Journée de Conférences : Exploration de la Biodiversité par NGS, de nouveaux horizons ?

Cette journée de conférences est organisée par l’axe 2

La révolution du séquençage haut débit en écologie est au programme le jeudi 16 mai à l’IMBE

L’innovation technologique dans le domaine du séquençage à haut débit ouvre de nouvelles perspectives en écologie. En comparaison avec les méthodes désormais classiques de l’écologie moléculaire, les nouvelles possibilités de criblage de la variation sont infiniment plus poussées tant pour l’étude de la diversité des organismes que celle des génomes ou des transcriptomes.

De nombreux thèmes de l’écologie sont concernés : étude des interactions biotiques, du polymorphisme adaptatif ou des patrons d’expression, description des communautés présentes ou passées, le tout en relation avec les facteurs du milieu ou les changements de l’environnement (pollutions, climat, pathogènes).

Ces innovations « NextGen » ou « NGS » s’accompagnent d’une nouvelle génération de marqueurs moléculaires donc de nouveaux défis techniques, informatiques et analytiques.

Programme

9h30-11h
Jean François Martin (CBGP)
Barcoding environnemental par séquençage haut débit - Potentiel et limites.

Hervé Sanguin (LSTM)
Apport des NGS pour l’étude de la diversité mycorhizienne en milieu méditerranéen : perspectives pour le décryptage des réseaux écologiques

Pause-Café

11h30-12h30

Didier Aurelle (IMBE)
De nouveaux outils pour une vieille question :
apport des NGS pour l’étude des processus adaptatifs chez les cnidaires

Jérémie Vidal-Dupiol (2EI, Perpignan)
Stratégies et méthodes de RNA-seq appliquées aux questions écologiques sur organismes non-model

Pause Déjeuner

14h-16h

Pierre Edouard Fournier (URMITE, Marseille)
Applications de la génomique aux microoganismes pathogènes dans l’IHU Méditerranée-Infection

Erick Desmarais (ISEM)
Tolérance au jeûne chez le loup de mer :
Recherche des déterminants génomiques grâce aux NGS.

Pierre Alexandre Gagnaire (ISEM)
Étude de l’architecture génomique de l’adaptation locale et de l’isolement reproductif à l’aide de marqueurs RAD

Lieu
Aix-Marseille Université - Campus de Saint Charles (centre-ville de Marseille, à 1 minute de la gare)
salle LSH204. La salle LSH204 est située au nord est du campus dans un bâtiment intitulé « Espace Yves Mathieu ». Télécharger le plan d’accès

Inscription
Cette journée est gratuite mais pour nous permettre de l’organiser au mieux (nombre de places limité) inscrivez-vous en envoyant un mail à Alex Baumel avant le 13 mai 2013

Contact
Alex Baumel