César Ruiz

Chercheur postdoctoral ANR SESAM
ORCID
Institut Méditerranéen de Biodiversité et d’Écologie Marine et Continentale (IMBE) - DFME
UMR 7263 CNRS, Aix Marseille Université, IRD, Avignon Université
Station Marine d’Endoume
Rue de la batterie des lions, 13007 Marseille
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Mon parcours de biologiste marin

Depuis ma licence, j´ai suivi une formation académique centrée sur l’Ecologie marine. J´ai réalisé plusieurs stages au cours de ma formation, avec un intérêt particulier pour les populations benthiques, plus précisément sur les éponges, des modèles biologiques en évolution et en écologie. J’ai fini ma thèse en 2017. Cette étude originale à couplé divers domaines tels que la Génétique, la Métabolomique et le Métabarcoding pour évaluer la biodiversité et l´évolution des éponges dans un écosystème extrême et peu connu comme les grottes sous-marines.

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FORMATION
2003 – 2009 License Biologie Marine - Universidad Jorge Tadeo Lozano
Bogotá – Colombia

2010 – 2012 Master d´Océanographie spécialité Ecologie et Biologie Marine - Aix-Marseille Université
Marseille – France

2013 - 2017 Doctorant Sciences de l´Environnement. Titre de la thèse « Apport de la Taxonomie Intégrative à la compréhension des mécanismes à l’origine de la biodiversité des spongiaires dans les grottes sous-marines » Directeur de thèse : Thierry PEREZ ; Co-directeur : Olivier THOMAS. Soutenance réalisé le 23 juin 2017. Aix Marseille Université

EXPÉRIENCE PROFESSIONNEL
Mars à décembre 2009 Assistant de recherche
Soutien aux activités administratives, de laboratoire, plongée, et analyse d´information dans le projet de recherche « Evaluación de la oferta natural y potencial de producción de metabolitos bioactivos de la esponja marina Discodermia dissoluta » Santa Marta – Colombia Universidad Nacional de Colombia.

Aout 2105 à décembre 2016
Agent contractuel CNRS
Soutien aux activités de laboratoire, plongée, et analyse d´information dans divers projets de recherche au sein de l’Institut méditerranéen de biodiversité marine et continentale Marseille - France IMBE

Avril 2016-2019 (8hrs/an) Enseignant cours « Biodiversité Marine » « DESU biodiversité, villes et territoire » Marseille – France, Aix-Marseille Université.

Octobre 2017 à Aout 2018 ATER Aix-Marseille Université. Ecologie marine et continentale ; Marseille – France IMBE

Octobre 2021 - Présent Post Doctorant
Titre du projet de recherche : Characterizing Sponge Exo-metabolomes as sustainable Sources of new AntiMicrobial (SESAM).
Ma principale mission est la mise en place des protocoles expérimentaux pour la séparation et l’identification des cellules d’éponges ainsi que de caractériser la communauté microbienne associée aux espèces d’éponges étudiés.

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Bibliographie

Revues indexées ISI

RUIZ, C.A, ZEA, S. VALDERRAMA, K. and CASTELLANOS, L. 2013. Mariculture and natural production of the antitumoral (+)-Discodermolide by the Caribbean marine sponge Discodermia dissoluta. Marine Biotechnology. 15(5) : 571-583

BOURY-ESNAULT, N., LAVROV., D. RUIZ, C.A and PEREZ, T. 2013. Integrative taxonomy applied to Homoscleromorpha. Integrative and Comparative Biology. 5 (3) : 416-427

RUIZ, C.A, IVANISEVIC, J., CHEVALDONNE, P., ERESKOVSKY, A., BOURY-ESNAULT, N., VACELET, J., THOMAS, O. and PEREZ, T. 2015. Integrative taxonomic description of Plakina kanaky, a new polychromatic sponge species from New Caledonia (Porifera : Homoscleromorpha). Marine Ecology. 36 : 1129-1143

RUIZ, C., MURICY, G., LAGE, A., DOMINGOS, C., CHENESSEAU, S. and PEREZ, T. 2017.
Descriptions of a new sponge species and genus, including aspiculate Plakinidae, overturn the Homoscleromorpha classification. Zoological Journal of the Linnean Society. 179 : 707-724

PEREZ, T., Díaz M.-C., RUIZ, C., CONDOR-LUJAN, B., KLAUTAU, M., HAJDU, E., LOBO-HAJDU, G., ZEA, S., POMPONI, S.A., THACKER, R.W., CARTERON, S., TOLLU, G., POUGET-CUVELIER, A., THELAMON, P., MARECHAL, J.-P., THOMAS, O.P., ERESKOVSKY, A.E., VACELET, J. and BOURY-ESNAULT, N. 2017. How a collaborative integrated taxonomic effort has trained new spongiologists and improved knowledge of Martinique Island (French Antilles, eastern Caribbean Sea) marine biodiversity. PLoS ONE 12(3) : e0173859

PEREZ, T. and RUIZ, C. 2018. Description of the first Caribbean Oscarellidae (Porifera : Homoscleromorpha). Zootaxa 4369(4) : 501-514

LAGE, A. MURICY, G. RUIZ, C and PEREZ, T. 2018. New sciaphilic plakinids (Porifera, Homoscleromorpha) from the Central-Western Pacific. Zootaxa 4466(1):8-38

GRENIER, M. RUIZ, C, FOURT, M. SANTOJA, M. DUBOIS, M. KLAUTAU, M. VACELET, J. BOURY-ESNAULT, N. and PEREZ, T. 2018. Sponge inventory of the French Mediterranean waters, with emphasis on cave-dwelling species. Zootaxa 4466(1) : 205-228

GRENIER, M. RUIZ, C. LAGE, A. PEREZ, T. 2020. New cave-dwelling Plakina (Plakinidae, Homoscleromorpha, Porifera) from Martinique Island (French Antilles). Zootaxa 4729(1):92-104
RUIZ, C. VILLEGAS, M. THOMAS, O. JUNCA, H. PEREZ, T. 2020. Specialized microbiome of the cave-dwelling sponge Plakina kanaky (Porifera, Homoscleromorpha). FEMS, Microbial Ecology 96(4) :1-8. Fiaa043

POZDNYAKOV, I, AGNIYA, S, SERGEY, K, RUIZ ,C, PEREZ, T, EKIMOVA, I, ERESKOVSKY A. 2020 Morphological variability of choanocyte kinetids supports a novel systematic division within Oscarellidae (Porifera, Homoscleromorpha). J Zool Syst Evol Res. 00 : 1– 13.

STILLITANI, D. ERESKOVSKY, A. PEREZ, T. RUIZ, C. LAPORT, M. PUCCINELLI, G. CASSIOLATO, C. HARDOIM, WILLENZ, P. MURICY, G. Solving a taxonomic puzzle : integrative taxonomy reveals new cryptic and polymorphic species of Oscarella in Southeastern Brazil (Homoscleromorpha : Oscarellidae). Invertebrate systematics (in press).

RUIZ, C. ERESKOVSKY, A. PEREZ, T. New skeleton-lees Homoscleromorpha (Porifera, Homoscleromorpha) from the Caribbean sea : exceptions to rules are definitely common in sponge taxonomy. Zootaxa (in press)


Autres revues et rapports scientifiques

RUIZ, C. and ZEA, S. 2012. Historia natural de la esponja Discodermia dissoluta (Porifera : Demospongiae : Lithistida) en Santa Marta, Caribe colombiano. Boletin de Investigaciones Marinas y Costeras 41(1) : 85-102.

RUIZ, C. 2012. Taxonomie intégrative des éponges Homoscleromorpha : approche morphologique, cytologique et moléculaire. Rapport de Master 2 Océanographie

RUIZ, C. 2013. A new Plakina species description using the integrative Taxonomy approach. Rapport DU PREDice.

RUIZ, C. 2017. Apport de la Taxonomie Intégrative à la compréhension des mécanismes à l’origine de la biodiversité des spongiaires dans les grottes sous-marines ». Aix Marseille Université. Manuscrit pour obtenir le titre de docteur en Sciences de l’Environnement.