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SUMMARY:Thèse de Salomé Coquin "Métabolites spécialisés volatils et non volatils des Magnoliophytes marines : caractérisation et saisonnalité en mer Méditerranée"
DESCRIPTION:Madame Salomé Coquin\, doctorante à l’IMBE\, équipe Ecologie fonctionnelle : des systèmes socioécologiques aux molécules\, soutiendra publiquement ses travaux de thèse le mercredi 10 décembre 2025\, à 9h dans l’amphithéâtre INSPE\, Campus Saint-Jérôme. Pour suivre la soutenance en distanciel.  \nDevant le jury composé de : \n\nDr Anne-violette Lavoir\, Rapporteure\, Université Côte d’Azur\nDr Philippe Potin\, Rapporteur\, Station Biologique de Roscoff\, Université de Brest\nDr Jean-Baptiste Raina\, Examinateur\, Université de technologie de Sydney\, Australie\nPr Patricia Bonin\, Examinatrice\, Aix-Marseille Université\nPr Catherine Fernandez\, Directrice de thèse\, Aix-Marseille Université\nDr Elena Ormeno-Fuentes\, Co-directrice de thèse\, CNRS\n\n  \nRésumé des travaux : \nLes métabolites spécialisés des espèces végétales\, volatils ou non volatils\, sont des molécules clés du fonctionnement des écosystèmes jouant un rôle majeur dans la défense contre les stress biotiques (herbivorie\, compétition) et abiotiques (sécheresse\, température)\, et dans la médiation chimique intra- et interspécifique. Leur étude éclaire ainsi les mécanismes de résistance et de résilience des plantes face aux changements environnementaux. \nBien que cruciaux\, ces composés restent peu connus dans les milieux marins\, notamment chez les Magnoliophytes marines\, essentielles à la qualité des eaux\, à la stabilité des côtes et à la séquestration du carbone bleu. Or\, ces services sont menacés car les herbiers marins sont en déclin dû aux changements globaux. Une compréhension approfondie de leurs métabolites spécialisés pourrait améliorer la compréhension des dynamiques de ces écosystèmes dans un contexte de changements globaux. \nLes travaux de thèses présentés s’inscrivent dans ce cadre en visant à 1) caractériser les métabolites spécialisés volatils ou Composés Organiques Volatils Biogéniques (COVB)\, 2) caractériser les métabolites spécialisés non-volatils\, 3) déterminer l’impact de la saisonnalité sur les COVB et 4) déterminer l’impact de la saisonnalité sur les métabolites non volatils pour quatre espèces majeures de Magnoliophytes méditerranéennes : Posidonia oceanica\, Cymodocea nodosa\, Zostera noltei et Zostera marina. Les COVB ont été prélevés par fibres SPME et analysés en GC-MS\, et les métabolites non volatils ont été extraits par solvant et détectés par UHPLC-qToF-MS sur des échantillonnages ponctuels et saisonniers. \nLes volatilomes (i.e.\, ensemble des composés volatils produits par un individu) et les métabolomes (i.e.\, ensemble des composés non-volatils produits par un individu) des différentes espèces d’herbiers marins présentent une forte diversité chimique. Plusieurs familles de composés identifiés sont bien connues en milieu terrestre comme l’acide chicorique\, l’acide rosmarinique\, le benzaldéhyde ou α-ionone. Cependant\, ces travaux ont également mis en évidence la présence de composés caractéristiques du milieu marin comme les composés halogénés (1-chlorodecane) et les composés soufrés (sulfure de diméthyl – DMS). Certains composés se sont révélés être des biomarqueurs spécifiques\, permettant de discriminer chimiquement les espèces entre elles\, avec des biomarqueurs volatils tels que le citral\, l’humulène ou l’alloaromadendrène ainsi que des composés non-volatils comme la rutine ou le sulfate de kaempferol. Les résultats obtenus confirment la phylogénie des espèces étudiées avec des volatilomes et des métabolomes plus ou moins proches en fonction des séparations phylogéniques\, prouvant l’intérêt de la chimiotaxonomie comme un outil complémentaire pour la distinction des espèces. De plus\, la saisonnalité influence significativement la production de composés spécialisés. L’été\, se distingue particulièrement par un nombre important de composés spécifiques comme le3-hexen-1-ol\, le menthol\, zonarene\, l’acide succinique et l’acide férulique. Ces résultats suggèrent que les métabolites spécialisés des plantes marines pourraient jouer des rôles de composés de défense\, grâce à leurs propriétés antioxydantes déjà mises en évidence en milieu terrestre. Au-delà de la variabilité saisonnière\, cette étude a également permis de mettre en évidence une variabilité spatiale importante pouvant révéler une acclimatation métabolique spécifique à des conditions environnementales suggérant des chémotypes chez C. nodosa. Ces premiers résultats offrent une base pour de futures recherches mécanistiques\, en particulier sur le rôle fonctionnel de ces composés dans l’écologie chimique des herbiers marins. \n 
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LOCATION:Amphitéatre INSPE\, Campus Saint-Jérôme\, 52 Av. Escadrille Normandie Niemen\, Marseille\, 13013
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SUMMARY:Thèse de  Mas-Normand Lindsay "Nouveaux développements analytiques pour la métabolomique et l’annotation d’extraits de plantes tinctoriales : Applications dans un contexte de patrimoine culturel"
DESCRIPTION:Madame Mas-Normand Lindsay\, doctorante à l’IMBE\, équipe Ecologie\, Ecotoxicologie & Chimie appliquées à l’Agroécologie et à la Restauration\, soutiendra publiquement ses travaux de thèse le mercredi 10 décembre 2025\, à 9h30 dans L’Amphithéâtre Agrosciences\, Avignon. Pour suivre la soutenance en distanciel. \nDevant le jury composé de : \n\nMme Émilie Destandau\, Professeure\, Université d’Orléans\, Rapporteure\nMme Audrey Le Gouellec\, Maître de Conférences\, HDR\, Université Grenoble Alpes\, Rapporteure\nJoël Boustié\, Professeur\, Université de Rennes 1\, Examinateur\nThibaut Devièse\, Maître de Conférences\, HDR\, Aix Marseille Université\, Examinateur\nGérald Culioli\, Professeur\, Avignon Université\, Directeur de thèse\nOlivier Dangles\, Professeur émérite\, Avignon Université\, Co-directeur de thèse\nMme Carole Mathe de Souza\, Maître de Conférences\, HDR\, Avignon Université\, Co-directrice de thèse\n\n\nRésumé des travaux : \nLes colorants naturels ont été employés par l’Homme afin de teindre des tissus et divers objets du quotidien jusqu’à la fin du XIXème siècle. Aujourd’hui\, historiens\, conservateurs de musées et scientifiques tentent de décrypter les secrets d’objets patrimoniaux\, afin de mieux comprendre leur histoire et de mieux les préserver. Grâce aux données recueillies\, il est parfois possible de remonter aux techniques et matériaux employés lors de leur teinture\, ou aux échanges de matières premières et de savoir-faire. Afin d’obtenir de telles informations\, un large panel de techniques analytiques peuvent être mises en œuvre. Néanmoins\, il est souvent ardu de remonter à l’origine botanique exacte des colorants naturels identifiés dans un objet\, notamment dans le cas de la couleur jaune. En effet\, cette couleur peut être obtenue à partir d’une grande variété de plantes tinctoriales et de nombreux composés sont communément retrouvés chez plusieurs d’entre elles. \nAfin de proposer une méthode permettant d’identifier avec précision l’origine botanique des colorants ayant servi à teindre des objets patrimoniaux\, mais aussi de mieux caractériser l’impact des conditions de teinture et de dégradation sur leurs compositions en molécules colorantes\, une approche métabolomique non ciblée est proposée dans le cadre de ces travaux de thèse. La métabolomique a déjà fait ses preuves dans le cadre d’études sur les stress environnementaux\, la découverte de biomarqueurs ou la recherche de molécules bioactives\, mais son utilisation reste encore anecdotique en chimie du patrimoine. \nLe premier objectif de cette thèse a consisté à développer une approche métabolomique non ciblée\, utilisant la LC-HRMS/MS et des outils d’annotation tels que les réseaux moléculaires\, afin de déterminer des marqueurs chimiques spécifiques propres à une sélection de plantes tinctoriales jaunes. Le second objectif a visé à étudier la stabilité et la dégradation de molécules colorantes\, en fonction des conditions de teinture\, de conservation de l’objet et des méthodes d’extraction employées. Enfin\, le troisième objectif a eu pour but d’appliquer la méthode développée à des objets anciens et de voir s’il était possible de retrouver certains des marqueurs chimiques décrits au niveau des deux premiers objectifs. \n 
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LOCATION:Avignon Université\, Campus Jean-Henri Fabre\, Bâtiment A\, Amphi Agrosciences\, 301 Rue Baruch de Spinoza\, Avignon\, 84140\, France
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