Les recherches de l’équipe OEB (Eq.2)

Thèmes

Les recherches de l’équipe s’organisent autour de 3 grands thèmes :

  • Monotoring/barcoding et Biodiversité
  • Eco/Evo/Devo
  • Histoire Evolutive et Conservation

Mots clés
Evolution, écologie évolutive, écologie moléculaire, évolution des plans d’organisation, évolution moléculaire, évolution des génomes, population, spéciation, phylogéographie, évo-devo, éco-évo-devo, coévolution hôte-symbiotes

Collaborations

- INTERNES (IMBE) :
équipe Biomarqueurs, Environnement, Santé-BES

Programmes

Projet ANR DYNAMIC
Ce projet collaboratif autour du bassin méditerranéen est axé sur l’étude du caroubier (Ceratonia siliqua L.), l’un des fruitiers méditerranéen majeur. Ce projet s’articule selon plusieurs axes :
• Caractérisation de sa diversité génétique et de sa phylogéographie
• Caractérisation de son microbiome symbiotique
• Identification des facteurs écologiques et biogéographiques contrôlant la diversité du microbiome symbiotique

Projet International de Coopération Scientifique (PICS, CNRS) STRAS
Ce projet vise à développer des outils permettant d’observer le comportement (migration, division, mort cellulaire...) des cellules chez les éponges. Actuellement, seules les techniques d’histologie classique sont disponibles chez ces organismes et ne permettent pas d’appréhender ces processus. Ce projet est un projet fédératif entre 4 instituts (3 français et 1 australien) travaillant sur 3 modèles éponges différents. Ce projet a fait l’objet d’une communication affichée dans le cadre des journées OSU-Pytheas

Programme PROTEKER
Ce programme vise à mettre en place des séries d’observation à long terme afin d’évaluer l’impact du changement climatique sur la biodiversité et les écosystèmes marins en Antartique

Projet LIFE Habitats Calanques
Le parc national périurbain des Calanques est soumis à de fortes pressions anthropiques qui conduisent à d’importants bouleversements tels que la perte considérable d’espèces endémiques rares et la dégradation des habitats naturels. Les principaux enjeux sont la restauration et la préservation des habitats littoraux d’intérêt communautaire et des espèces structurantes associées qui connaissent un déclin exponentiel.

Projet SeAMoBB

Projet Biogéographie et conservation de la sabline de Provence : lien page web

Publications

liste des publication 2018 :
1. Baumel A, Mirleau P, Viruel J, Boudagher Kharrat M, La Malfa S, Ouahmane L, Diadema K, Moakhar M, Sanguin H, Médail F. 2018. Assessment of plant species diversity associated with the carob tree Ceratonia siliqua, Fabaceae at the Mediterranean scale. Plant Ecology and Evolution, 1512:185-193
2. Belahbib H, Renard E, Santini S, Jourda C, Claverie JM, Borchiellini C, Le Bivic A. 2018. New genomic data and analyses challenge the traditional vision of animal epithelium evolution. BMC genomics, 191, 393
3. Cahill A, Pearman JK, Borja A, Carugati L, Carvalho S, Danovaro R, Dashfield S, David R, Féral J-P, Olenin S, Šiaulys A, Somerfield PJ, Trayanova A, Uyarra MC, Chenuil A 2018. A comparative analysis of metabarcoding and morphology-based identification of benthic communities across different regional seas. Ecology and Evolution 8 17 : 8908-8920
4. Chenuil A, Saucède T, Hemery LG, Eléaume M, Féral J-P., Améziane N, David B, Lecointre G, Havermans C. 2018. Understanding the origin of species flocks : a focus on processes. Biological Reviews 931 : 481-504.
5. Díaz A, Gérard K, González-Wevar C, Maturana C, Féral J-P, David B, Saucède T, Poulin E 2018. Genetic structure and demographic inference of the regular sea urchin Sterechinus neumayeri Meissner, 1900 in the Southern Ocean : The role of the Quaternary glaciations. PLOS ONE 136 : e0197611
6. Fraïsse C, Haguenauer A, Gérard K, Weber A A-T, Bierne N & Chenuil A. Fine-grained habitat-associated genetic connectivity in an admixed population of mussels in the small isolated Kerguelen Islands. Recommandé par PCI Evol Biol. Publié online sous BIORXIV
7. González-Wevar CA, Segovia NI, Rosenfeld S, Ojeda J, Hüne M, Naretto J, Saucède T, Brickle P, Morley S, Féral J-P., Spencer HG, Poulin E 2018 Unexpected absence of island endemics : long-distance dispersal in higher latitude sub-Antarctic Siphonaria Gastropoda : Euthyneura species. Journal of Biogeography 454 : 874-884
8. Guillaumot C, Fabri-Ruiz S, Martin A, Eleaume M, Danis B, Féral J-P, Saucède T. 2018. Benthic species of the Kerguelen Plateau show contrasting distribution shifts in response to environmental changes. Ecology and Evolution. 8 12 : 6210-6225
9. Klonowska A, Melkonian R, Miché L, Tisseyre P, and L. Moulin. 2018. Transcriptomic profiling of Burkholderia phymatum STM815, Cupriavidus taiwanensis LMG19424 and Rhizobium mesoamericanum STM3625 in response to Mimosa pudica root exudates illuminates the molecular basis of their nodulation competitiveness and symbiotic evolutionary history. BMC Genomics 19:105. DOI 10.1186/s12864-018-4487
10. Losi V, Sbrocca M, Gatti G, Semprucci F, Rocchi M, BianchiCN, Balsamo M 2018. Sessile macrobenthos Ochrophyta drives seasonal change of meiofaunal community structure on temperate rocky reefs. Marine Environmental Research, 142 : 295-305
11. Médail F, Baumel A. 2018. Using phylogeography to define conservation priorities : The case of narrow endemic plants in the Mediterranean Basin hotspot. Biological Conservation, 224, 258-266.
12. Migliore J, Baumel A, Leriche A, Juin M, Médail F. 2018. Surviving glaciations in the Mediterranean region : an alternative to the long-term refugia hypothesis. Botanical Journal of the Linnean Society, 1874, 537-549
13. Oxusoff L, Préa P, Perez Y. A complete logical approach to resolve the evolution and dynamics of mitochondrial genome in bilaterians. PLoS One. 2018 Mar 16 ;133:e0194334.
14. Prunier JG, Dubut V, Loot G, Tudesque L, Blanchet S. 2018. The relative contribution of river network structure and anthropogenic stressors to spatial patterns of genetic diversity in two freshwater fishes : A multiple‐stressors approach. Freshwater Biology, 631, 6-21.
15. Raymon O ,Gouzy,J , Just J, Badouin H, Verdenaud M, Lemainque A, Vergne P, Moja S, Choisne N, Pont C, Carrère S, Caissard J-C, Couloux A, Cottret L, Aury J, Szécsi J, Latrasse D, Madoui M-A, François L, Fu X, Yang S, Dubois A, Piola F, Larrieu A, Perez M, Labadie K, Perrier L, Govetto B, Labrousse Y, Villand P, Bardoux C, Boltz V, Lopez-Roques C, Heitzler P, Vernoux T, Vandenbussche M, Quesneville H, Boualem A, Bendahmane A, Liu C, Le Bris M, Salse J, Baudino S, Benhamed M, Wincker P, Bendahmane M. 2018 The Rosa genome provides new insights into the domestication of modern roses, 50 : 772–777
16. Renard E, Leys SP, Wörheide G, Borchiellini C. 2018. Understanding Animal Evolution : The Added Value of Sponge Transcriptomics and Genomics : The disconnect between gene content and body plan evolution. BioEssays, 409, 1700237.
17. Santonja M, Foucault Q, Rancon A, Gauquelin T, Fernandez C, Baldy V, Mirleau P. 2018. Contrasting responses of bacterial and fungal communities to plant litter diversity in a Mediterranean oak forest. Soil Biology and Biochemistry, 125, 27-36.
18. Viruel J, Haguenauer A, Juin M, Mirleau F,Bouteiller D, B oudagher-Kharrat M, Ouahmane L, La Malfa S, Médail F, Sanguin H, Nieto Feliner G, Baumel A. 2018. Advances in genotyping microsatellite markers through sequencing and consequences of scoring methods for Ceratonia siliqua Leguminosae. Applications in Plant Sciences 612 : e1201

Les autres publications impliquant des membres de l’équipe OEB peuvent également être retrouvées dans l’archive ouverte HAL.

Evènements

- L’équipe OEB se réunit tous les vendredi à 13h30. C’est l’occasion d’échanger sur des informations du fonctionnement du laboratoire, projets de recherches, partager ses derniers résultats, présenter de nouveaux arrivants et organiser des séminaires ou « journal club » internes.

- 7 décembre : Journée équipe de fin d’année. L’équipe accueille Pierre Pontarotti pour un séminaire externe

- 30 novembre : soutenance de thèse d’Aurélien de Jode

- 30 novembre : séminaires externes Sophie Arnaud-Haond (Ifremer) et Oscar Gaggiotti (Saint Andrews University, Ecosse)

- Le 8 octobre 2018 : l’équipe OEB participe à la Journée scientifique de l’OSU Pythéas.

- Le 4 octobre 2018 : séminaire externe, l’équipe OEB accueille Nicolas Cerveau (Université de Goettingen, Allemagne)

- Le 28 septembre 2018 : l’équipe OEB (E. Renard et C. Borchiellini) participe à la Nuit Européenne des chercheurs.

- Du 25 au 28 septembre 2018 : l’équipe OEB (E. Renard) participe au meeting international : The 22nd Evolutionary Biology Meeting (Marseille)

- Du 20 septembre au 20 octobre 2018 : L’équipe OEB accueille le Professeur invité Elie Poulin (Université du Chili). Bienvenu !

- Du 19 au 22 août : L’équipe OEB (A. Baumel, A. Chenuil, A. De Jode) participe au congrès international European Society of Evolutionary Biology (ESEB) (Montpellier).

- Le 20 juillet 2018 : journée équipe ! Toute l’équipe se réunit autour de plusieurs présentations suivies d’un bon buffet (les membres de l’équipe ont des talents culinaires cachés !) et de discussions enrichissantes.

Introduction Alex Baumel
Morgan Dutilleul
Lucie Miché
Emese Meglecz
Vincent Dubut

- Le 13 juillet 2018 : séminaire interne Yvan Perez : « Approche logique pour l’étude comparative de l’organisation des gènes mitochondriaux chez les bilatériens », inspiré de son dernier article publié dans PLOS ONE : https://doi.org/10.1371/journal.pone.0194334

- Le 6 juillet 2018 : Romain David soutient sa thèse de doctorat :« De la conception d’un système d’observation à large échelle au déploiement et à l’exploitation du système d’information : application à l’observation du coralligène et à la colonisation de récifs artificiels ». Félicitations !

- Le 6 juillet 2018 : l’équipe OEB participe à la journée des doctorants de l’IMBE. Amélie Vernale reçoit le prix de la meilleure présentation. Félicitations !

- Les 2 et 3 juillet l’équipe OEB accueille Bernard & Sandra Degnan (University of queensland, Australie) : workshop du projet Stras + 2 conférences (Oceanomed, Luminy)

- Le 29 juin 2018 : Laure de Ville d’Avray soutient sa thèse de doctorat : « Etude des services écosystémiques rendus par les habitats coralligènes de Méditerrannée et évaluation de leur valeur économique ». Félicitations !

- Le 19 juin 2018 : plusieurs membres de l’équipe OEB (Alex Baumel, Carole Borchiellini, Emmanuelle Renard, Caroline Rocher, Amélie Vernale) accueillent une classe de CM1 de l’école élémentaire de la Roseraie, dans le cadre d’un projet sur les aires marines éducatives.

- le 13 avril 2018 : séminaire interne Emmanuelle Renard : une réflexion sur l’origine des gamètes animaux et leur pluripotence, faisant l’objet d’un article d’opinion soumis