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Service Morphologie

Présentation

Le service de morphologie (Morpho) est un service dédié à l’imagerie et aux préparations d’échantillons destinées à l’observation et à l’analyse en microscopie.

Le service Morpho couvrant un large champ d’investigation par la production d’images allant du paysage aux microstructures cellulaires.

L’équipe maîtrise pour cela l’ensemble des techniques et les adapte en fonction des demandes spécifiques en appui aux projets de recherche de l’IMBE. Ce service dispose des outils de production d’images (drone, binoculaires, microscopes optiques et électroniques) et des techniques de préparation d’objets à observer (photogrammétrie, pétrographie, préparation des pollens, histologie, cytologie).

L’objectif étant d’apporter un appui technique et de conseils aux personnels travaillant sur l’évolution du paysage, cycle de vie, taxonomie, structure morphologique et cellulaire. L’équipe assure également la formation des utilisateurs aux différentes techniques du service.

Le service est réparti sur deux sites : la technopole de l’Arbois et la station marine d’Endoume à Marseille. Il dispose de salle de tri, de préparation et d’observation.

L'Équipe

Responsable technique du service MORPHO
ITA-Ingenieur Technicien Administratif
Responsable scientifique du service MORPHO
DR-Directeur de Recherche
Responsable scientifique du service MORPHO
MCF-Maitre de Conferences
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Dahvya Belkacem-Doume
ITA-Ingenieur Technicien Administratif
Eliane Charrat
ITA-Ingenieur Technicien Administratif
Sandrine Chenesseau
ITA-Ingenieur Technicien Administratif
Alexander Ereskovskiy
DR-Directeur de Recherche
Michelle Leydet
ITA-Ingenieur Technicien Administratif
Christian Marschal
ITA-Ingenieur Technicien Administratif
Cecile Miramont
MCF-Maitre de Conferences

Instruments et techniques

Photogrammétrie

Macroscopie

Microscopie optique

Microscopie électronique

  • Les équipements à disposition permettent de préparer (peser, sécher, broyer, dissocier, fixer) différents type d’échantillons (sol, tissu, culture,…)
  • A partir des échantillons préparés, il est possible d’extraire différents type de macromolécules (ADNg, ADNe, ARN, Protéines)
  • Le Nanodrop et le Qubit permettent de quantifier et d’évaluer la qualité des acides nucléiques et des protéines extraits. Le Nanodrop permet de mesurer la concentration et la pureté des échantillons, tandis que le Qubit offre une méthode sensible pour estimer la quantité d’ADN ou d’ARN ou des protéines. Ensemble, ces outils garantissent des résultats précis et fiables, essentiels pour les analyses ultérieures. Cette démarche contribuera à optimiser les protocoles expérimentaux en biologie moléculaire.
  • Le système Agilent 2100 Bioanalyzer est une solution d’électrophorèse automatisée bien établie pour le contrôle de la qualité des échantillons de biomolécules. Ce système intègre un instrument, un logiciel de traitement des données, des réactifs et une puce microfluidique spécifique pour l’analyse de l’ADN, de l’ARN ou des protéines. Il est adapté aux workflows de séquençage de nouvelle génération (NGS), d’expression génique, de biopharmaceutique et d’édition du génome, offrant une évaluation analytique très précise de divers types d’échantillons.
  • La PCR (réaction en chaîne par polymérase) permet d’amplifier des séquences spécifiques d’ADN à l’aide de thermocycleurs, facilitant ainsi leur étude. Après amplification, les produits sont analysés par électrophorèse sur gel, où les fragments d’ADN migrent en fonction de leur taille. Enfin, l’imagerie sur gel (Gel Doc XR+) permet de capturer l’image des bandes d’ADN, facilitant l’interprétation des résultats..Les produits de PCR peuvent être également insérés dans des plasmides puis clonés dans des bactéries commerciales E.coli type I par transformation.
  • Le SDS-PAGE (polyacrylamide gel electrophoresis) est une technique de séparation des protéines basée sur leur taille, permettant d’analyser leur composition. Le western blot est ensuite utilisé pour transférer ces protéines sur une membrane et les détecter spécifiquement à l’aide d’anticorps. La visualisation des protéines se fait au moyen d’un système Chemidoc, qui utilise des méthodes de chimiluminescence pour capturer des images. Ces techniques combinées permettent d’étudier l’expression et la modification des protéines dans divers échantillons biologiques.
  • L’hybridation in situ (HIS) est une technique utilisée en biologie moléculaire pour localiser et visualiser des séquences d’ADN ou d’ARN directement dans des cellules ou des tissus d’ individu entier , sans les prélever. Cette méthode permet d’observer l’expression génétique dans son contexte spatial, offrant des informations précieuses sur le développement, la différenciation et les interactions cellulaires. En utilisant des sondes marquées, il est possible de détecter des gènes spécifiques et d’étudier leur localisation et leur régulation. Cette approche est particulièrement utile en études biologiques fondamentales. Les HIS manuelles peuvent être automatisées à l’aide du robot InsituPro VSI.

 

  • Les immunohistochimies (IHC) sont des techniques capables de détecter la présence de protéines dans les tissus à l’aide d’anticorps spécifiques puis d’anticorps secondaires marqués avec un fluorophore. Elles sont essentielles pour étudier la localisation des protéines au dans les tissus fixés. Les IHC manuelles peuvent être automatisées à l’aide du robot InsituPro VSI.

 

  • La qPCR ou PCR quantitative est une technique de biologie moléculaire utilisée pour amplifier et quantifier une séquence d’ADN spécifique ou ADNc en temps réel. Contrairement à la PCR classique, elle permet de mesurer la quantité d’ADN ou ADNc à chaque cycle, grâce à l’émission d’une fluorescence proportionnelle à l’amplification. Son efficacité et sa précision en font un outil incontournable pour comparer l’expression génique ou la quantité de copie d’une séquence cible dans des échantillons.

 

  • L’électroporation est une technique utilisée pour introduire des molécules, telles que des plasmides, des ARN interférents (RNAi) et des morpholinos, dans des cellules ou des organismes vivants. Elle consiste à appliquer un champ électrique pour créer des pores temporaires dans la membrane cellulaire, permettant l’entrée de ces molécules. Par exemple, cette méthode est essentielle pour étudier l’expression génique ou la fonction des protéines.