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BEEM – Biologie, Evolution et Ecologie Moléculaires

Présentation

Depuis 2012, notre équipe s’est construite autour des moyens d’investigation de l’ADN pour étudier la diversité, l’évolution et l’écologie des organismes. Nos modèles d’études sont des organismes appartenant aux métazoa, viridiplantae, rhodophyta, et des communautés de micro-organismes de très nombreux phylums, en milieu marin, aquatique ou émergé. Nos thèmes de recherche sont ceux qu’on peut aborder grâce au socle conceptuel fort de la biologie évolutive et aux méthodes universelles d’étude des génomes : la systématique, l’évolution biologique, la génétique, l’écologie des communautés et la réponse éco-évolutive des organismes à un changement environnemental. Certains de nos membres sont plus biologistes et ont des approches expérimentales, d’autres sont plus des analystes et des modélisateurs de la diversité, mais nous partageons tous un émerveillement pour la fantastique histoire du vivant, sa complexité et ses rebondissements.

Illustration modèles et moyens équipe BEEM

L'Équipe

Animatrice de l'équipe BEEM
CR-Charge de Recherche
Animateur de l'équipe BEEM
MCF-Maitre de Conferences
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Alex Baumel
MCF-Maitre de Conferences
Isabelle Biegala
CR-Charge de Recherche
Carole Borchiellini
PR-Professeur
Laura Cappellen
ITA-Ingenieur Technicien Administratif
Anne Chenuil-Maurel
CR-Charge de Recherche
Marion Delettre
DC-Doctorant
Serge Gudin
MCF-Maitre de Conferences
Pascal Hingamp
MCF-Maitre de Conferences
Manuel Le Bris
MCF-Maitre de Conferences
Emese Meglecz
MCF-Maitre de Conferences
Lucie Miche
MCF-Maitre de Conferences
Pascal Mirleau
MCF-Maitre de Conferences
Yvan Perez
MCF-Maitre de Conferences
Emmanuelle Renard
MCF-Maitre de Conferences
Caroline Rocher
ITA-Ingenieur Technicien Administratif
Quentin Schenkelaars
MCF-Maitre de Conferences

Thèmes de recherche

Collaborations

Galerie photos

Par une approche croisant phylogénétique et génomique des populations, les travaux de l’équipe BEEM  visent à réunir les niveaux d’organisation intra- et interspécifique pour comprendre la spéciation et la diversification et mieux décrire la diversité génétique de nos modèles et contribuer à leur taxonomie intégrative.

Phylogénomique ou génomique des populations ? confrontation de deux visions différentes des relations de parenté pour la délimitation d’espèces au sein du genre Saxifraga, Baumel et al. 2023 Alpine Botany.

Notre équipe étudie les mécanismes moléculaires et cellulaires impliqués dans le développement et la morphogenèse d’organismes modèles (e.g. Porifères, bryophytes et plantes vasculaire). Au-delà de l’intérêt strictement fondamental de comprendre les mécanismes impliqués (evo-devo), dans le contexte du changement global, nous cherchons à comprendre comment certains stress d’origine anthropique impactent les réseaux génétiques et épigénétiques et quelles sont leurs conséquences développementales et phénotypiques (eco-evo-devo).

Les travaux de l’équipe BEEM cherchent à déterminer la composition de communautés diverses (microbiote racinaire ou rhizosphériques, benthos marin, plancton marin, assemblages epibiontes ) dans le but d’identifier les facteurs environnementaux biotiques ou abiotiques qui structurent ces communautés et leur rôle dans l’environnement. Décrire ces biodiversités permet  de comprendre les effets des contaminants sur la dynamique des communautés et leur production, de suivre les changements environnementaux sur la production de phycotoxines et la santé, d’inférer les échelles de dispersion des populations formant ces communautés, ou d’évaluer le rôle du microbiote racinaire dans la survie de l’Astragale de Marseille.

Notre méthode de prédilection est le metabarcoding (bien maîtrisé dans l’équipe de la biologie moléculaire à la bioinformatique et s’appuyant sur l’expertise du Service Biologie Moléculaire et Cellulaire), souvent complété par des approches plus traditionnelles (l’hybridation in situ et l’immunodétection, les cultures de microorganismes, analyses photographiques de communautés benthiques, barcoding moléculaire et identification phénotypique…).