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SUMMARY:Thèse de Léa Saby "Évaluer des Solutions Fondées sur la Nature pour restaurer des pelouses méditerranéennes : Impacts des héritages écologiques sur les communautés et espèces dominantes"
DESCRIPTION:Madame Léa Saby \, doctorante à l’IMBE\, équipe Ecologie\, Ecotoxicologie & Chimie appliquées à l’Agroécologie et à la Restauration\, soutiendra publiquement ses travaux de thèse le jeudi 27 novembre 2025\, à 14h dans l’ Amphithéâtre de l’IUT d’Avignon. Pour suivre la soutenance en distanciel. \nDevant le jury composé de : \n\nEstelle Langlois\, Professeure\, ECODIV\, Université de Rouen\, rapporteure\nGregory Mahy\, Professeur\, Gembloux Agro-bio Tech\, Université de Liège\, Belgique\, rapporteur\nAdeline Bulot\, Maîtresse de Conférences\, BAGAP\, Institut Agro Rennes-Angers\, examinatrice\nRenaud Jaunatre\, Chargé de Recherches Inrae\, LESSEM\, Grenoble\, examinateur\nThierry Dutoit\, Directeur de Recherches Cnrs\, IMBE\, directeur de thèse\nChristel Vidaller\, Maîtresse de Conférences\, IMBE\, Université d’Avignon\, co-encadrante de thèse\nPierre Bourget\, Directeur de la Société des Carrières de La Ménudelle\, Fos-sur-Mer\, invité\n\n  \nRésumé des travaux : \nLes pelouses méditerranéennes de la plaine de Crau constituent des écosystèmes semi-naturels uniques\, reconnus pour leur grande richesse floristique et faunistique ainsi que pour leur valeur patrimoniale élevée. Cependant\, ceux-ci sont aujourd’hui menacés en raison de l’intensification agricole et du développement industriel. Restaurer leur diversité et leurs fonctions écologiques représente alors un défi majeur\, d’autant plus que ces écosystèmes sont fortement contraints par les héritages écologiques liés aux usages passés des sols. Cette thèse s’inscrit dans le cadre de la recherche de Solutions Fondées sur la Nature (NbS) pour restaurer ces pelouses\, en évaluant différentes méthodes allant de la réhabilitation de l’habitat à la biodiversité via des approches en écologie des communautés et dynamique des populations. \nDans un premier temps (chapitre 1)\, nous avons évalué les effets à moyen-terme (vingt années après leur mise en oeuvre)\, d’une restauration fondée sur la réhabilitation du micro-habitat (remise en place du recouvrement en galets) et la réintroduction de l’espèce dominante Brachypodium retusum. Si les galets ont favorisé la création de micro-habitats propices et soutenu certaines communautés d’invertébrés\, les effets de l’introduction du brachypode se sont révélés contrastés : augmentation de la biomasse et stabilisation du couvert herbacé\, mais réduction de la richesse végétale et du fourrage disponible. Ces résultats montrent donc que la réintroduction d’une espèce dominante seule ne suffit pas à restaurer la complexité et la diversité des communautés caractéristiques à moyen terme. \nLes chapitres 2 et 3 se sont focalisés sur des méthodes de restauration par apport d’un pool d’espèces comparant un mélange commercial de semences\, le transfert de foin et une méthode innovante utilisant les dépotoirs de fourmis. Le suivi à court terme (6 mois) a montré que les semis commerciaux échouaient en conditions réelles\, dominés par quelques espèces peu adaptées et parfois avec des espèces indésirables par rapport aux objectifs de restauration. En revanche\, le transfert de foin et les dépotoirs de fourmis ont permis l’installation d’une végétation plus riche et plus proche de la référence. Le suivi prolongé (3 ans) a confirmé l’efficacité du foin\, qui favorise la convergence floristique vers les communautés de référence\, tandis que les dépotoirs se sont révélés complémentaires en enrichissant les communautés en espèces spécialisées des croûtes biologiques\, un faciès typique des pelouses sub-steppiques de Crau. \nEnfin\, le chapitre 4 a abordé la restauration ciblée d’espèces dominantes (Brachypodium retusum et Thymus vulgaris) absentes malgré les semis\, en testant différentes modalités de réintroduction. Les résultats ont montré que les semis restaient peu efficaces\, tandis que la transplantation de jeunes plants augmentait significativement les taux de survie et d’installation. Les performances dépendaient néanmoins de l’origine du matériel (locale vs micro-locale) et du type de sol\, les sols issus d’anciens vergers apparaissant particulièrement défavorables. \nDans l’ensemble\, cette thèse souligne l’importance des héritages écologiques dans les trajectoires de restauration. Les sols agricoles fortement enrichis en nutriments apparaissent les plus difficiles à restaurer\, alors que les sols issus de steppe\, même remaniés et stockés pendant plusieurs années\, conservent des propriétés plus favorables. Elle met aussi en avant la pertinence des approches combinées : transfert de foin pour installer rapidement une matrice\, dépotoirs de fourmis pour enrichir en espèces spécialisées\, et introduction ciblée des espèces dominantes par transplants. \n 
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SUMMARY:Thèse de Maximillien FIL "Design et optimisation de nouvelles drogues naturelles pour lutter contre la tuberculose"
DESCRIPTION:Monsieur Maximillien FIL \, doctorant à l’IMBE\, équipe Ecologie fonctionnelle : des systèmes socioécologiques aux molécules\, soutiendra publiquement ses travaux de thèse le jeudi 27 novembre 2025\, à 14h dans la salle des thèses  de la faculté de Pharmacie. \nDevant le jury composé de : \n\nProfesseur Nicolas WILLAND\,  Rapporteur\, Université de Lille\nProfesseur Rino RAGNO\, Rapporteur\, Sapienza Université de Rome\nDocteur Jessica HERNANDEZ\, Examinatrice\, Aixial\nProfesseure Laurence FERAY\, Présidente du jury\, Aix-Marseille Université\nDocteure Sandrine ALIBERT\, Directrice de thèse\, Aix-Marseille Université\nProfesseur Gérard BOYER\, Co-encadrant\, Aix-Marseille Université\nDocteur Paul BREMOND\, Membre Invité\, Aix-Marseille Université\nProfesseure Christine CONTINO-PEPIN\,  Membre Invitée\, Université d’Avignon\n\n  \nRésumé des travaux : \nDepuis l’antiquité\, la tuberculose est l’une des principales causes de mortalité ayant touché l’humanité. Si depuis la deuxième moitié du XXe siècle\, celle-ci est de mieux en mieux prise en charge\, elle demeure encore aujourd’hui la première cause de décès liés aux maladies infectieuses dans le monde. De plus\, l’émergence de résistances du pathogène Mycobacterium tuberculosis\, notamment à la rifampicine et à l’isoniazide – deux des quatre molécules de la quadrithérapie utilisée en première intention – rend indispensable le développement de nouvelles thérapeutiques. \nParmi les premiers freins au développement de nouvelles thérapeutiques antituberculeuses\, se trouve la membrane mycobactérienne\, membrane vitale particulièrement complexe et lipophile représentant un réel obstacle vis-à-vis des antibiotiques. Celle-ci est entre autres caractérisée par la présence d’acides mycoliques ainsi que d’arabinogalactane. Déstabiliser cette membrane est aujourd’hui une méthode de choix dans le développement de nouveaux composés à visée antituberculeuse. \nAfin de participer à la lutte contre la maladie\, cette étude propose le développement de modèles 3D-QSAR (Analyse quantitative 3D des relations structure-activités) basés des modèles pharmacophoriques 3D ainsi que des modèles de machine learning\, et tout particulièrement de Random Forest (RF) pour la découverte de composés capable de cibler l’Enoyl-[acyl-carrier-protein] réductase (InhA) et la Décaprenylphosphoryl-beta-D-ribose oxydase (DprE1)\, deux enzymes impliquées respectivement dans la biosynthèse des acides mycoliques et de la mycomembrane de Mycobacterium tuberculosis. Quarante-trois modèles pharmacophoriques 3D ont été réalisés et cinq d’entre eux ont été retenus pour le développement de modèles de RF. 10 modèles de RF qualitatifs ont ensuite été réalisés avec des F1 scores allant de 0\,88 à 0\,97 et des justesses entre 0\,96 et 0\,99. \nL’analyse de ces modèles souligne l’importance de descripteurs comme le Shape Index\, la masse molaire ou la globularité pour identifier de nouveaux inhibiteurs d’InhA. De la même manière\, si la prise en compte du Shape Index ou de la masse molaire restent clés pour l’inhibition de DprE1\, d’autres paramètres comme le volume et la surface de Van der Waals ou le LogP doivent être pris en compte pour inhiber correctement cette cible. \nCes modèles ont ensuite été utilisés pour le criblage in silico de près de 30 000 composés majoritairement d’origine naturelle. Lors des premiers criblages in vitro sur les 16 premiers composés sélectionnés et testés sur Mtb H37Ra\, 7 ont démontré une CMI50 soit un taux de sélection de hit de 47 %. \nParmi les composés potentiellement actifs\, 7 composés étaient prédits actifs par l’entièreté des modèles des deux cibles InhA et DprE1. Parmi ses composés\, se trouvait une quinazolin-4-one substituée en position 3\, 6 et 7. Une approche dite « multitarget » pouvant être une solution clé dans la prévention de l’émergence de résistances\, il a été choisi de synthétiser une série de 17 quinazolin-4-ones substituées en position 3 par une chaîne peptidique dont les tests microbiologiques sur Mtb H37Ra sont en cours. \nEn définitive\, ces travaux montrent le potentiel des modèles de 3D-QSAR et particulièrement de machine learning dans la lutte contre la tuberculose et dans les process de Drug Discovery. Ils mettent également en lumière le potentiel antituberculeux des quinazolin-4-ones substituées en position 3 par une chaîne peptidique. \n  \n 
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