structural & Molecular Biology 2011 ; 18(8):915-919

A prevalent mutation with founder effect in xeroderma pigmentosum group C from north Africa. Soufir N, Ged C, Bourillon A, Austerlitz F, Chemin C, Stary A, Armier J, Pham D, Khadir K, Roume J, Hadj-Rabia S, Bouadjar B, Taieb A, de Verneuil H, Benchiki H, Grandchamp B, Sarasin A. Journal of Investigative Dermatology 2010 ; 130(6):1537-1542

Hypoxia-inducible factor-1alpha regulates the expression of nucleotide excision repair proteins in keratinocytes. Rezvani HR, Mahfouf W, Ali N, Chemin C, Ged C, Kim AL, de Verneuil H, Taïeb A, Bickers DR, Mazurier F. Nucleic Acids Research 2010 ; 38(3):797-809

Performance of the BioPlex 2200 multiplexing immunoassay platform for the detection of herpes simplex virus type 2 specific antibodies in African settings. LeGoff J, Grésenguet G, Gody C, Longo J de D, Khonde N, Weiss HA, Mayaud P, Bélec L ; ANRS 12-12 Study Group. Clinical and Vaccine Immunology 2011 ; 18:1191-93

Impact of acyclovir on genital and plasma HIV-1 RNA, genital herpes simplex virus type 2 DNA, and ulcer healing among HIV-1 infected African women with herpes ulcers. Mayaud P, Legoff J, Weiss HA, Grésenguet G, Nzambi K, Bouhlal H, Frost E, Pépin J, Malkin JE, Hayes RJ, Mabey DC, Bélec L ; ANRS 1212 Study Group. Journal of Infectious Diseases 2009 ; 200(2):216-226

Performance of HerpeSelect and Kalon assays in detection of antibodies to herpes simplex virus type 2. LeGoff J, Mayaud P, Gresenguet G, Weiss HA, Nzambi K, Frost E, Pepin J, Belec L ; ANRS 12-12 Study Group. Journal of Clinical Microbiology 2008 ; 46(6):1914-1918

Unexpected high prevalence of HSV2 seropositivity and HSV genital shedding in pregnant women living in an East Paris suburban area. LeGoff J, Saussereau E, Boulanger MC, Chemin C, Si-Mohamed A, Bélec L, Maisonneuve L. International Journal of STD & AIDS. 2007 ; 18(9):593-595

Real-time PCR quantification of genital shedding of herpes simplex virus and human immunodeficiency virus in women coinfected with HSV and HIV. Legoff J, Bouhlal H, Gresenguet G, Weiss H, Khonde N, Hocini H, Desire N, Si-Mohamed A, de Dieu Longo J, Chemin C, Frost E, Pepin J, Malkin JE, Mayaud P, Belec L. Journal of Clinical Microbiology 2006 ; 44(2):423-432