Trichoderma asperellum cultivé sur des substrats solides : Criblage, Identification, Physiologie de croissance et Métabolisme

Soutenance de thèse de Rayhane HAMROUNI, le 22 juillet 2019 à 9h30

Université de Tunis El Manar, Faculté des sciences de Tunis & Aix Marseille Université, Faculté des sciences Saint Jérome - Thèse de Doctorat en cotutelle en Sciences Biologiques (Microbiologie)


Jury
AGUILAR N. Cristobal Professeur, Université de Coahuila - Examinateur
CHERIF Ameur Professeur, Université de Manouba - Examinateur
DUPUY Nathalie Professeur, Aix Marseille Université - Directrice de Thèse
GALINDO Sabine Professeur, Université de Montpellier- Rapporteur
MASMOUDI Ahmed Professeur, Université de Manouba - Co-directeur de thèse
MOLINET Josiane Maitre de conférences, Aix Marseille Université - Examinatrice
OUZARI Hadda-Imen Professeur, Université de Tunis El Manar - Rapporteur
ROUSSOS Sevastianos Directeur de Recherche Émérite IRD - Invité


Résumé
Suite aux désordres écologiques engendrés par l’utilisation des pesticides chimiques, le marché des biopesticides est en plein essor, même s’il ne représente encore que 2 % du marché des produits phytosanitaires. Le contrôle biologique des ravageurs des cultures représente une solution alternative fiable pour lutter contre les nuisances. Parmi les champignons filamenteux (Beauveria bassiana, Metarhizium anisopliae, Paecelomyces lilacinus, Trichoderma harzianum) il existe des souches homologuées pour leurs utilisations dans la lutte biologique. Parmi celles-ci, on trouve les souches de Trichoderma peuvent produire la 6 Pentyl-alpha-Pyrone (6-PP), métabolite secondaire antifongique volatile à forte odeur de noix de coco. Ces molécules bioactives, ainsi que les enzymes et les conidies de Trichoderma présentent un potentiel antifongique intéressant susceptible d’être utilisées pour lutter contre des ravageurs et donc de limiter l’apport de pesticides chimiques. Pour l’ensemble de ces propriétés nous avons étudié la croissance et le métabolisme de 23 souches de Trichoderma utilisées comme agents de contrôle biologique contre d’autres champignons phytopathogènes (Botrytis cinerea). Pour la culture de ces souches nous avons utilisé la Fermentation en Milieu Solide (FMS) sur différents mélanges de coproduits agroindustriels (bagasse de canne à sucre ou sarments de vigne, son de blé ou purée de pommes de terre, moringa ou jatropha, chitine ou huile d’olive grignons d’olive ou grignon d’argan). Différents types de bioréacteurs ont été testés parmi lesquels un nouveau bioréacteur à usage unique. L’objectif recherché est l’obtention d’un produit fermenté contenant un cocktail d’enzymes lytiques, une concentration élevée en 6-PP et une concentration très élevée de conidies viables et virulentes. Concrètement ce travail de thèse a permis de (i) constituer une collection de souches de Trichoderma provenant de différents pays, (ii) réaliser un criblage de souches nous ayant permis de sélectionner les souches les plus performantes (Trichoderma asperelum), (iii) optimiser au niveau du laboratoire la production de 6-PP, de conidies et des enzymes lytiques tels que les amylases, les lipases, les cellulases, par les souches de T.asperellum identifiées précédemment, afin de trouver le compromis idéal entre les aspects quantitatifs et qualitatifs c’est-à-dire une production conséquente de métabolites possédant une forte activité antifongique, exploitable pour lutter contre les ravageurs des cultures permettant ainsi de limiter les apports de pesticides. (iv) extrapoler la production des conidies de T.asperellum à un niveau pilote industriel dans le bioréacteur prototype FMS à usage unique, récemment breveté par l’IRD. Les résultats obtenus ont montré un effet bénéfique de l’aération forcée sur la production des conidies, des enzymes lytiques (cellulases, amylases, lipases) et de la 6-PP par T.asperellum TV104, T.asperellum TF1, T.asperellum QT22046 cultivés sur le mélange : sarments de vigne, jatropha, purée de pomme de terre, grignons d’olive et huile d’olive. Ce milieu de culture a été défini lors d’une étape précédente de plan d’expériences. Cette étude a également validé le fonctionnement du bioréacteur à usage unique.

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Mots-clés : Trichodermaasperellum, contrôle biologique, fermentation en milieu solide, enzymes lytiques, conidies, 6-pentyl-alpha pyrone, bioreacteur à usage unique.


Lieu
Faculté des Sciences St Jérôme
Aix Marseille Université - Salle des thèses
52 Avenue Escadrille Normandie Niemen
13013 Marseille

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