Un papier cosigné par des auteurs de l’IMBE, du MIO et de l’OSU Pythéas vient de paraître dans Molecular Ecology Resources, dans le prolongement du projet Seamobb. Cette étude est le fruit d’une belle collaboration, qui a réuni des compétences allant de la plongée et de l’échantillonnage à la génétique et à la bioinformatique, en passant par la taxonomie marine et l’écologie des communautés.
Dans cette étude, Anne Chenuil et ses collaborateurs s’intéressent à l’utilisation de l’ADN environnemental pour améliorer le suivi de la biodiversité marine. Ils combinent une analyse par métabarcoding de l’ADN avec des observations photographiques réalisées sur des structures artificielles de suivi des récifs, les ARMS (Autonomous Reef Monitoring Structures).
L’étude porte sur 10 sites du nord-ouest de la Méditerranée. Les chercheurs ont d’abord optimisé les protocoles expérimentaux, notamment l’extraction de l’ADN et le choix de la polymérase, puis utilisé une méthode d’analyse bioinformatique permettant de limiter les faux positifs et d’assurer la traçabilité des résultats.
Une attention particulière a été portée à la structure même des ARMS. Plutôt que de regrouper les organismes présents sur l’ensemble des faces, les chercheurs ont analysé séparément les différentes faces des structures, afin de mieux prendre en compte les microhabitats qu’elles offrent.
Le métabarcoding a ainsi détecté une richesse spécifique environ 15 fois supérieure à celle révélée par les observations photographiques à l’échelle des sites. Les deux méthodes apportent toutefois des informations complémentaires : l’ADN permet de détecter une diversité taxonomique plus fine, tandis que la photographie renseigne notamment sur les grands groupes d’organismes et leur couverture de surface.
Les résultats montrent surtout que conserver la structure spatiale des ARMS est essentiel pour exploiter pleinement le potentiel du métabarcoding. Les auteurs proposent ainsi de regrouper les 17 faces de chaque structure en cinq catégories structurales, une approche plus opérationnelle pour développer un suivi reproductible et à grande échelle de la biodiversité marine.
À lire dans Molecular Ecology Resources : Separating Faces in ARMS Metabarcoding Improves Marine Biodiversity Monitoring: A Comparison Across Protocols, Experimental Designs and Photographic Surveys
