Pascal Mirleau


Maître de Conférences

Docteur d’Université (PhD.) sp. Ecologie Microbienne

Institut Méditerranéen de Biodiversité et d’Écologie Marine et Continentale (IMBE)

IMBE UMR CNRS 7263, IRD 237

Campus Etoile Faculté St jérome

EQ 2.1 : Interactions, Diversité, Evolution et Adaptation

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Curriculum vitae

2012 - présent, Maître de Conférences, Aix Marseille Université, Institut Méditerranéen de Biodiversité et d’Ecologie Marine et Continentale Equipe 2.1.
2008 - 2012, Maître de Conférences, Université Paul Cézanne - Aix-Marseille III
Institut Méditerranéen d’Ecologie et de Paléoécologie (UMR CNRS 6116).

2006 - 2008 Post-doc , Université Paul Sabatier - Toulouse III
Laboratoire Evolution et Diversité Biologique (UMR CNRS 5174) : « Etude des interractions oiseau – bactérie » (Dir. Philipp Heeb).

2002 – 2005, Post-doc et CDD, Université Claude Bernard - Lyon I
Laboratoire d’Ecologie Microbienne (UMR CNRS 5557 ; USC INRA 1193) : « Etude des potentialités de transferts génétiques horizontaux plante - bactérie lors de la culture de plantes génétiquement modifiées (PGM) » (Dir. Pascal Simonet et René Bally)

2000 – 2002, Research Associate, The University of Manchester - UK
Department of Plant, Microbe and Animal Biology : « Importance de l’assimilation du soufre organique du sol pour la survie de Pseudomonas putida et la stimulation de la croissance des plantes » (Dir. Michael Kertesz).

1996 – 2000, Thèse de Doctorat d’Université, sp.Ecologie Microbienne, INRA / Université de Bourgogne – Dijon Centre de Microbiologie des Sols et de l’Environnement (UMR BBCEIPM) : « Rôle de la pyoverdine et de la nitrate réductase dans la compétence rhizosphérique et tellurique de Pseudomonas fluorescens C7R12 » (Dir. Philippe Lemanceau).

1995 – 1996, DEA d’écologie Microbienne, Université Claude Bernard - Lyon I : « Réduction biologique du manganèse : étude comparée de l’action d’un consortium bactérien et d’une souche pure (Schewanella putrefaciens) sur divers oxydes de manganèse » (Dir. Anne-Monique Gounot & Alain Chalamet).

1993 – 1995, Service National - Volontaire de l’Aide Technique (VAT) :
Direction de la Santé Publique de Polynésie Française :
- Institut Territorial de Recherches Médicales Louis Malardé (Papeete, Tahiti)
- Hôpital de Taihoae - Nuku Hiva, Marquises (CDD, 3 mois).

1992 – 1993, Maîtrise d’Océanographie, Université de Bretagne Occidentale & IFREMER (Brest) :
- Laboratoire d’Ecophysiologie et de Biotechnologie des Halophytes et Algues Marines (stage, 1 mois) : « Extraction de polysaccharides algaux (carraghénane) » (Dir. Eric Deslandes).
- Laboratoire de Biotechnologie des Microorganismes Hydrothermaux (stage, 2 mois) : « Recherche d’enzymes thermostables » (Dir. Christine Ladrat).

1992 Rhône Poulenc, Centre de Production d’antibiotiques - Vitry s/Seine (CDD, 2 mois).

1991 – 1992, BSc. Applied Biochemistry, University of Central Lancashire - Preston (UK).

1989 -1991, BTS Biochimie, Ecole Nationale de Chimie, Physique, Biologie (Paris) :
- CEA – Saclay, Institut National des Sciences et Techniques Nucléaires (stage, 1 mois) : « Clonage d’un gène conférant une résistance au chloramphénicol »
- Forêt Canada, Québec, Centre de Foresterie des Laurentides (stage, 2 mois) : « Caractérisation biotechnologique d’un virus de polyédrie nucléaire pathogène pour la tordeuse des bourgeons de l’épinette, Choristoneura fumiferana Clemens (Lepidoptera : Tortricidae) » (Dir. José Valéro)

Compétences scientifiques

par MIRLEAU Pascal

Ecologie microbienne
Ecologie moléculaire
Ecologie des communautés
Ecologie comportementale et évolutive
Biologie des populations
Génétique procaryote
Bactériologie, Biologie moléculaire, Biochimie
Statistiques multivariées
Bioinformatique
Expérimentation et prélèvements en milieux terrestre et sous-marin (plongeur professionnel Classe II mention B).

Gestion, responsabilité et affiliations

par MIRLEAU Pascal

Activités de gestion
- Mise en place et organisation de laboratoires de bactériologie et biologie moléculaire : gestion des consommables, achats de matériels et montage de dossier le service des marchés de l’Université.
- Développement des analyses moléculaires ‘haut-débit’ : qPCR, fingerprinting, metagénomique et metabarcoding.

Responsabilités collectives
- Membre du Comité d’Organisation et attaché de presse du Congrès SFécologie 2016 à Marseille.
- Participation à l’organisation du Petit Pois Déridé 2013 à Marseille.
- Membre élu du CS de l’IMBE (2012- présent).
- Membre du Comité de Pilotage de la Plateforme Analyse et Valorisation de la - Biodiversité (2012- présent).
- Participation à l’axe BioDivMeX du chantier MISTRALS, groupe de travail n°3 :« Values, conservation, vulnerability and resilience, biodiversity functioning relationships, ecosystem services »
- Participations aux journées de Prospectives de l’INEE, « Environnement et Santé »(2009).
- Membre élu du CS de l’IFR40, Agrobiosciences, Interactions et Biodiversité (2007-08).

Affiliations
- Membre de l’Association Francophone d’Ecologie Microbienne (AFEM), depuis 2008.
- Membre de la Société Française de Phytopathologie (SFP), 1999.

Thémes de recherche

actuels
- Evaluation de la diversité microbienne associées aux litières de feuille, au coralligène et au sédiments marins par séquençage haut débit (metabarcoding)
- Comprendre la rhizosphère de l’Astragale de Marseille (Astragalus tragacantha) dans une perspective de renforcement des populations du Parc National des Calanques
- Diversité microbienne associée aux litières de feuilles et relations avec le fonctionnement des écoystèmes forestier et de garrigues sous contraintes hydrique (site expérimentaux O3HP et CLIMED)

passés
- Communautés microbiennes associées aux oiseaux sauvages (plumage, cloaque) : rôle sur le comportement (e.g. reproduction, nichée, entretien sanitaire …).
- Ecologie et épidémiologie moléculaire : détection de bactéries pathogènes et de parasites sanguin, recherche de gènes de résistance aux antibiotiques.
- Mécanismes de transferts génétiques chez les bactéries du sol et évaluation des risques liés à la culture des plantes transgéniques.
- Caractérisation génétique et biochimique de sulfatases bactériennes : importance dans le cycle du soufre du sol et sur la croissance des plantes
- Métabolismes bactériens du fer (synthèse de sidérophores) et de l’azote (dénitrification) : rôle dans la colonisation de la rhizosphère.
- Oxydo-réductrion biologique du manganèse dans les sédiments aquifères et pollution des eaux courantes.

Programmes & responsabilités scientifiques

par MIRLEAU Pascal

- ANR ANGELICA (2016-2018) Utilisation des bactéries lactiques pour le contrôle du niveau d’ochratoxine A sur les grains de café (I. Gaime Perraud) – Co-responsable de tâche.
- ECCOREV METOPHYTO (2015) Influence de pollutions MEtalliques multiples représentatives de l’environnement marin côtier TOulonnais sur le picoPHYTOplancton (B. Misson) – Partenaire externe.
- ANR DYNAMIC (2015-2018) Deciphering sYmbiotic Networks in cArob-based MedIterranean agro-eCosystems (H. Sanguin) - Partenaire externe.
- OT-Med CYCABIOCLIM (2014) Carbon cycle and biodiversity in Mediterranean oak forest : impact of climate change (V. Baldy) – Partenaire interne.
- OT-Med NIGESCor (2014) Understanding ecological functioning of coralligenous habitats, and building new indicators based on genetic tools to assess their GES (good environmental status) (A. Chenuil-Maurel) – Partenaire interne.
- A*MIDEX Interdisciplinarité-PR2I PREDHYPO (2014-2016) PREDicting HYPOxia events in coastal waters, Benthic dynamic as the missing link (O. Radakovitch) – Co-responsable de tâche.
- OHM Littoral Méditerranéen ASTRASYMBYOTES (2013) Impact de la pollution sur la biodiversité symbiotique des racines d’Astragalus tragacantha, espèce clé de voute des phryganes littorales de la rade de Marseille (Rapport d’étude - L. Miché) – Partenaire interne
- ANR BIOADAPT ADACNI (2012-2017) Adaptive processes in cnidarians : integrative study of the response to thermal stress and climate change, from genes to populations (D. Aurelle)- Partenaire interne.
- ANR SECPRIME2 (2012-2016) Trade-off between SECondary and PRImary MEtabolism in MEditerranean forest under climate change (C. Fernandez) – Partenaire interne.
- ANR CEP CLIMED (2010-2014) Climate change effects on Mediterranean biodiversity and its consequences for ecosystem processes (S. Hättenschwiller) – Responsable de tâche.
- Programme Interdisciplinaire CNRS “ Maladies Infectieuses et Environnement” (MIE, 2010) Bacterial pathogens in wild birds : mecanisms of sexual transmission and effects on hosts (E. Danchin) – Partenaire externe
- Action sur projet EC2CO BERTOX (2009-2011) : Toxicity of the Berre lagoon Sediment (O. Radakovitch)

Connaissances en microbiologie, biochimie et biologie moléculaire appréhendées sous l’angle de l’écologie, de l’évolution, de la biodiversité, des agrosciences ou des biotechnologies

Licence Sciences de la Vie et de la Terre

# Parcours Biodiversité et Écologie

- L1- Diversité du monde vivant : « les archées et les bactéries »
- L2- Microbiologie & écologie microbienne
- L3- Taxonomie animale, végétale et des microorganismes : « taxonomie microbienne »
- L3- Ecole de terrain : « biodiversité marine et terrestre du littoral mediterranéen »

Master Sciences de l’Environnement Terrestre

#Parcours Gestion des Eaux et des Milieux Aquatiques (GEMA)

- M1- Microbiologie Environnementale et sanitaire

#Parcours Biodiversité, Ecologie et Evolution (BEE)

- M1- Biologie du développement végétal et interactions plantes-microrganismes
- M1- Evaluation de la durabilité des systèmes de production agricole
- M1 MEDNET (Sfax, Tunisie, 2015)- Marqueurs et outils en écologie moléculaire

- M2 professionnel Ingénierie de la biodiversité et des bioressources (INGEBIO)
Applications industrielles et expertises

    • bioprocédés industriels
    • biofertilisation
    • biodétérioration et biodégradation
    • notions d’ecotoxicologie
    • notions d’épidémiologie et applications

- M2 recherche Biodiversité, Ecologie et Evolution (BEE)
Atelier thématique : métagénomique et métabarcoding

    • séminaires sur les méthodes de séquençage en haut débit, les outils bioinformatiques et domaines d’application
    • « journal club » par les étudiants

Master Océanographie

- M2- Evolution des genomes et outils bioinformatiques

[Partage des connaissances et du savoir faire, pour apprendre à déléguer et à collaborer

par MIRLEAU Pascal

2016
1. Sofiane Omari, M2R BIG Université Rennes 1 (co-encadrement avec Lucie Miché) : « Analyse de la diversité microbienne associée aux racines de l’Astragale de Marseille : approche par séquençage d’ADN haut débit (metabarcoding) », programme A*MIDEX SYNTERCALM & APR OHM - littoral méditerranéen.
2, 3 & 4. Synda Fitoury, Robin Laugier & Elodie Quer, M1 SET BEE, Aix Marseille Université (co-encadrement avec Lucie Miché) : « Restauration écologique de l’Astragale de Marseille (Fabaceae) : inoculation contrôlée de Rhizobiaceae ».
5. Loïc Robin-Gagneux, BTS 1ere année Bioanalyse et Contrôle Lycée Marie Curie, Marseille (co-encadrement avec Lucie Miché) : « Caractérisation moléculaire d’une collection de Rhizobiaceae ».

2015
1. Fatma Lakhal-Mirleau, Ingénieur biologiste, Aix Marseille Université : « Développement d’approches de metabarcoding et de metatranscriptomique », programme A*MIDEX PREDHYPO.
2. Quentin Foucault, M2R SET parcours SBEM, Aix Marseille Université : « Effets alien et mixité sur la dynamique des communautés microbiennes associées à la litière d’une chênaie pubescente », programme EC2CO FORMED.
3. Karim Diallo, M2R BIG, Université Rennes 1 : « Eco-phylogénétique par séquençage haut-débit nouvelle génération (NGS) : analyser la biodiversité de litières végétales par ’metabarcoding’ environnemental », programme ANR Blanc SECPRIME.

2010 – 2014
1. Anais Rancon, co-directeur de Thèse de Doctorat (Nicolas Montes), Aix Marseille Université : « Diversité et fonctions des microorganismes associés à la litière de garrigue : Influence de facteurs biotiques et abiotiques dans un contexte de changement climatique », soutenue le 15 Décembre 2014 à Marseille, ANR CEP CLIMED.
2. Mathieu Santonja, membre du Comité de Thèse de Doctorat (directeurs Catherine Fernandez et Virginie Baldy), Aix Marseille Université : « biodiversité-fonctionnement dans le contexte du changement climatique : application à la décomposition des litières en région méditerranéenne" (soutenue le 8 décembre 2014).

2014
1. Alexandra Pailler, Postdoc volontaire : « Analyse des communautés microbiennes associées à la litière de Guarrigue ».
2 & 3. Pauline Palisse et Chloe Pisani, BTS 2ème année Bioanalyse et Contrôle Lycée Marie Curie, Marseille : « Développement de méthodes de PCR quantitatives ».

2010 – 2013
1. Nesrine Belkacem, co-encadrant de Thèse de Doctorat en cotutelle Tunisie-France (sous la codirection de Abdellatif Boudabous et Sevastianos Roussos) Faculté des sciences de Tunis - Aix Marseille Université : « Distribution des moisissures post-récolte et action antifongique des bactéries lactiques isolées du blé dur en Tunisie », soutenue le 16 Décembre 2013 à Tunis.
2. Mathieu Coulis, membre du Comité de Thèse de Doctorat (directeurs Stephan Hättenschwiller et Jean François David, CEFE, Montpellier) : « Impacts des changements climatiques sur les organismes du sol (macrofaune, microorganismes) et la décomposition des litières en région méditerranéenne », soutenue en 2014 à Montpellier, ANR CEP CLIMED

2013
1 & 2. Pauline Palisse et Chloe Pisani, BTS 1ère année Bioanalyse et Contrôle Lycée Marie Curie, Marseille : « Développement de méthodes de PCR quantitatives ».

2012
1 & 2. Coralie Arbizzi et Manon Mattio, M1 SET parcours VABB, Aix Marseille Université : « Diversité fonctionnelle des bactéries en garrigue méditerranéenne ».
3 & 4. Aurélie Amic et Cecile Dalmasso, M1 SET parcours VABB, Aix Marseille Université : « Caractérisations de microflores liées au cycle du soufre du sédiment de l’étang de Berre ».
5. Angélique Lambert, L3 BPE, Aix Marseille Université : « Analyse de communautés batériennes et fongiques associées à la litière de Guarrigue ».
6 & 7. Gaelle Lefur et Sarah Guenoun-Ferrer, BTS 2ème année Biotechnologie Lycée Marie Curie, Marseille : « Caractérisations de microflores liées au cycle du soufre du sédiment de l’étang de Berre ».

2011
1. Faouzia Aziza, M2R SET parcours BIOECO Université Paul Cezanne Aix-Marseille 3 : « Le Goéland leucophée Larus michahellis des zones littorales méditerranéennes : prévalence en Salmonella et régime alimentaire », programme interdisciplinaire CNRS « Maladies Infectieuses et Environnement ».
2, 3 & 4. Maelle Delannoy, Aurore Vatry et Claire Roque, L3 BPE, Université Paul Cezanne Aix-Marseille 3 : « Analyse des communautés microbiennes associées à la litière de Guarrigue »
5. Gaelle Lefur, BTS 1ère année Biotechnologie Lycée Marie Curie, Marseille : « Caractérisation de microflores liées au cycle du soufre du sédiment de l’étang de Berre ».

2010
1. Fatma Lakhal-Mirleau CDD IRD (co- encadrement avec Isabelle Gaime) : « Caractérisation des microflores associées à la macrofaune du sédiment de l’étang de Berre ».
2. Souhila Yahia Cherif, M1 SET parcours VABB, Université Paul Cezanne Aix-Marseille 3 : « Evolution saisonnière de la diversité microbienne dans la phyllosphère et la litière du chêne pubescent ».
3 & 4. Clara Dietrich M1 SET parcours VABB & Emilie Gazaniol DU « Certificat d’Expérience Professionnelle », Université Paul Cezanne Aix-Marseille 3 : « Développements méthodologiques pour la détection de Salmonella chez les oiseaux sauvages ».

2009
1. Moinamina Mohamed, M1 SET parcours VABB, Université d’Aix-Marseille : « Evolution saisonnière de la diversité microbienne dans la phyllosphère et la litière du chêne pubescent »
2. Gaétan Mappa, L3 BPE, Université d’Aix-Marseille « Evolution saisonnière de la diversité microbienne dans la phyllosphère et la litière du chêne pubescent »

2008
1. Amandine Deyrieux, M1 pro ‘Biologie de l’Environnement’, Université de Pau : « Analyse phylogénétique de bactéries kératinolytiques ».
2. Amélie Lootvoet, M1 ‘Ecologie’, Université Toulouse 3 : « Prévalence de la malaria avienne chez Zosterops borbonicus sur les îles de la Réunion et de Maurice ».
3. 2 étudiants du M1 ‘Microbiologie-Agrobioscience ‘ en projet tuteuré de l’UE Microorganismes parasites et symbiotes des végétaux : du gène aux populations, Université Toulouse 3 : « Possibilités et conséquences des transferts génétiques horizontaux entre PGM et bactéries de la rhizosphère ».

2007
1. Josselin Cornuault, M1 ‘Ecologie’, Université Toulouse 3 : « Détection de Wolbachia sp. chez deux espèces de collamboles, Parisotoma notabilis et Folsomia candida ».
2. Muriel Marchi, L3 ‘Biologie des Organismes, des Populations et des Ecosystèmes’, Université Toulouse 3 : « Analyse moléculaire de la diversité bactérienne du plumage de Zosterops borbonicus ».

2006-2008
Gabor Czirjak, co-encadrant de Thèse de Doctorat (Directeur Philipp Heeb), Université de Cluj-Napoca (Roumanie).

2006-2007
Mathieu Giraudeau, co-encadrant de Thèse de Doctorat (Directeurs Philipp Heeb et Claude Gutierez), Université Paul Sabatier, Toulouse 3 : « Utilisation de la glande uropygienne et biodiversité bactérienne du plumage chez le canard colvert, Anas platyrhynchos ».

2006-08
Joel White, co-encadrant de Thèse de Doctorat (sous la direction de Etienne Danchin), Université Paris 6 : « Transferts de bactéries cloacales lors de la reproduction chez la mouette tridactyle, Rissa tridactyla ».

2006
1. Adèle Mennerat, co-encadrement de Thèse de Doctorat (directeurs Philipp Heeb et de Marcel Lambrechts), Université Montpellier 2 : « Déterminisme des plantes aromatiques sur la flore bactérienne du plumage des poussins de mésanges bleues, Cyanistes caeruleus »
2. Cécile Rieu, M1 ‘Ecologie’, Université de Toulouse 3 : « Compromis entre la taille de ponte et la qualité sanitaire des œufs chez la mésange charbonière, Parus major ».
3. Julien Leneveu M2R ‘Biodiversité Ecologie Evolution’, Université Toulouse 3 : « Le bain d’eau chez les oiseaux sauvages : un comportement sanitaire ? ».

2002-05
Divers étudiants du DEA ‘Ecologie Microbienne’, Université Lyon 1, une Technicienne du CNRS et un Ingénieur d’Etude de l’INRA : « Adaptation bactérienne par transferts génétiques horizontaux : méthodes de détection et de clonage moléculaires ».

2000-02
Fabrice Caudron, M1 (ERASMUS), Université de Manchester et Emma Redon, INSA-Toulouse : « Caractérisation moléculaire et biochimique des sulfatase bactérienne, AsfA et SdsAB ».
+ 3 « project students » de 3ème année du BSc. (L3) et 2 techniciens, Université de Manchester.

1997-99
3 étudiants de 1ére et 2ème année de BTS Biochimie, Lycée Jacques Cœur (Bourges) : « Assimilation du fer et dissimilation de l’azote chez Pseudomonas fluorescens : rôle dans la colonisation de la rhizosphère des plantes ».

1994-95
2 techniciens à l’Institut Louis Malardé (Papeete, Tahiti) et à l’Hôpital des îles Marquises (Direction de la Santé Publique de Polynésie Française) : « Hématologie, microbiologie médicale et alimentaire ».

Publications

Mirleau P., Delorme S., Philippot L., Meyer J.M., Mazurier S. and P. Lemanceau (2000) Fitness in soil and rhizosphere of Pseudomonas fluorescens C7R12 compared with a C7R12 mutant affected in pyoverdine synthesis and uptake. FEMS Microbiology Ecology 34:35-44.

Philippot L., Mirleau P., Mazurier S., Siblot S., Hartmann A., Lemanceau P. and J. C. Germon (2001) Characterization and transcriptional analysis of Pseudomonas fluorescens denitrifying clusters containing the nar, nir, nor and nos genes. Biochimica Biophysica Acta 1517(3) : 436-440.

Mirleau P., Philippot L., Corberand T. and Lemanceau P. (2001) Involvement of nitrate reductase and pyoverdine in the competitiveness of Pseudomonas fluorescens strain C7R12 in soil conditions. Applied and Environmental Microbiology 67(6) : 2627-2635.

Kahnert A., Mirleau P., Wait R. and M.A. Kertesz (2002) The LysR-type regulator SftR is involved in soil survival and sulphate ester metabolism in Pseudomonas putida. Environmental Microbiology 4(4) : 225-237.

Latour X., Delorme S., Mirleau P. and P. Lemanceau (2003) Identification of traits implicated in the rhizosphere competence of fluorescent pseudomonads : description of a strategy based on population and model strain studies. Agronomie 23:397-405.

Kertesz M.A. and P. Mirleau (2004) The role of soil microbes in plant sulphur nutrition. Journal of Experimental Botany 55(404):1939-1945.

Mirleau P., Wogelius R., Smith A. and M.A. Kertesz (2005) Importance of organosulfur utilization for the survival of Pseudomonas putida in soil and rhizosphere. Applied and Environmental Microbiology 71(11):6571-6577.

Latour, X., S. Delorme, P. Mirleau, P. Lemanceau, E. Lichtfouse, M. Navarrete, P. Debaeke, S. Véronique, and C. Alberola (2009) Identification of Traits Implicated in the Rhizosphere Competence of Fluorescent Pseudomonads : Description of a Strategy Based on Population and Model Strain Studies. In Sustainable Agriculture. p. 285-296, Springer Netherlands.

Mennerat A., Mirleau P., Blondel J., Perret P., Lambrechts M.M. and P. Heeb (2009) Aromatic plants in nests of the blue tit Cyanistes caeruleus protect chicks from bacteria. Oecologia 161(4) : 849-855

White J., Mirleau P., Danchin E., Mulard H., Hatch S., Heeb P. and R. Wagner (2010) Sexually transmitted bacteria affect female cloacal assemblages in a wild bird. Ecology Letters 13(12) : 1515–1524.

Cornuault J., Bataillard A., WarrenB.H., Lootvoet A., Mirleau P., Duval T., Milá B., Thébaud C., Heeb P. (2012) The role of immigration and in-situ radiation in explaining blood parasite assemblages in an island bird clade. Molecular Ecology 21(6) : 1438-1452.

Czirják G.Á., Pap P.L., Vágási C.I., Giraudeau M., Mureşan C., Mirleau P., Heeb P. (2013)Preen gland removal increases plumage bacterial load but not that of feather-degrading bacteria. Naturwissenschaften 100(2) : 145-151.

Santonja M., Rancon M., Fromin N., Baldy V., Hättenschwiler S., Fernandez C., Montès N., Mirleau P. (2017) Plant litter diversity increases microbial abundance, fungal diversity, and carbon and nitrogen cycling in a Mediterranean shrubland. Soil Biology & Biochemistry 111 : 124-134.

Communications

Congrés internationaux

- Rigaud S., Deflandre B., Grenz C., Pozzato L., Cesbron F., Meulé S., Bonin P., Michotey V., Mirleau P., Mirleau F., Knoery J., Zuberer F., Guillemain D., Marguerite S., Mayot N., Faure V., Grisel R. & Radakovitch O. Impact of the temporal variation of oxygen contents in the water column on the biogeochemistry of the benthic zone. European Geosciences Union General Assembly, EGU 2017 (23–28 Avril), Vienne, Autriche (Communication orale, in prep.).
- Miché L., Mirleau P., Laffont-Schwob I., Le Mire-Pécheux L., Guiller C., Baumel A., Torre F. & Affre L., Reinforcement trial of Astragalus tragacantha populations in the Calanques National Park, International Conference on Ecological Sciences -sfécologie2016, Marseille, France (communication orale).
- Diallo K., Santonja M., Pereira S., Baldy V., Gauquelin T., Fernandez C., Mirleau P. , Rainwater deficit affects litter mass loss and microbial decomposer communities in a Mediterranean forest, International Conference on Ecological Sciences -sfécologie2016 , Marseille, France (communication orale).
- MirleauP. , Affre L., Laffont-Schwob I., Le Mire-Pécheux L. , Guiller C., Baumel A., Torre F. , Miché L., Opération pilote de renforcement des populations d’Astragalus tragacantha dans le Parc National des Calanques (sud de la France), XV OPTIMA meeting – 2016 , Montpellier, France (communication orale).
- Rancon A., Montes N., Fromin N., Hattenschwiller S., Mirleau P., Effects of seasonality, plant identity and leaf-litter diversity on microbial communities in Mediterranean shrubland, 14th International Symposium on Microbial Ecology (ISME-2012) , Copenhagen, Denmark (poster et résumé).
- Lerondelle C., Mirleau P., Srinivasan V., Belloc C., Giraud E., Robbe P., Nalin R., Simonet P., Vogel T. and Nesme X. Tracking transferable florfenicol and ampicilin resistance genes in soil bacterial communities. 1st Symposium on Antimicrobial Resistance in Animals and the Environment, ARAE-2005, 23-25 February, Lyon, France (communication orale).
- Kertesz M.A. and Mirleau P. Sulphur metabolism in rhizosphere bacteria and its effect on plant sulfur nutrition. COST Action 829 : Progress in plant sulfur research 1997-2003 (2003), Braunschweig, Germany (communication orale).
- Lemanceau P., Delorme S., Latour X. and Mirleau P. Identification of traits implicated in the rhizosphere competence of fluorescent pseudomonads : description of a strategy based on population and model strain studies. 1st FEMS Congress of European Microbiologists (2003), Lubiana, Slovenia (communication orale).
- Mirleau P., Kertesz M.A. Utilisation of organically bound sulfur by Pseudomonas putida S-313 in the soil and rhizosphere environments. 9th International Symposium on Microbial Ecology (2001), Amsterdam, Netherlands (poster et résumé).
- Mirleau P., Philippot L., Meyer J-M., Mazurier S.I., Lemanceau P. Involvement of pyoverdine and nitrate reductase in the soil and rhizospheric competence of biocontrol Pseudomonas fluorescens strain C7R12. Fifth International PGPR workshop (2000), Cordoba, Argentina (poster et résumé).
- Mirleau P., Delorme S., Philippot L., Meyer J.M., Mazurier S., Lemanceau P. A mutant of P. fluorescens C7R12 with Tn5 insertion into a gene implicated in pyoverdine synthesis is affected in the soil- and rhizosphere-colonizing ability, Annual meeting of the American Phytopathological Society (APS/CPS, 1999), Montreal, Canada (poster et résumé).
- Mirleau P., Gounot A.M. Comparison of biological manganese reduction of various types of oxides, by a microbial consortium and Shewanella putrefaciens. International Symposium on Subsurface Microbiology (ISSM, 1996), Davos, Switzerland (poster et résumé).

Congrés nationaux et locaux

- Laffont-Schwob I., Heckenroth A., Le Mire-Pecheux L., Monsara P., Rabier J., Folzer H., Salducci M-D., Vassalo L., Miché L., Mirleau P., Dumas P-J., Affre L. & Prudent P., Accompagner ou laisser faire la nature : réflexion sur les sols pollués en métaux et métalloïdes du Parc National des Calanques. Journées-ateliers du Réseau d’Échanges et de Valorisation en Écologie de la Restauration, 8ème édition REVER 2017 (8-9 mars), Arras (Communication orale).
- Miché L, Laffont-Schwob I, Mirleau P, Le Mire-Pécheux L, Guiller C, Torre F, Affre L. Opération pilote de renforcement des populations d’Astragalus tragacantha dans le Parc National des Calanques. 12e Rencontres Plantes-Bactéries, Aussois, 11-15 Janvier 2016 (Communication orale).
- Miché L, Baumel A, Mirleau P, Affre L, Laffont-Schwob I. Impact de la pollution sur la biodiversité symbiotique des racines d’Astragalus tragacantha, espèce clé de voute des phryganes littorales de la rade de Marseille. 11e Rencontres Plantes-Bactéries, Aussois, 3-7 Février 2014 (Communication orale).
- Rancon A., Mirleau P., Montes N., Effets de la saisonnalité et de la mixité des litières sur la diversité bactérienne en garrigue méditerranéenne, 5ème Colloque de l’Association Francophone d’Ecologie Microbienne (AFEM), 14-16 novembre 2011,Hammamet, Tunisie (poster et résumé).
- Mirleau P., Lakhal-Mirleau F., Radakovitch O. Impact des pollutions de l’étang de Berre sur les communautés microbiennes associées à la macrofaune benthique. 5ème colloque de l’Association Francophone d’Ecologie Microbienne 2011. Hammamet, Tunisie (poster et résumé).
- Mirleau P., Heeb P., Analyses des communautés microbiennes : approches expérimentales, métagénomiques et cultivables. Workshop de l’Association Francophone d’Ecologie Microbienne 2008. Banyuls sur Mer, France (communication orale).
- Mirleau P., and Heeb P. L’écologie des communautés microbiennes dans le contexte des interactions oiseaux-bactéries. Réunion de la Comission spécialisée Avicole 2007, Paris, France (communication orale).
- White J., Mirleau P., Heeb P., Mulard H., Hatch S.A. et Danchin E. Bacterial transfer during copulation : is sex costly to monogamous females ? Journée d’Ecologie Toulousaine 2007, Toulouse, France (communication orale).
- Mirleau P., Lerondelle C., Bernillon D. and Simonet P. Gene transfer from transgenic plants to soil bacteria ? Preliminary results from a field study. First Meeting of Swiss Microbial Ecologists 2004, Neuchâtel, Suisse (communication orale).
- Mirleau P. and Kertesz MA. The role of organic sulphur metabolism in soil bacterial fitness and plant growth. First Meeting of Swiss Microbial Ecologists 2004, Neuchâtel, Suisse (poster et résumé).
- Kertesz M.A. and Mirleau P. The role of soil microbes in plant sulphur nutrition. Society for Experimental Biology Annual Main Meeting 2004, Edinburgh, Ecosse (communication orale).
- Mirleau P., Lerondelle C., Bernillon D. et Simonet P. Recherche d’événements de transferts d’ADN réalisés naturellement au champ entre plantes transgéniques et bactéries du sol. 6eme rencontre de bactériologie 2004, Aussois, France (communication orale).
- Mirleau P. Sulfate ester metabolism helps determine soil bacterial fitness. Away-day of the Department of Plant, Microbes and Animal Biology 2001. Manchester, Angleterre (communication orale).
- Mirleau P., Delorme S., Philippot L., Meyer J-M., Mazurier S., Lemanceau P. Réduction de la compétitivité dans le sol et la rhizosphère d’un mutant de Pseudomonas fluorescens C7R12 affecté dans la synthèse et l’incorporation de pyoverdines. 4 eme rencontre de bactériologie 2000, Aussois, France (poster et résumé).
- Delorme S., Philippot L., Edel V., Mirleau P., Lensi R., Lemanceau P. Polymorphisme des gènes codant la nitrate-, l’oxyde-nitreux-réductase et l’ADNr 16S au sein de populations telluriques et rhizosphériques de Pseudomonas spp. fluorescents. 4 eme rencontre de bactériologie 2000, Aussois, France (poster et résumé).
- Mirleau P. Caractères bactériens impliqués dans l’adaptation à la rhizosphère de Pseudomonas spp. fluorescents : rôle de la nitrate réductase membranaire. Forum des Jeunes Chercheurs de l’Université de Bourgogne 1998. Dijon, France (communication orale).

Séries de séminaires

par MIRLEAU Pascal

Séminaires de l’atelier thématique "métagénomique et métabarcoding” :

2016 - Génomique environnementale, bioinformatique et écologie

Emese Meglecz & Vincent Dubut(IMBE)
« Etude de régimes alimentaires dans les milieux aquatiques : barcoding alimentaire de l’apron (Zingel asper). »
Laetitia Rouli (Laboratoire IGénétique Médicale et Génomique Fonctionnelle – Marseille)
« Pangénome de pathogènes bactériens et notion d’espèce »
Frédéric Mahé (Laboratoire des Symbioses Tropicales et Méditerranéennes– Montpellier)
« Progrès et limitations des outils bioinformatiques pour le metabarcoding
 »

2015 - Biodiversité et écologie à l’ère de la génomique environnementale

Pascal Hingamp(Laboratoire Information Génomique et Structurale – Marseille)
« Les 1000 et une façons d’estimer la biodiversité à partir des données de métagénomique (hors méta-barcodes) »
Magali Lescot (Laboratoire Information Génomique et Structurale – Marseille)
« Ressources informatiques et bioinformatiques pour le traitement d’un jeu de données de génomique environnementale (Tara Océans) »
Lionel Ranjard (AGROECOLOGIE - Dijon)
« Distribution spatiale et déterminisme de la diversité microbienne des sols à l’échelle du territoire nationale »

2014 -
Magali Lescot (Laboratoire Information Génomique et Structurale – Marseille)
« Qu’est ce que la métagénomique et le metabarcoding peuvent nous apprendre sur les écosystèmes marins ? »
Guillaume MINARD (Laboratoire d’Ecologie Microbiene - Lyon)
« Une approche metabarcoding pour la description du microbiote bactérien associé au moustique tigre, Aedes albopictus »

2013 -
Hervé Sanguin (Laboratoire des Symbioses Tropicales et Méditerranéennes - Montpellier)
« Diversité des Champignons Mycorhiziens : Apport des approches Barcoding et des -Nouvelles Technologies de Séquençage »
André Gille (Institut Méditerranéen de Biodiversité et d’Ecologie marine et continentale)
« Hybridation Introgressive chez les Cyprinidés : approche éco-génomique »
Frédéric Lehembre (Laboratoire d’Ecologie Microbiene - Lyon)
« Metatranscriptomique et biodiversité fonctionnelle du sol »