Eliane Charrat

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Technicien CE (AMU)

Institut Méditerranéen de Biodiversité et d’Ecologie Marine et Continentale (IMBE)
Aix-Marseille Université, UMR CNRS 7263 / IRD 237
Bâtiment Villemin, Europole de l’Arbois - BP 80
F-13545 Aix-en-Provence cedex 04, France

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Equipe-PPM

Eliane Charrat

Mail : eliane.charrat@univ-amu.fr

EXPERIENCE PROFESSIONNELLE

01.2019-aujourd’hui : Technicienne de laboratoire
CNRS-UMR7263, IMBE/Arbois Aix en Provence
Direction : Professeur Catherine Fernandez
Equipe Paléoenvironnement et Processus Macroécologiques (PPM) (responsables Dr E.Gandouin et le Dr Agathe Leriche)
Etude de l’impact des changements climatiques passés, présent et futur sur le monde vivant, la dynamique des paysages et les services écosystémiques.

Activités principales : Extraction de pollen, des spores fossiles et des insectes fossiles ainsi que la gestion et mise en ligne de la collection de référence de pollen (réorganisation informatique des bases de données Phpadmin et Mysql).

Activités secondaires :

➢ Participation aux mission de terrains : récolte d’échantillon et données de terrains
➢ Analyse en dendrochronologie : lecture des cernes de bois
➢ Correspondante formation de l’IMBE

09.2005-01.2019 : Technicienne de laboratoire
CNRS-UMR7051, INP/Faculté de Médecine Marseille
Direction : Michel Khrestchatisky
Equipe de Dégénérescence et Plasticité Neurales/ Dr. Santiago Rivera
Edude des mécanismes physiopathologiques de la maladie d’Alzheimer dans le cadre de la neuroinflammation de l’amyloïdogenése et des dysfonctions synaptiques.

➢ Production de plasmide afin de les utiliser comme vecteur d’expression de protéine dans des cellules Eucaryotes.
➢ Mise au point d’un modèle in vitro de cicatrice gliale pour l’étude de l’action des MMPs et leurs inhibiteurs sur la croissance axonale
➢ Projet d’étude stéréologique d’un modèle de souris Alzheimer 5xFAD vs 5xFAD-KOMT5 (ABK)

01.2004-09.2005 : Technicienne de laboratoire
Inserm UMR-S 491, Laboratoire Génétique Médicale et Développement /Faculté de Médecine Marseille
Direction : professeur Michel Fontes
Equipe thérapie génétique / Michel Fontes
Edude génétique d’un modèle de rat de polykystose renale spontanée et d’un modèle de souris transgénique PKD1 et PKD2

➢ Elevage de rats polykystiques et de souris transgéniques PKD1 et PKD2 suivie par génotypage.
➢ Analyse de l’expression des protéines PKD1 et PKD2 par des techniques de biologie moléculaire.

09-1999 – 01-2004 : Adjoint technique
Inserm UMR 399, laboratoire de Parasitologie et Génétique des Maladies Infectieuses/Faculté de Médecine Marseille
Direction : Professeur Alain Dessein

➢ Participation à l’étude des facteurs génétiques intervenants dans les maladies parasitaires par génotypage et d’analyse de liaison.
➢ Travail dans le service de diagnostique sérologique de la Leishmaniose par l’analyse sérologique avec des techniques d’immunologie, mise en forme, interprétation et transmission des résultats pour validation par le Médecin.

09-1993 – 09-1999 : Adjoint technique
Laboratoire Interface Matrice biomatériaux / Faculté d’Odontologie Marseille Direction : Professeur Jean-Pierre Proust
Etude de l’intégration osseuse de biomatériaux en utilisant les techniques d’histologie des tissus mous et durs

FORMATIONS ET DIPLÔMES
2012 : Diplôme de l’Ecole Pratique des Hautes Etudes (Bac+5)
Science de la vie et de la terre, Paris
2006 : Stage
Expérimentation animale de niveau II
2005 : Licence
Biologie cellulaire à l’Université d’Aix Marseille II
2000 : Stage
Habilitation pour travailler en laboratoire NSB 3
1995 : Stage
Techniques histologiques des tissus durs dans le laboratoire d’Anatomie Pathologie de l’Hôpital de la Timone
1992 / Brevet de technicien supérieur
Biochimie, Lycée Marie Curie, Marseille
1990 / Baccalauréat F7
Biochimie, Lycée Marie Curie, Marseille

COMPETENCES TECHNIQUES
Culture cellulaire :
Lignées cellules HEK et COS, culture primaire murine (neurones de cortex et hippocampe) et transfection (JetPEI et lipofectamine)
Génétique :
Extraction d’ADN (phenol-chlorophorme), PCR, ABI PRISM 310 et logiciel Genescan, Genotyper.
Biologie moléculaire :
Extraction ARN, PCR quantitative en temps réel avec Taqman 7700 et Western blot
Expérimentation animale :
Perfusion au paraformaldehyde de souris et dissection de cerveaux de souris
Immunologie :
Immunofluorescence direct, ELISA et extraction d’antigène parasitaire.
Histologie
Inclusion (paraffine), coupe (congélation et vibratome) et coloration des tissus durs et mous
Microscopie à fluorescence :
Microsope confocal
Analyses statistiques :
Analyse et présentation des résultats (Pack office, ImageJ, logiciel R, PowerPoint)

COMPETENCES TRANSVERSALES

Travail en équipe
Formation aux techniques de laboratoire (Agents et étudiants Masters/doctorants)
Enseignement (participation aux travaux pratiques de Master I Neuroscience)
Assurer la gestion de stocks de consommables et l’achat de petits appareillages

LANGUES
Français : Langue maternelle
Anglais : expression et compréhension écrites et orales : niveau I

CENTRES D’INTERET
Course à pied compétition 10km, semi marathon et marathons
Randonnée
Cinéma

Publications

Baranger K, Bonnet A.E., Girard S D, Paumier J-M, Garcia Gonzalez L, Stephan D, Charrat E, Bernard A, Bauer C, Elmanaa W, Lichtenthaler S, Roman F, Checler F, Khrestchatisky M and Rivera S (2017). MT5-MMP promotes Alzheimer’s pathogenesis in the frontal cortex of 5xFAD mice and APP trafficking in vitro. Front Mol Neurosci. 9 :163 doi : 10.3389/fnmol.2016.00163.

Baranger K, Marchalant Y, Bonnet AE, Crouzin N, Carrete A, Paumier JM, Py NA, Bernard A, Bauer C, Charrat E, Moschke K, Seiki M, Vignes M, Lichtenthaler SF, Checler F, Khrestchatisky M, Rivera S. (2016). MT5-MMP is a new pro-amyloidogenic protéinase that promotes amyloid pathology and cognitive decline in a transgenic mouse model of Alzheimer’s disease. Cell Mol Life Sci. 73(1) : 217-36.

Py NA, Bonnet AE, Bernard A, Marchalant Y, Charrat E, Checler F, Khrestchatisky M, Baranger K, Rivera S. (2014). Differential spatio-temporal regulation of MMPs in the 5xFAD mouse model of Alzheimer’s disease : evidence for a pro-amyloidogenic role of MT1-MMP. Front Aging Neuroscience. 18 ;6:247.

Ould-Yahoui A, Sbai O, Baranger K, Bernard A, Gueye Y, Charrat E, Clément B, Gigmes D, Dive V, Girard SD, Féron F, Khrestchatisky M, Rivera S.(2013) Role of matrix metalloproteinases in migration and neurotrophic properties of nasal olfactory stem and ensheathing cells. Cell Transplant 22, 993-1010.

Gueye Y, Ferhat L, Sbai O, Bianco J, Ould-Yahoui A, Bernard A, Charrat E, Chauvin JP, Risso JJ, Féron F, Rivera S, Khrestchatisky M. (2011). Trafficking and secretion of matrix metalloproteinase-2 in olfactory ensheathing glial cells : A role in cell migration ? Glia 59, 750-770.

Solberg R, Løberg EM, Andresen JH, Wright MS, Charrat E, Khrestchatisky M, Rivera S, Saugstad OD. (2010). Resuscitation of newborn piglets. short-term influence of FiO2 on matrix metalloproteinases, caspase-3 and BDNF. PLoS One. ; 9 ;5(12):e14261.

Ould-yahoui A, Tremblay E, Sbai O, Ferhat L, Bernard A, Charrat E, Gueye Y, Lim NH, Brew K, Risso JJ, Dive V, Khrestchatisky M and Rivera S. (2010). TIMP-1 modulates neurite outgrowth and morphology of cortical neurons : implication of MMP-2 and not MMP-9. PLoS One. ; 4(12):e8289.

Solberg R, Andresen JH, Pettersen S, Wright MS, Munkeby BH, Charrat E, Khrestchatisky M, Rivera S, Saugstad OD. (2010). Resuscitation of hypoxic newborn piglets with supplementary oxygen induces dose-dependent increase in matrix metalloproteinase-activity and down-regulates vital genes. Pediatr Res.67 (3):250-6.

Sbai O, Ould-Yahoui A, Ferhat L, Gueye Y, Bernard A, Charrat E, Mehanna A, Risso JJ, Chauvin JP, Fenouillet E, Rivera S, Khrestchatisky M. (2010). Differential vesicular distribution and trafficking of MMP-2, MMP-9, and their inhibitors in astrocytes. Glia. ; 58(3) : 344-66

Sbai, O., Ferhat, L., Bernard, A., Gueye, Y., Ould-Yahoui, A., Thiolloy, S., Charrat, E., Charton, G., Tremblay, E., Risso, JJ., Chauvin, JP., Arsanto, JP., Rivera, S., and Khrestchatisky, M. (2008). Vesicular trafficking and secretion of matrix metalloproteinases-2, -9 and tissue inhibitor of metalloproteinases-1 in neuronal cells. Mol. Cell Neurosci. 39, 549-568.

Palynologie

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Je participe aux projets de recherche en écologie historique qui permettent de reconstruire les environnements et climats passés. Ces études reposent sur la collecte et l’analyse de bio-indicateurs appelés « proxies » (pollen, spores, microalgues, restes d’insectes) contenus dans les sédiments déposés au cours des derniers millénaires. Dans ces études je suis impliquée dans les différentes étapes de l’analyse pollinique aussi appelée la palynologie.

On utilise la palynologie afin de retracer l’histoire de la végétation d’une région, on a alors recours à l’analyse des grains de pollen et des spores qui sont conservés dans les sédiments anciens. La détermination des différences de composition de la végétation permet aux palynologues de mettre en évidence les changements des écosystèmes et du climat ainsi que l’impact des activités humaines sur ces environnements au cours des âges.

Cette étude s’appuie sur le principe que tous les végétaux vont produire annuellement pour leur reproduction des grains de pollen ou des spores microscopiques spécifiques à leur espèce pour être par la suite disséminés dans la nature. La pluie pollinique constituée par les grains microscopiques déposés en un même lieu est une représentation de la végétation et elle va être emprisonnée chronologiquement dans les sédiments. Ce sont dans les milieux humides comme les lacs, les marécages et les tourbières à l’abri de l’oxydation que le pollen pourra se conserver des centaines de milliers d’année, on parle alors de pollen fossile.

Les différentes étapes de l’analyse en Palynologie :

  Le carottage :
Les différentes couches de sédiments sont extraites sur le terrain à l’aide de différents types de carottiers pour obtenir des carottes sédimentaires.

Carottage d’une tourbière dans les montagnes iraniennes à l’aide d’un carottier russe (juin 2018)

  L’échantillonnage :
Au laboratoire, quelques grammes de sédiment sont prélevés à intervalle régulier dans la carotte sédimentaire pour l’extraction des pollens et la datation radiocarbone des différentes couches de sédiment.

L’ouverture, la description lithologique et l’échantillonnage des carottes sédimentaires avant les prélèvements palynologiques (Lac barm-e Alvan, Iran)

  L’extraction :
Les sédiments vont subir des traitements chimiques (acides et bases) et mécaniques pour éliminer la matière organique et les minéraux afin de libérer les pollens, les spores et les objets dits NPPs. A la fin de l’extraction on obtient des culots de pollen qui pourront être analysés.

  La détermination et l’identification :
Une goutte (25 à 50 ml) des culots de pollen sera montée entre lame et lamelle pour l’observation microscopique. L’identification des grains de pollen et spores se font à l’aide de collection de référence ainsi que les atlas polliniques avec un grossissement de x400 ou x500. Les pollens et spores ainsi identifiés sont comptés afin de calculer leurs pourcentages relatifs et leur concentration absolue.

Pollens après extraction et acétolyse (grossissement X500)

  Présentation des résultats et interprétation :
Les résultats obtenus sont visualisés sous forme de diagramme pollinique, l’évolution de la végétation est représentée en fonction des temps les plus anciens aux plus récents et des pourcentages (et concentrations) des différents végétaux identifiés dans les échantillons.

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Dynamique de la végétation pendant les quatre cycles climatiques (Velay,Massif Central).
Beaulieu et al., 2005. Apport des longues séquences lacustres à la connaissance des variations des climats et des paysages pléistocènes. Comptes Rendus Palevol 5, 65-72)

C’est par cette représentation graphique que les chercheurs mettent en évidence la dynamique de la végétation au cours des âges d’un site donné et ainsi déterminer les changements climatiques et le rôle de l’homme sur ces paysages. Les données polliniques pourront également être utilisées dans les reconstitutions quantitatives des climats du passé ainsi que les modèles climatiques plus complexes visant à prédire l’évolution future du climat.