SC Ecologie Chimique et Métabolomique

Responsables scientifiques

Catherine FERNANDEZ
Charlotte SIMMLER

Responsables techniques

Stéphane GREFF
Caroline LECAREUX

Présentation du service

L’écologie chimique est un domaine de recherche pluridisciplinaire qui permet d’étudier les interactions entre organismes, ainsi que les interactions organismes-environnement. Ces interactions sont médiées principalement par les métabolites spécialisés qui jouent des rôles essentiels pour la survie d’un organisme dans son milieu naturel. Ils constituent les médiateurs principaux intervenant dans les processus de communication chimique (phéromones, composés allélochimiques, composés organiques volatils) et contribuent ainsi significativement à la structuration de la biodiversité et au fonctionnement des écosystèmes. Ils participent également à la protection des organismes face aux stress environnementaux.

L’étude de la biosynthèse et de la fonction de ces molécules est primordiale dans le cadre de questions environnementales, d’écologie fonctionnelle ou encore d’écologie évolutive. Le service commun d’écologie chimique réunit un parc d’instruments complémentaires pour mener à bien ces analyses.

Ce service commun offrira aux membres de l’unité :
• des outils pour préparer et conditionner les échantillons avant analyse chimique
• des méthodes d’analyses des composés organiques dans les échantillons
• une formation aux méthodes d’analyse en routine mais aussi à l’interprétation des résultats et aux consignes d’hygiène et de sécurité en laboratoire d’analyses chimiques
• une aide au développement et à la mise en place de nouvelles méthodes.

Pour toute demande, merci de remplir la demande d’analyses jointe à la charte d’utilisation du SC, et de la transmettre à votre correspondant technique.

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Services

Les principaux outils de ce service sont :

• un appareil de chromatographie gazeuse couplé à un détecteur de spectrométrie de masse basse résolution (injection par thermodésorption avec passeur automatique : TD/GC-MS, Saint-Charles).
L’analyse par TD/GC-MS permet de caractériser les composés organiques volatils de faible polarité émis par les plantes, la litière ou le sol. Cette approche peut être appliquée aussi à des organismes aquatiques d’eau douce ou marins (e.g. phytoplancton, magnoliophytes marines).
Analyses possibles : isoprène, mono et sesquiterpènes principalement.

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• un appareil de chromatographie gazeuse couplé à un détecteur de spectrométrie de masse basse résolution (injection directe avec passeur automatique : DI/GC-MS, Saint-Charles).
Cet appareil est dédié à l’analyse des composés organiques volatils de faible polarité contenus par les organismes, la litière ou le sol.
L’analyse des PLFA (Phospholipid-derived fatty acids) permet également d’analyser la diversité bactérienne associée à des échantillons de sols (ou de feuilles).
Analyses possibles : terpénoïdes (huiles essentielles ou extraction solvant à froid), acides gras (cires cuticulaires, PLFA).

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• un appareil de chromatographie liquide ultra haute performance couplé à un spectrométre de masse haute résolution (UHPLC-QqToF, plateau technique MALLABAR, Endoume).
Premier plateau régional de métabolomique dédié à l’écologie et à l’environnement, cet équipement est aussi mutualisé avec des collaborateurs des Universités de Toulon, Nice et Galway (Irlande). L’analyse UHPLC-HRMS permet de caractériser avec une grande précision la diversité chimique contenue dans des matrices biologiques ou environnementales.
Analyses possibles : analyses métabolomiques non-ciblées (fingerprinting) ou ciblées (e.g. alcaloïdes, flavonoïdes).

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En plus de ces équipements, ce service commun réunira différents dispositifs de prélèvements permettant de capter ou d’extraire des composés (chambre de prélèvement dynamique pour COVB), de réaliser des tests écotoxicologiques (Microtox®) ou d’écologie comportementale (olfactomètres).

• systèmes de prélèvement COVs (Saint-Charles)

Trois chambres d’enfermements (1* 60L et 2* 30L) sont à disposition des équipes qui souhaiteraient réaliser des prélèvements de Composés Organiques Volatils (COVs). Les COVs sont piègés sur tubes d’adsorbant (tenaxTA/charbon actif) avant d’être analysés en TD-GC/MS.
NB : un CIRAS-3 Portable Photosynthesis System pour la mesure d’échanges gazeux (non inclus dans le service commun) peut-être mis à disposition dans le cadre de collaborations scientifiques avec DFME

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• un appareil de tests écotoxicologiques Microtox (Endoume)

L’appareil Microtox (Microbics) permet de mesurer la toxicité de composés ou d’extraits sur la bactérie marine bioluminescente Aliivibrio fischeri (test écotoxicologique standardisé). La toxicité, donnée en EC50 (μg de composé ou d’extrait par mL de solution), représente la concentration de composé/d’extrait diminuant de 50 % la bioluminescence de la bactérie après 5 min d’exposition.

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• des olfactomètres (Saint-Charles/Endoume)

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Tests d’olfaction avec des acariens Stratiolaelaps scimitus face aux odeurs de Folsomia candida. Dans le premier bras, on place un groupe de plusieurs individus de F. candida alors qu’aucun collembole ne se trouve dans le deuxième bras. L’extrémité du tube en Y (d) est reliée à une pompe à air permettant de maintenir un flux constant d’air durant toute la durée du test. Un seul individu acarien est introduit au milieu du tube en Y (c). Tests d’olfaction sur des crustacés face à des eaux de mers conditionnées à l’aide d’éponges. L’olfactomètre se compose également de deux bras en Y : (a) le premier transporte l’eau conditionnée par les éponges (matérialisé ici par la fluorescéine), (b) le deuxième transporte l’eau de mer « contrôle ». Le compartiment (c) représente le bras du dispositif contenant le flux descendant et (d) le trou d’introduction des crustacés.
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Tests d’olfaction sur des crabes face à des odeurs de feuilles de palétuviers. L’olfactomètre se compose dans ce cas de deux compartiments : (a) le premier transporte le flux d’air conditionné par les feuilles (sous la cloche), (b) l’autre transporte le flux d’air « contrôle » Tests d’olfaction sur des crabes face à des eaux de mers conditionnées à l’aide de feuilles de palétuviers. L’olfactomètre se compose comme précédemment de deux compartiments : (a) le premier transporte l’eau conditionnée par les feuilles (matérialisé ici par la fluorescéine), (b) l’autre transporte l’eau de mer « contrôle ».

Programmes de recherche / Collaborations

Programmes de recherche en cours dont le SC est partenaire / collaborateur :

 ANR JCJC SONATA (Elnur GARAYEV) : New strategy in the discovery of Natural Antituberculosis Agents from French Guiana flora
 ANR JCJC SESAM (Charlotte SIMMLER) : Sponge Exometabolites as source of antimicrobials
 H2020 HOLISOILS (Mathieu SANTONJA) : Holistic management practices, modelling and monitoring for European forest soils (01/05/2021 - 31/10/2025)
 ANR Biodiversa+ INTEGRADIV (Agathe LERICHE) : Efficient conservation of Mediterranean forests : an integrative assessment of the drivers and vulnerability of multi-taxa, multi-facet and multi-scale biodiversity patterns

 Amidex BENTHIC-VOC (Catherine FERNANDEZ) : Unlocking the hidden smell of the BENTHIC ecosystems : how species and environment regulate coral and seagrasses Volatile Organic Compounds emissions (01/01/2024 - 01/01/2027)
 AMIDEX LITOSMED (Elena ORMENO) : La LITière, source de composés organiques volatils précurseurs d’aérosols Organiques Secondaires en milieu urbain et forestier MEDiterranéens : quelles conséquences sur la dégradation de la litière et de la qualité de l’air ? (01-04-2024 - 01-04-2027)
 AMIDEX MATISSE (Pierre DOUMENQ) : Multi‐scale PFAS conTamInation Study in induStrial arEas (01-04-2024 - 01-04-2027)

 EC2CO DECLIQ (Anne BOUSQUET-MELOU) : Régénération des chênaies du sud de l’Europe, un DEfi pour la gestion forestière dans le cadre du changement CLImatiQue (01/01/2024 - 31/12/2026)
ECCOREV-ITEM BENTHIC-VOC (Catherine FERNANDEZ) : Dévoiler l’odeur cachée des écosystèmes BENTHIques : comment les espèces et l’environnement régulent les émissions de composés organiques volatils des herbiers lagunaires ? (01/01/2024 - 31/12/2024)
 CHEMMANGO (Anne BOUSQUET-MELOU) : Ecosystem functioning in Vietnam (Plan Structurant de Formation IRD ; 01/01/2022 - 31/12/2024)
 MEDSOCLIM (Mathieu SANTONJA) : Etude des sols forestiers méditerranéens dans un contexte de changement climatique : découplage expérimental des effets de la sécheresse et du réchauffement sur leur biodiversité et leur fonctionnement (01/01/2021 - 31/12/2024)
 CAMELIA (Phila RAHARIVELOMANA - UPF) : Etude des propriétés du CAlophyllum inophyllum en MELange avec des plantes bIoActives polynésiennes (01/01/2023 - 31/12/2024)
 ECCOREV-ITEM VALOPAL (Béatrice BAGHDIKIAN / Anne BOUSQUET-MELOU / Elnur GARAYEV) ) : Valorisation de palétuviers traditionnellement utilisés au Sénégal à l’aide de l’ethnopharmacologie pour le développement d’extraits bioactifs (01/01/2023 - 31/12/2023)
 ANSES BeeMed (Maryse VanderPlanck (CEFE) / Stéphane GREFF) : Résilience des abeilles aux changements planétaires au travers du prisme de l’automédication (01/01/2023 - 31/12/2025)

 AOI IMBE C-POSCA (Quentin SCHENKELAARS) : Color polymorphism in Oscarella (2023)
 AOI IMBE BENTHIC-VOC (Catherine FERNANDEZ) : Unlocking the hidden smell of the BENTHIC ecosystems : how species and environment regulate seagrasses Volatile Organic Compounds emissions (2023)
 AOI IMBE MetaChlorHy (Xavier MOREAU/ Hervé MACARIE) : Approche métabolomique des effets de concentrations environnementales de chlordécone chez l’hydre d’eau douce, Hydra vulgaris (2023)

Collaborations en cours

- Marie DERRIEN (Phd) / Pierre CHEVALDONNE / Thierry PEREZ :Médiation chimique en milieu marin ; Une Source inestimable de services Ecosytémiques.
 Marie GRENIER (Phd) / Charlotte SIMMLER / Thierry PEREZ / Neuralia (privé) : Systématique intégrative des éponges de bain (Demospongiae, Dictyoceratida, Spongiidae) et évaluation de leurs propriétés neuropharmacologiques
 Robin GAUFF / Christophe LEJEUSNE / Dominique DAVOULT (Roscoff) : impact du changement climatique sur le métabolisme d’un bryozoaire
 Clémentine BACCATI (Phd) / Elnur GARAYEV / Béatrice BAGHDIKIAN : Valorisation de plantes issues de la biodiversité du Parc Naturel Régional du Luberon à l’aide de l’ethnopharmacologie pour le développement d’éco-extraits bioactifs
 Anne BOUSQUET-MELOU (Eq 5) / Dounia DHAOU (Eq 5) / Stéphane GREFF (SCECM) : Métabolisme spécialisé de palétuviers, implications dans les interactions biotiques en milieu littoral - > Master 2 Vietnam (Hien KHONG THU)
 Elodie BRISSET / Elnur GARAYEV / Caroline LECAREUX / Stéphane GREFF : étude de sédiments lacustres en provenance d’Iran
 Manuel LEBRIS : biosynthèse de précurseurs de lignine en lien avec la terrestrialisation chez les mousses
 Pierre CHRISTEN : analyse d’hormones végétales dans les Lifofer

 Youssef LAMWATI (Phd CEREGE) /Steven CRIQUET / Manuel LEBRIS / Blanche COLLIN (CEREGE) : impact de terres rares sur le métabolisme de plantes terrestres
 Camille RIGAL (Phd CEREGE) / Laure MALLERET (CEREGE) / Pascal MIRLEAU : analyses de retardants de flammes
 Amal BENAYED (Phd BBF) / Eric RECORD (BBF - Biodiversité et Biotechnologie Fongiques) / Charlotte SIMMLER / Stéphane GREFF : biodegradation of levofloxacine in presence os everal fungus species
 Quentin ALBERT (BBF - Biodiversité et Biotechnologie Fongiques) / Charlotte SIMMLER / Stéphane GREFF : elicitation of fungal secondary metabolites in bacteria-fungus co-cultures
 Maggy REDDY (South Africa / Olivier THOMAS (Ireland) / Stéphane GREFF : metabolomics as a way to decipher hybridisation in two closely related species of kelp (Ecklonia) in southern Africa
 Mathieu SOURICE (Phd IMM) / Béatrice PY (IMM) / Corinne AUBERT (IMM) / Charlotte SIMMLER : Elicitation of Secondary Metabolites in Myxobacteria
 Laura RIEUSSET (Phd Université Bretagne Sud) / Gilles BEDOUX (UBS) / Gilson (privé) / Charlotte SIMMLER / Stéphane GREFF : analyse de produits isolés de mycosporines
 Julien LOPEZ (Phd Sorbonne Université - CNRS UMR7093 - Laboratoire d’Océanographie de Villefranche, LOV) / Antoine SCIANDRA / Stéphane GREFF / Charlotte SIMMLER : étude du métabolisme de microalgues soumises à une carence en azote

Programmes de recherche passés dont le SC a été partenaire / collaborateur :

 ANR SecPriMe2 (Catherine FERNANDEZ) : Trade-off between SECondary and PRImary MEtabolism in MEditerranean forest under climate change

 AXA (GESLIN/FERNANDEZ) : Post-doc Coline JAWORSKI (2018)
 CERVOLAND (Elena ORMENO-LAFUENTE) : Caractérisation des Emissions et de la Réactivité des Composés organiques VOlatils en forêt des LANDes (19/03/2017 - 10/11/2020)
 CLIMED (Jean-Philippe MEVY) : Impacts des changements climatiques sur la biocliversité et conséquences pour le fonctionnement d’un écosystème méditerranéen (01/01/2021 - 31/12/2021)
 CoralVOC (Catherine FERNANDEZ) : connaître et comprendre les émissions de composés volatils des coraux (01/01/2021 - 31/12/2021)
 CORVOLIM (Elena ORMENO-LAFUENTE) : Inventaire d’émissions de Composés ORganiques VOlatils par la LItière de la végétation Méditerranéenne : application à la qualité de l’air (01/03/2019 - 31/12/2019)
 CYCLABIOCLIM (Virginie BALDY) Carbon cycle and biodiversity in Mediterranean oak forest : impact of climate change (01/10/2014 - 01/10/2017)
 DyFoPort (Christophe LEJEUSNE) : Dynamique et fonctionnement des communautés de substrats durs en milieu portuaire : rôle des gradients environnementaux et des espèces introduites dans un contexte de changement climatique (03/02/2020 - 31/12/2020)
 LANDEX (Elena ORMENO-LAFUENTE) : LANDEX EPISODE 1 - Bilos – Expérimentation dans la forêt des Landes (01/01/2017 - 31/12/2018)
 LAVANDE (Anne BOUSQUET-MELOU) : Caractérisation de la tolérance à la sécheresse des variétés de lavande et de lavandin cultivées (21/10/2011 - 20/10/2016)
 LIA-MARRIO (Thierry PEREZ) : Patrons de biodiversité et chimiodiversité des éponges de la Martinique à Rio de Janeiro (01/01/2013 - 31/12/2017)
 LITTERVOC18 (Catherine FERNANDEZ) : les émissions de Composés Organiques Volatils Biotiques (COVB) de la litière des forêts méditerranéennes soumises au changement climatiques (01/04/2018 - 31/12/2019)
 LITTERVOC21 (Elena ORMENO-LAFUENTE) : les émissions de Composés Organiques Volatils Biotiques (COVB) de la litière des forêts méditerranéennes soumises au changement climatique (01/01/2021 - 31/12/2021)
 MACARON (Mathieu SANTONJA) : Les formations macaronésiennes à Euphorbes cactiformes du Maroc : Facilitation et complémentarité, moteurs de leur dynamique dans un contexte de valorisation paysagère et apicole des espaces du Sud (01/01/2020 - 31/12/2020)
 MANGHALO (Elena ORMENO-LAFUENTE) : Première approche de la participation des MANGroves dans les échanges biosphère – atmosphère : étude des émissions de composés HALOgénés et isoprénoïdes par les palétuviers de Guyane et Martinique (02/03/2020 - 01/03/2022)
 MANGHALO-ECCOREV (Anne BOUSQUET-MELOU) : Première approche de la participation des MANGroves dans les échanges biosphère – atmosphère : étude des émissions de composés HALOgénés par les palétuviers de Guyane (01/01/2019 - 31/12/2019)
 METAPHORES (Elena ORMENO-LAFUENTE) : Adaptations METAbolomiques et MorPHOlogiques de la foret de chêne pubescent après 8 ans de REStrictions des précipitations en milieu naturel (01/01/2020 - 01/01/2021)
 MOMIES (Gérald CULIOLI) : Méthodologies Originales d’annotation de Métabolites Inconnus dans le cadre d’Etude métabolomiques non-cibléeS (01/09/2021 - 31/08/2022)
 PACO (Thierry PEREZ) : Origine de la biodiversité des éponges et compréhension de leurs fonctions métaboliques par des approches Omiques (01/01/2015 - 31/12/2017)
 PIG-PAGAIL1 (Anne BOUSQUET-MELOU) : Profils métabolomiques des PAlétuviers de GuyAne : implication dans les Interactions trophiques en milieu Littoral (01/01/2017 - 31/12/2017)
 PAGAIL2 (Anne BOUSQUET-MELOU) : Profils métabolomiques des PAlétuviers de GuyAne : implication dans les Interactions trophiques en milieu Littoral (12/04/2017 - 31/12/2018)
 POLLIDRY (Catherine FERNANDEZ) : Pollination in a drier world : using floral scent to predict and restore pollination networks (11/01/2017 - 30/11/2019)
 POLLURISK (Elena ORMENO-LAFUENTE) : Impact of ozone POLLution, in the context of climate change, on the plant-pollinator chemical communication : RISK for the resilience of ecosystemic services (?????)
 PoPoM (Christophe LEJEUSNE) : Résistance écologique à la pollution dans les ports de Méditerranée (01/01/2019 - 31/12/2019)
 ReSMed (Mathieu SANTONJA) : Réchauffement et Sécheresse du sol Manipulés en forêts Méditerranéennes (01/01/2021 - 31/12/2021)
 SIMPA (Anne BOUSQUET-MELOU) : Signaux chimiques IMpliqués dans le processus de décomposition des feuilles de Palétuviers (01/03/2017 - 31/12/2017)
 TOTAL (Thierry PEREZ) : Diversité métabolomique des organismes aux écosystèmes marins : étude de processus évolutifs et fonctionnels dans un environnement changeant (20/12/2013 - 31/12/2016)
 VOLAT-ILE (Benoît GESLIN) : Etudes des Composés Organiques Volatils des fleurs natives et exotiques de Nouvelle-Calédonie - lien avec l’attractivité aux pollinisateurs (01/01/2020 – 31/12/2021)
 EpiMar (Christophe LEJEUSNE) : Signatures épigénétiques des processus invasifs sous pression de pollution dans les écosystèmes marins artificialisés (01/01/2022 - 31/12/2023)
 LITTERVOC-EC2CO (Catherine FERNANDEZ) : Émission de Composés Organiques Volatils par la litière de forêts méditerranéennes soumises au changement climatique (01/01/2021 - 31/12/2023)

Contrats ayant financé l’acquisition de matériel du SC :

 MALLABAR 1.0 (Thierry PEREZ) : Métabolomique Appliquée à l’étude de la Biodiversité MArine
 MALLABAR 2.0 (Catherine FERNANDEZ) : Métabolomique Appliquée à l’étude de la Biodiversité MArine ; étude de processus évolutifs et fonctionnels dans un environnement changeant
 MALLABAR 3.0 (Charlotte SIMMLER) : Métabolomique Appliquée à L’étude de La Biodiversité mArine et teRrestre : Concentration pour la Purification et l’Identification des Métabolites Spécialisés

Participations à Publications

Projets portés par l’IMBE
Projets portés par des Externes IMBE
Participations/Remerciements

2024

A - Publications à comité de lecture :

1) Ben Ayed A, Akrout I, Staita K, Albert Q, Greff S, Simmler C, Ahrendt S, LaButti K, Lipzen A, He G, Savage E, Armengaud J, Kielbasa M, Navarro D, Drula E, Turbé-Doan A, Bertrand E, Lomascolo A, Chaduli D, Faulds C, Chamkha M, Maalej A, Barry K, Grigoriev IV, Martin F, Zouari-Mechichi H, Sciara G, Mechichi T, Record E 2024 Genome sequencing of Porostereum spadiceum to study the degradation of levofloxacin. Ecotoxicol Environ Saf 270:115808
DOI HAL

2023

A - Publications à comité de lecture :

1) Breaud C, Lallemand L, Mares G, Mabrouki F, Bertolotti M, Simmler C, Greff S, Mauduit M, Herbette G, Garayev E, Lavergne C, Cesari M, Bun-Llopet SS, Baghdikian B, Garayev E 2023 LC-MS Based Phytochemical Profiling towards the Identification of Antioxidant Markers in Some Endemic Aloe Species from Mascarene Islands. Antioxidants 12(1):50 (Greff co-auteur)
DOI HAL

2) Saunier A, Wortham H, Ormeño E, Proffit M, Lecareux C, Greff S, Van Tan D, Sy Tuan M, Duc Hoan H, Bui Nguyen The K ; Dhaou D, Baldy V, Bousquet-Mélou A 2023 Mangrove’s species are weak isoprenoid emitters. Estuar Coast Shelf Sci 283:108256 (Greff, Lecareux co-auteurs)
DOI HAL

3) Laoue J, Havaux, M, Ksas B, Tuccio B, Lecareux C, Fernandez C, Ormeno E 2023 Long-term rain exclusion in a Mediterranean forest : response of physiological and physico-chemical traits of Quercus pubescens across seasons. Plant J, doi : 10.1111/tpj.16424
DOI HAL

4) Mauduit M, Derrien M, Grenier M, Greff S, Molinari S, Chevaldonne P, Simmler C, Perez T 2023 In Situ Capture and Real-Time Enrichment of Marine Chemical Diversity. ACS Cent Sci on-line
DOI HAL

5) Gerometta E, Herbette G, Garayev E, Marvilliers A, Naubron JV, Di Giorgio C, Campos PE, Clerc P, Ledoux A, Frederich M, Baghdikian B, Grondin I, Gauvin-Bialecki A 2023 Cytotoxic Metabolites from Calophyllum tacamahaca Willd. : Isolation and Detection through Feature-Based Molecular Networking. Metabolites 13(5):582 (remerciements Greff/SCECM)
DOI HAL

6) Grenier M, Simmler C, Chevaldonné P, Callizot N, Pérez T 2023 Searching for Mediterranean bath sponges (Demospongiae : Dictyoceratida : Spongiidae) in the Northeast Atlantic reveals a new species : an integrative taxonomic approach. Zoological Journal of the Linnean Society zlad166, 1-23
DOI HAL

7) Chambon M, Ho R, Baghdikian B, Herbette G, Bun-Llopet SS, Garayev E, Raharivelomanana P 2023 Identification of Antioxidant Metabolites from Five Plants (Calophyllum inophyllum, Gardenia taitensis, Curcuma longa, Cordia subcordata, Ficus prolixa) of the Polynesian Pharmacopoeia and Cosmetopoeia for Skin Care. Antioxidants 12(10):1870
DOI HAL

B - Communications orales congrès international

1) Simmler C, Mauduit M, Greff S, Pérez T 2023 Le Parfum des Eponges de Méditerranée : Capture, Composition et Trésor Caché ? 15ème Congrès Francophone sur les Sciences Séparatives et les couplages de l’AFSEP (SEP2023), Paris, France, 28 au 30 mars 2023

2) Mauduit M, Grenier M, Derrien M, Greff S, Chevaldonné P, Pérez T, Simmler C 2023 Tracing sponge specialized exometabolites in seawater sheds new light on their chemical diversity. 6ème Symposium International de l’AFERP, Orsay, France, 17 au 19 juillet 2023

3) Mauduit M, Greff S, Chevaldonné P, Pérez T, Simmler C 2023 Accessing the hidden treasure of brominated exometabolites released by two mediterranean sponges. 31st International Symposium on the Chemistry of Natural Products & 11th International Congress on Biodiversity, Naples, Italie, 15 au 19 octobre 2023

C - Communications orales workshop international

Christen P, Marois J, Ben Ammar I, Abecassis V, Lerch T, Criquet S, Nafil S, Greff S, Davidson S, Dries A, Martinez M, Cagnacci L, Miché L 2023 Ultimos resultados obtenidos en la caracterizacion fisico-quimica y microbiologica de los Microorganismos de Montaña (LiFoFer). International Scientific Workshop on Biochar in Sustainable Agriculture. Indio Hatuey Experimental Station, Univ. Matanzas, Cuba, 14-16 March 2023

D - Communications orales congrès national

1) Derrien M, Simmler C, Chevaldonné P, Perez T 2023 Peut-on expliquer la complexité du paysage chimique des grottes sous-marines par le niveau de diversité de leurs communautés benthiques ? Journées d’Ecologie Chimique, Paris, France, 2 et 3 novembre 2023

2) Christen P, Miché L, Davidson S, Cagnacci L, Lerch T, Farnet AM, Rebufa C, Combet Blanc Y, Criquet S, Greff S, Martinez M, Foli L, Chemin C 2023 Principaux Résultats de l’étude de la LiFoFer (2019-2023). Les journées nationales de la Litière forestière fermentée « Lifofer », La Roche-sur-Grane, France, 13 et 14 novembre 2023

E - Communications par affiche congrès international :

F - Communications par affiche congrès national :

1) Michel T, Rieusset L, Simmler C, Greff S, Boulho R, Hardouin K, Bourgougnon N, Audo G, Bedoux G 2023 Centrifugal Partition Chromatography, a sustainable tool for the purification and enrichment of cosmetic ingredients : the case of the photoprotective mycosporin-like amino acids. Cosm’ing 2023, 5 - 7 juillet 2023,
Saint-Malo, France.

2022

A - Publications à comité de lecture :

1) Hughes K, Ho R, Greff S, Herbette G, Filaire E, Ranouille E, Berthon JY, Raharivelomanana P 2022 Feature-Based Molecular Networks Identification of Bioactive Metabolites from plants of the Polynesian Cosmetopoeia targeting the Hair Cycle. Molecules 27(1):105 (Greff co-auteur)
DOI HAL

2) Said Hassane C, Herbette G, Garayev E, Mabrouki F, Clerc P, de Voogd NJ, Greff S, Trougakos IP, Ouazzani J, Fouillaud M, Dufossé L, Baghdikian B, Ollivier E, Gauvin-Bialecki A 2022 New Metabolites from the Marine Sponge Scopalina hapalia Collected in Mayotte Lagoon. Marine drugs 20(3):186 (Greff co-auteur)
DOI HAL

3) Saunier A, Greff S, Blande J, Lecareux C, Baldy V, Fernandez C, Ormeno E 2022 Amplified drought and seasonal cycle modulate Quercus pubescens leaf metabolome. Metabolites 12(4):307 (Greff, Lecareux co-auteurs)
DOI HAL

4) Gauff RPM, Davoult D, Greff S, Bohner O, Coudret J, Jacquet S, Loisel S, Rondeau S, Sevin L, Wafo E, Lejeusne C 2022 Pollution gradient leads to local adaptation and small-scale spatial variability of communities and functions in an urban marine environment. Science of The Total Environment 838(1):155911 (Greff co-auteur)
DOI HAL

5) Gauff RPM, Lejeusne C, Greff S, Loisel S, Bohner O, Davoult D 2022 Impact of in Situ Simulated Climate Change on Communities and Non-Indigenous Species : Two Climates, Two Responses. J Chem Ecol 48, 761-771 (Greff co-auteur)
DOI HAL

6) Ben Ayed A, Akrout I, Albert Q, Greff S, Simmler S, Armengaud J, Kielbasa M, Turbé-Doan A, Chaduli D, Navarro D, Bertrand E, Faulds CB, Chamkha M, Maalej A, Zouari-Mechichi H, Sciara G, Mechichi T, Record E 2022 Biotransformation of the fluoroquinolone, Levofloxacin, by the white-rot fungus Coriolopsis gallica. Journal of Fungi 8(9):965 (Greff co-auteur)
DOI HAL

7) Dhaou D, Baldy V, Van DT, Malachin JR, Pouchard N, Roux A, Dupouyet S, Greff S, Culioli G, Michel T, Fernandez C, Bousquet-Mélou A 2022 Use of the allelopathic potential of mangroves in the Red River estuary (Vietnam) for the control of the rice weed Echinochloa crus-galli. Plants 11(19):2464 (Greff co-auteur)
DOI HAL

8) Jaworski CC, Geslin B, Zakardjian M, Lecareux C, Caillault P, Nève G, Meunier JY, Dupouyet S, Sweeney ACT, Lewis OT, Dicks LV, Fernandez C 2022 Long-term experimental drought alters floral scent and pollinator visits in a Mediterranean plant community despite overall limited impacts on plant phenotype and reproduction. Journal of Ecology, 110(11):2628-2648 (Lecareux co-auteur)
DOI HAL

9) Dhaou D, Gros R, Baldy V, Adotévi A, Gaboriau M, Estevez Y, Lecareux C, Dupouyet S, Fernandez C, Bousquet-Mélou A 2022 Comparison of leaf litter decomposition and microbial decomposer communities in fringe and riverine mangroves in French Guiana. Regional Environmental Change 22:102 (Lecareux co-auteur)
DOI HAL

10) Mauduit M, Greff S, Herbette G, Naubron JV, Chentouf S, Huy Ngo T, Nam, JW, Molinari S, Mabrouki F, Garayev E, Baghdikian B, Pérez T, Simmler C 2022 Diving into the molecular diversity of Aplysina cavernicola’s exo-metabolites : contribution of bromo-spiroisoxazoline alkaloids. ACS Omega, accepted for publication (Greff co-auteur)
DOI HAL

11) Quer E, Pereira S, Michel T, Santonja M, Gauquelin T, Simioni G, Ourcival JM, Joffre R, Limousin JM, Aupic-Samain A, Lecareux C, Dupouyet S, Orts JP, Bousquet-Mélou A, Gros R, Sagova-Mareckova M, Kopecky J, Fernandez C, Baldy V 2022 Amplified Drought Alters Leaf Litter Metabolome, Slows Down Litter Decomposition, and Modifies Home Field (Dis)Advantage in Three Mediterranean Forests. Plants 11(19):2582 (Lecareux co-auteur, participation Mallabar)
DOI HAL

12) Saunier A, Ormeño E, Moja S, Fernandez C, Robert E, Dupouyet S, Despinasse Y, Baudino S, Nicolè F, Bousquet-Mélou A 2022 Lavender sensitivity to water stress : Comparison between eleven varieties across two phenological stages. Ind Crop Prod 177:114531 (Participation SCECM)
DOI HAL

13) Carriot N, Barry‑Martinet R, Briand JF, Ortalo‑Magné A, Culioli G 2022 Impact of phosphate concentration on the metabolome of biofilms of the marine bacterium Pseudoalteromonas lipolytica. Metabolomics 18:18 (Greff remerciements)
DOI HAL

14) Moreau X, Claeys-Bruno M, Andraud JP, Macarie H, Martínez DE, Robin M, Sergent M, De Jong L 2022 Hydra bioassay for the evaluation of chlordecone toxicity at environmental concentrations, alone or in complex mixtures with dechlorinated byproducts : experimental observations and modeling by experimental design. Environ Sci Pollut Res (Greff remerciements)
DOI HAL

B - Communications orales congrès international

1) Stierlin É, Ho R, Greff S, Herbette G, Raharivelomanana P 2022 Metabolomics analysis of a medicinal Polynesian plant during drying process : Calophyllum inophyllum nuts (tamanu). 5th Global Webinar on Traditional and Integrative Medicine, Global Scientific Guild, 18 to 20 Mars 2022

C - Communications orales congrès national

D - Communications par affiche congrès international :

1) Mauduit M, Greff S, Pérez T, Simmler C 2022 Diving into the chemistry of sponge exo-metabolomes : contribution of brominated specialized metabolites. 11th World Sponge Conference, Leiden, The Netherlands, 10 to 14 October 2022

2)Stierlin E, Ho R, Greff S, Herbette G, Raharivelomanana P 2022 Approche métabolomique combinant l’analyse LC-MS/MS et les réseaux moléculaires pour suivre les constituants bioactifs des amandes de Calophyllum inophyllum (tamanu) pendant le processus de séchage. Colloque Cosmétopée 2022 : « Arbres et autres plantes de la Cosmétopée : perspectives d’innovation et de valorisation des filières en Outre-mer », Cayenne, Guyane Française, 28 au 30 mars 2022 (flash Poster)

E - Communications par affiche congrès national :

1) Stierlin E, Ho R, Greff S, Herbette G, Raharivelomanana P 2022 Approche métabolomique combinant LC-MS/MS et les réseaux moléculaires pour suivre les constituants bioactifs des amandes de Calophyllum inophyllum (tamanu) pendant le processus de séchage. Arbres et autres plantes de la Cosmétopée : Perspectives d’innovation et de valorisation des filières en Outre-Mer, Cayenne, Guyane, 28 au 30 mars 2022 (prix de l’Innovation)
HAL

2) Hughes K, Ho R, Greff S, Herbette G, Filaire E, Ranouille E, Berthon JY, Raharivelomanana P 2022 Identification par les réseaux moléculaires de métabolites bioactifs de trois plantes de la cosmétopée polynésienne intervenant dans le cycle du cheveu via leur prolifération des cellules de la papille dermique. Arbres et autres plantes de la Cosmétopée : Perspectives d’innovation et de valorisation des filières en Outre-Mer, Cayenne, Guyane, 28 au 30 mars 2022
HAL

3) Mauduit M, Greff S, Pérez T, Simmler C 2022 Diving into the chemistry of sponge exo-metabolomes : contribution of brominated specialized metabolites. Ecole Thématique Metabiodivex, Aussois, France, 16 juin au 1er juillet 2022
HAL

4) Moreau X, Macarie H, Claeys-Bruno M, Andraud JP, Martínez DE, Greff S, Vanloot P, Robin M, Sergent M, de Jong L 2022 Un bioessai avec l’hydre d’eau douce pour évaluer la toxicité de la chlordécone aux concentrations environnementales, seule ou en mélange complexe avec des sous-produits déchlorés : observations et modélisation par plan d’expériences. Rencontres Chlordecone 2022, Guadeloupe, Martinique, du 12 au 16 décembre 2022
[HAL]

2021

A - Publications à comité de lecture :

1) Carriot N, Paix B, Greff S, Viguier B, Briand JF, Culioli G 2021 Integration of LC/MS-based molecular networking and classical phytochemical approach allows in-depth annotation of the metabolome of non-model organisms - The case study of the brown seaweed Taonia atomaria. Talanta 225:121925 (Greff co-auteur)
DOI HAL

2) Hughes K, Ho R, Chazaud C, Hermitte S, Greff S, Butaud JF, Filaire E, Ranouille E, Berthon JY, Raharivelomanana P 2021 In Vitro Hair Dermal Papilla Cells Induction by Fagraea berteroana, a Tree of the Marquesan Cosmetopoeia (French Polynesia). Cosmetics 8(1):13 (Greff co-auteur)
DOI HAL

3) Aupic-Samain A, Santonja M, Chomel M, Pereira S, Quer E, Lecareux C, Limousin JM, Ourcival JM, Simioni G, Gauquelin T, Fernandez C, Baldy V 2021 Soil biota response to experimental rainfall reduction depends on the dominant tree species in mature northern Mediterranean forests. Soil Biol Biochem 154:108122 (Lecareux co-auteur)
DOI HAL

4) Mion S, Carriot N, Lopez J, Plener L, Ortalo-Magné A, Chabrière E, Culioli G, Daudé D 2021 Disrupting quorum sensing alters social interactions in Chromobacterium violaceum. NPJ Biofilms Microbiome 7(1):40 (Remerciements Greff, Mallabar)
DOI HAL

5) Paix B, Vieira C, Potin P, Leblanc C, De Clerck O, Briand JF, Culioli G 2021 French Mediterranean and Atlantic populations of the brown algal genus Taonia (Dictyotales) display differences in phylogeny, surface metabolomes and epibacterial communities. Algal Research 59:102452 (remerciements Greff, Mallabar)
DOI HAL

6) Paix B, Potin P, Schires G, Le Poupon C, Misson B, Leblanc C, Culioli G, Briand JF 2021 Synergistic effects of temperature and light affect the relationship between Taonia atomaria and its epibacterial community : a controlled conditions study. Environmental Microbiology 23(11):6777-6797 (remerciements Greff).
DOI HAL

7) Paix B, Layglon N, Le Poupon C, D’Onofrio S, Misson B, Garnier C, Culioli G, Briand JF 2021 Integration of spatio-temporal variations of surface metabolomes and epibacterial communities highlights the importance of copper stress as a major factor shaping host-microbiota interactions within a Mediterranean seaweed holobiont. Microbiome 9:201 (remerciements Greff)
DOI HAL

8) Fernandez M, Malagoli P, Gallet C, Fernandez C, Vernay A, Ameglio T, Balandier P 2021 Investigating the role of root exudates in the interaction between oak seedlings and purple moor grass in temperate forest. Forest Ecology and Management 9491:119175 (remerciements Greff, Mallabar)
DOI HAL

B - Communications orales congrès international

1) Gauff R, Davoult D, Greff S, Bohner O, Coudret J, Loisel S, Wafo E, Lejeusne C 2021 Diversity and functioning of harbor communities - Studying small-scale spatial variability on different levels of biological organisation. ECSA 58 - EMECS 13 Estuaries and coastal seas in the Anthropocene - Structure, functions, services and management. Hull, UK, 6 au 9 septembre 2021

2) Stierlin É, Ho R, Greff S, Herbette G, Raharivelomanana P 2021 Metabolomic approach using LC-MS/MS analysis and molecular networking to follow up bioactive constituents of Calophyllum inophyllum nuts (tamanu) during drying process. 4th European Conference on Natural Products, Francfort, Allemagne, 6 au 8 Septembre 2021

C - Communications orales congrès national

1) Devault DA, Massat F, Greff S, Dolique F, Macarie H 2021 Suivi d’un andain-pilote de compostage de sargasses polluées par la chlordécone. GFP2021 : Congrès du Groupe Français de recherches sur les Pesticides. 27 mai 2021 (distanciel)

2) Mauduit M, Greff S, Pérez T, Simmler C 2021 Accéder à la diversité des molécules naturellement libérées par les éponges : Exo-métabolites, Attrapez-les (tous) ! 7èmes Journées Scientifiques du GDR MediatEC, Toulouse, 27 au 29 octobre 2021

D - Communications par affiche congrès international :

1) Stierlin E, Ho R, Greff S, Herbette G, Raharivelomanana P 2021 Metabolomic approach using LC-MS/MS analysis and molecular networking to follow up bioactive constituents of Callophyllum inophyllum nuts during drying process. Vanguards of Natural Product Research 2021. 23rd July 2021 (distanciel)

2) Mauduit M, Greff S, Pérez T, Simmler C 2021 Exploring the diversity of brominated alkaloids naturally released by the sponge Aplysina cavernicola. XII European Conference on Natural Products, Galway, Ireland. 30th Aug - 1st Sept 2021 (distanciel)
HAL

E - Communications par affiche congrès national :

2020

A - Publications à comité de lecture :

1) Gaubert J, Rodolfo-Metalpa R, Greff S, Thomas O, Payri C 2020 Impact of ocean acidification on the metabolome of the brown macroalgae Lobophora rosacea from New Caledonia. Algal Research 46:101783 (Greff co-auteur)
DOI HAL

2) Nakhoul J, Fernandez C, Bousquet-Mélou A, Santonja M, Greff S, Dupouyet S, Nemer N, Kattar S, Abboud J, Prevosto B 2020 Soil scarification favors natural regeneration of Pinus pinea in Lebanon forests : evidences from field and laboratory experiments. Forest Ecology and Management 459:117840 (Greff co-auteur)
DOI HAL

3) Paix B, Carriot N, Barry-Martinet R, Greff S, Misson B, Briand JF, Culioli G 2020 A multi-omics analysis suggests links between the differentiated surface metabolome and epiphytic microbiota along the thallus of a Mediterranean seaweed holobiont. Frontiers in Microbiology 11:494 (Greff co-auteur)
DOI HAL

4) Chomel M, Baldy V, Guittonny M, Greff S, DesRochers A 2020 Litter leachates have stronger impact than leaf litter on Folsomia candida fitness. Soil Biology and Biochemistry 147:107850 (Greff co-auteur)
DOI HAL

5) Viros J, Fernandez C, Wortham H, Gavinet J, Lecareux C, Ormeño E 2020 Litter of Mediterranean species as a source of volatile organic compounds. Atmospheric Environment 242:117815 (Lecareux co-auteur)
DOI HAL

6) Hughes K, Ho R, Greff S, Filaire E, Ranouille E, Chazaud C, Herbette G, Butaud JF, Berthon JY, Raharivelomanana P 2020 Hair Growth Activity of Three Plants of the Polynesian Cosmetopoeia and Their Regulatory Effect on Dermal Papilla Cells. Molecules 25(19):4360 (Greff co-auteur)
DOI HAL

7) Ternon E, Paix B, Thomas OP, Briand JF, Culioli G 2020 Exploring the Role of Macroalgal Surface Metabolites on the Settlement of the Benthic Dinoflagellate Ostreopsis cf. ovata. Front. Mar. Sci. 7:683. (Greff, Mallabar en remerciements)
DOI HAL

B - Communications orales congrès international

C - Communications orales congrès national

1) Gauff R, Greff S, Davoult D, Lejeusne C 2020 Diversité et fonctionnement des ports de plaisance - une variabilité multi-échelle, de la communauté au métabolome. 1ères Journées Scientifiques numériques du Réseau Francophone de Métabolomique et Fluxomique, Perpignan, France, 25 au 26 juin 2020 (distanciel)

2) Gauff R, Lejeusne C, Bohner O, Greff S, Loisel S, Davoult D 2020 Getting used to the heat - Does climate change favor introduced speciesonly in already warmer climates ? Webinar of RFMF (Réseau Francophone de Métabolomique et Fluxomique) - RFMF junior, octobre 2020 (distanciel)

D - Communications par affiche congrès international :

1) Hughes K, Ho R, Butaud JF, Greff S, Herbette G, Ranouille E, Filaire E, Berthon JY, Raharivelomanana P 2020 Molecular networks as a metabolomic tool to link traditional uses to biological activities and potential valuation of Polynesian plants. European RFMF Metabomeeting - 22 to 24 january 2020 - Toulouse

E - Communications par affiche congrès national :

2019

A - Publications à comité de lecture :

1) Gaubert J, Greff S, Thomas OP, Payri C 2019 Metabolomic variability of four macroalgal species of the genus Lobophora using diverse approaches. Phytochemistry 162:165-172 (Greff co-auteur, remerciements SCECM)
DOI HAL

2) Gavinet J, Santonja M, Baldy V, Hashoum H, Peano S, Tchong T, Gros R, Greff S, Fernandez C, Bousquet-Mélou A 2019 Phenolics of the understory shrub Cotinus coggygria as driver of Mediterranean oak forests diversity and dynamics. Forest Ecology and Management 441:262-270 (Greff co-auteur)
DOI HAL

3) Santonja M, Bousquet-Mélou A, Greff S, Ormeño E 2019 Allelopathic effects of volatile organic compounds released from Pinus halepensis needles and roots. Ecology and Evolution 9:8201-8213 (Greff co-auteur)
DOI HAL

4) Romero B, Fernandez C, Lecareux C, Ormeño E, Ganteaume A 2019 How terpene content affects fuel flammability of wildland–urban interface vegetation. International Journal of Wildland Fire 28(8):614-627 (remerciements SCECM, Lecareux co-auteur)
DOI HAL

5) Paix B, Othmani A, Debroas D, Culioli G, Briand JF 2019 Temporal covariation of epibacterial community and surface metabolome in the Mediterranean seaweed holobiont Taonia atomaria. Environmental microbiology 21:346-3363 (remerciements Mallabar)
DOI HAL

6) Santonja M, Milcu A, Fromin N, Rancon A, Shihan A, Fernandez C, Baldy V, Hättenschwiler S 2019 Temporal shifts in plant diversity effects on carbon and nitrogen dynamics in a Mediterranean shrubland exposed to reduced precipitation. Ecosystems 22:939-954 (Remerciements Lecareux)
DOI HAL

7) Favre L, Ortalo-Magné A, Kerloch L, Pichereaux C, Misson B, Briand JF, Garnier C, Culioli G 2019 Metabolomic and proteomic changes induced by growth inhibitory concentrations of copper in the biofilm-forming marine bacterium Pseudoalteromonas lipolytica. Metallomics 11(11):1887-1899 (Greff, Mallabar en remerciements)
DOI HAL

B - Communications orales congrès international

C - Communications orales congrès national

1) Quer E, DesRochers A, Greff S, Dupouyet S, Duval P, Lecareux C, Baldy V 2019 Study of root grafting in balsam fir Abies balsamea (L.). Congrès de l’Ecole Doctorale 251 - Marseille - Mars 2019

2) Saunier A, Greff S, Fernandez C, Ormeno-Lafuente E 2019 Leaf specialized metabolome of Quercus pubescens exposed to amplified drought. Journées MétaSud - Toulon - 12 et 13 Juin 2019.

3) Longeard P, Lecareux C 2019 Le contenu en composés organiques volatils varie-t-il en réponse à l’adaptation des espèces au changement de régime de feu ? Journées MétaSud - Toulon - 12 et 13 Juin 2019.

4) Carriot N, Paix B, Greff S, Briand JF, Culioli G 2019 Utilisation de l’approche des réseaux moléculaires pour l’annotation du métabolome de la macroalgue brune Taonia atomaria. Journées MetaSUD - Toulon - 12 et 13 juin 2019.

5) Pereira S, Quer E, Santonja M, Gauquelin T, Simioni G, Ourcival JM, Joffre R, Limousin JM, Aupic-Samain A, Greff S, Lecareux C, Dupouyet S, Orts JP, Reiter I, Bousquet-Mélou A, Gros R, Sagova-Mareckova M, Fernandez C, Baldy V 2019 Climate change alters leaf litter chemistry, slowdowns litter decomposition and modifies “Home field advantage” in three Mediterranean forests. Final Conference OTMED - what kind of environmental transition for the mediterranean region ? Marseille - 14 to 16 October 2019.

D - Communications par affiche congrès international :

1) Saunier A, Greff S, Ormeño E, Fernandez C 2019 Leaf specialized metabolome of Quercus pubescens exposed to amplified drought. 12eme Colloque du Réseau Francophone de Métabolomique et Fluxomique - Clermont-Ferrand - 21 au 23 mai 2019.

2) Carriot N, Paix B, Greff S, Briand JF, Culioli G 2019 Annotation of new classes of lipids in the metabolome of the brown macroalga Taonia atomaria by the molecular network approach. 12eme Colloque du Réseau Francophone de Métabolomique et Fluxomique - Clermont-Ferrand - 21 au 23 mai 2019.

3) Dhaou D, Fernandez C, Greff S, Duplais C, Gros R, Baldy B,
Bousquet-Mélou A 2019 Exploring metabolic response of Avicennia germinans along a salinity gradient. Mahury, Kourou and Sinnamary estuaries, French Guyana. Mangrove, Macrobenthos and Management. 7 to 11 july 2019. Singapore.

E - Communications par affiche congrès national :

1) Carriot N, Paix B, Greff S, Briand JF, Culioli G 2019 Annotation du métabolome de la macroalgue brune Taonia atomaria par l’approche des réseaux moléculaires. 26ème Journée de la Chimie - Université de Nice Sophia-Antipolis, Valrose, Nice - 26 avril 2019.

2) Carriot N, Paix B, Greff S, Briand JF, Culioli G 2019 Annotation de nouvelles classes de glycérolipides par l’approche des réseaux moléculaires au sein du métabolome de la macroalgue brune Taonia atomaria. Réseau Français de métabolomique et Fluxomique - Clermont-Ferrand - 21 au 23 Mai 2019.

3) Saunier A, Greff S, Fernandez C, Ormeno-Lafuente E 2019 Leaf specialized metabolome of Quercus pubescens exposed to amplified drought. Réseau Français de métabolomique et Fluxomique - Clermont-Ferrand - 21 au 23 Mai 2019.

4) Saunier A, Greff S, Fernandez C, Ormeno-Lafuente E 2019 Leaf specialized metabolome of Quercus pubescens exposed to amplified drought. Journées MétaSud - Toulon - 12 au 13 Juin 2019.

5) Nakhoul J, Santonja M, Fernandez C, Greff S, Bousquet-Mélou A, Nemer N, Kattar S, Abboud J, Prévosto B. Vegetation dynamics and factors affecting natural regeneration of stone pine in Lebanon. Labex Labex OT-MED Final Conference - what kind of environmental transition for the mediterranean region ? Marseille, France, 14 au 16 octobre 2019

2018

A - Publications à comité de lecture :

1) Favre L, Ortalo-Magné A, Pichereaux C, Gargaros A, Burlet-Schiltz O, Cotelle V, Culioli G 2018 Metabolome and proteome changes between biofilm and planktonic phenotypes of the marine bacterium Pseudoalteromonas lipolytica TC8, Biofouling 34(2):132-148 (remerciements Mallabar)
DOI HAL

2) Gavinet J, Prévosto B, Bousquet-Mélou A, Gros R, Quer E, Baldy V, Fernandez C 2018 Do litter-mediated plant-soil feedbacks influence Mediterranean oak regeneration ? A two-year pot experiment. Plant and Soil 430(1-2):59-71 (remerciements Lecareux)
DOI HAL

3) Genard-Zielinski AC, Boissard C, Ormeno E, Lathiere J, Reiter I, Wortham H, Orts JP, Temime-Roussel B, Guenet B, Bartsch S, Gauquelin T, Fernandez C 2018 Seasonal variations of Quercus pubescens isoprene emissions from an in natura forest under drought stress and sensitivity to future climate change in the Mediterranean area. Biogeosciences 15(15):4711-4730 (Remerciements Lecareux, Greff)
DOI HAL

4) Reverter M, Tribalat MA, Pérez T, Thomas O 2018 Metabolome variability for two Mediterranean sponge species of the genus Haliclona : specificity, time, and space. Metabolomics 14(9):114 (remerciements greff, Mallabar)
DOI HAL

5) Santonja M, Greff S, Le Croller M, Thomas OP, Pérez T 2018 Distance interaction between marine cave-dwelling sponges and crustaceans. Marine Biology, 165:121 (Greff co-auteur, remerciements Mallabar)
DOI HAL

6) Santonja M, Foucault Q, Rancon A, Gauquelin T, Fernandez C, Baldy V, Mirleau P 2018 Contrasting responses of bacterial and fungal communities to plant litter diversity in a Mediterranean oak forest. Soil Biology and Biochemistry 125:27-36 (Remerciements Lecareux)
DOI HAL

7) Saunier A, Ormeño E, Havaux M, Wortham H, Ksas B, Temime-Roussel B, Blande J, Lecareux C, Mevy JP, Bousquet-Mélou A, Gauquelin T, Fernandez C 2018 Resistance of native oak to recurrent drought conditions simulating predicted climatic changes in the Mediterranean region. Plant Cell & Environment 41(10):2299-2312 (Remerciements Greff, Lecareux co-auteur)
DOI HAL

8) Ternon E, Pavaux AS, Marro S, Thomas OP, Lemée R 2018 Allelopathic interactions between the benthic toxic dinoflagellate Ostreopsis cf. ovata and a co-occurring diatom. Harmful Algae 75:35-44 (Remerciements Mallabar)
DOI HAL

B - Communications orales congrès international

C - Communications orales congrès national

1) Briand JF, Pollet T, Garnier C, Misson B, Réhel K, Fay F, Tunin-Ley A, Turquet J, Bressy C, Culioli G 2018 Dynamique et facteurs conditionnant la colonisation de surfaces polymères par les biofilms en milieu marin. Colloque Polymères & Océans - Montpellier (France) - janvier 2018.

2) Paix B, Othmani A, Carriot N, Debroas D, Briand JF, Culioli G 2018 Coupling metabolome and microbiome analyses for deciphering the chemical dialogue between the brown alga Taonia atomaria and its epiphytic bacterial communities. 5èmes Journées du GDR MediatEC - Rennes (France) - octobre 2018.

3) Quer E, DesRochers A, Greff S, Dupouyet S, Duval P, Lecareux C, Baldy V 2018 Study of root grafting in balsam fir Abies balsamea (L.). Journée du GDR MediaTEC - Rennes - Novembre 2018

D - Communications par affiche congrès international :

1) Bousquet-Mélou A, Baldy V, Dao Van T, Greff S, Malachin JR, Culioli G, Fernandez C 2018 Metabolomic fingerprinting of eight mangroves species from Vietnam. European Conference of Tropical Ecology - Paris (France) - March 2018.

2) Fernandez C, Dao Van T, Baldy V, de Rodez-Bénavent R, Proffit M, Bousquet-Mélou A 2018 Involvement of water soluble or volatile compounds from leaves of two mangroves Avicennia marina and Kandelia obovata in crabs’ attraction. European Conference of Tropical Ecology - Paris (France) - March 2018.

3) Ruiz C, Perez T, Thomas OP 2018 Combining metabarcoding and metabolomics to better understand the ecological success of Homoscleromorpha sponges in underwater caves. Conference of Tropical Ecology - Paris (France) - March 2018.

4) Favre L, Ortalo-Magné A, Kerloch L, Pichereaux C, Misson B, Briand JF, Garnier C, Culioli G 2018 Metabolomic and proteomic responses of the marine bacterium Pseudoalteromonas lipolytica to copper stress. 11èmes Journées Scientifiques du Réseau Francophone de Métabolomique et Fluxomique (RFMF) - Liège (Belgique) - May 2018.

5) Paix B, Othmani A, Carriot N, Debroas D, Greff S, Briand JF, Culioli G 2018 Seasonal co-variation of surface metabolome and epibacterial community of the holobiont Taonia atomaria. 11ème Journées Scientifiques du Réseau Francophone de Métabolomique et Fluxomique - Liège (Belgique) - May 2018.

6) Paix B, Othmani A, Carriot N, Debroas D, Briand JF, Culoli G 2018 Coupling metabolome and microbiome analyses for deciphering the chemical dialogue between the brown alga Taonia atomaria and its epiphytic bacterial communities. 11èmes Journées Scientifiques du Réseau Francophone de Métabolomique et Fluxomique (RFMF), Liège (Belgique) - may 2018.

7) Catao E, Pollet T, Garnier C, Misson B, Bressy C, Culioli G, Briand JF 2018 Kinetics of multi-species biofilms on artificial surfaces in static and dynamic mode using a multi-omics approach. 19th International Congress on Marine Corrosion and Fouling (ICMCF) - Melbourne (USA) - June 2018.

8) Favre L, Ortalo-Magné A, Kerloch L, Pichereaux C, Briand JF, Misson B, Garnier C, Bressy C, Culioli G 2018 Metabolomic and proteomic profiling of the marine biofilm-forming Pseudoalteromonas lipolytica response to copper stress. 19th International Congress on Marine Corrosion and Fouling (ICMCF) - Melbourne (USA) - June 2018.

9) Paix B, Othmani A, Catao E, Debroas D, Culioli G, Briand JF 2018 Seasonal covariation of epibacterial community and surface metabolome in the Mediterranean seaweed holobiont of Taonia atomaria. 19th International Congress on Marine Corrosion and Fouling (ICMCF) - Melbourne (USA) - June 2018.

10) Said Hassane C, Fouillaud M, Boyer JB, Clerc P, De Voogd N, Garayev E, Greff S, Perez T, Herbette G, Baghdikian B, Ollivier E, Dufossé L, Gauvin-Bialecki A 2018 Identification of anti-aging natural products from southwestern Indian Ocean marine sponges and their microbial symbionts. 18th European Congress on Biotechnology - Genève (Suisse) - July 2018.

11) Catao E, Pollet T, Garnier C, Misson B, Bressy C, Culioli G, Briand JF 2018 Multi-species marine biofilms selected on artificial surfaces in dynamic and/or static conditions. 17th International Symposium on Microbial Ecology - Leipzig (Germany) - August 2018.

12) Paix B, Othmani A, Catao E, Debroas D, Culioli G, Briand JF 2018 Seasonal covariation of epibacterial community and surface metabolome in the Mediterranean seaweed holobiont of Taonia atomaria. 17th International Symposium on Microbial Ecology - Leipzig (Germany) - August 2018.

13) Réveillon D, Tunin-Ley A, Turquet J, Briand JF, Culioli G 2018 A metabolomics approach to investigate the response of Navicula mollis P-91 to salinity and irradiance stresses. 18th International Conference on Harmful Algae (ICHA) - Nantes (France) - octobre 2018.

14) Andraud JP, Criquet S, Oursel B, Greff S, Woignier T, Macarie H 2018 The sixth International Symposium on Environmental Biotechnology and Engineering. Ciudad Obregon, Sonora (Mexico) - November 2018, Prix du 3eme meilleur Poster.

E - Communications par affiche congrès national :

1) Andraud JP, Criquet S, Oursel B, Greff S, Woignier T, Macarie H 2018 Essai de déchloration de la CLD par réduction chimique via un couplage Fe(II) – oxydes de Fe(III). Colloque CHLORDECONE-SANTE-ENVIRONNEMENT, (Session 1). Schoelcher, Martinique - 16 au 17 Octobre 2018.

2017

A - Publications à comité de lecture :

1) Favre L, Ortalo-Magné A, Greff S, Pérez T, Thomas O, Martin JC, Culioli G 2017 Discrimination of Four Marine Biofilm-Forming Bacteria by LC-MS Metabolomics and Influence of Culture Parameters. Journal of Proteome Research 16(5):1962-1975 (Greff co-author, remerciements Mallabar)
DOI HAL

2) Greff S, Zubia M, Payri C, Thomas OP, Pérez T 2017 Chemogeography of the red macroalgae Asparagopsis : metabolomics, bioactivity, and relation to invasiveness. Metabolomics 13:33 (Greff auteur)
DOI HAL

3) Greff S, Aires T, Serrão EA, Engelen AH, Thomas OP, Perez T 2017 The interaction between the proliferating macroalga Asparagopsis taxiformis and the coral Astroides calycularis induces changes in microbiome and metabolomic fingerprints. Scientific Reports 7:42625. (Greff author)
DOI HAL

4) Hashoum H, Santonja M, Gauquelin T, Saatkamp A, Gavinet J, Greff S, Lecareux C, Fernandez C, Bousquet-Mélou A 2017 Biotic interactions in a Mediterranean oak forest : role of allelopathy along phenological development of woody species. European Journal of Forest Research 136(4):699-710 (Greff co-author)
DOI HAL

5) Saunier A, Ormeño E, Wortham H, Temime-Roussel B, Lecareux C, Boissard C, Fernandez C 2017 Chronic Drought Decreases Anabolic and Catabolic BVOC Emissions of Quercus pubescens in a Mediterranean Forest. Frontiers in Plant Science 8:71 (Lecareux co-author)
DOI HAL

6) Saunier A, Ormeño E, Boissard C, Wortham H, Temime-Roussel B, Lecareux C, Armengaud A, Fernandez C 2017 Effect of mid-term drought on Quercus pubescens BVOCs’ emission seasonality and their dependency on light and/or temperature. Atmospheric Chemistry and Physics 17:7555-7566. (Lecareux co-auhor)
DOI HAL

7) Ternon E, Perino E, Manconi R, Pronzato R, Thomas OP 2017 How Environmental Factors Affect the Production of Guanidine Alkaloids by the Mediterranean Sponge Crambe crambe. Marine Drugs 15(6):181 (Remerciements MALLABAR)
DOI [HAL]

8) Valor T, Ormeño E, Casals P 2017 Temporal effects of prescribed burning on terpene production in Mediterranean pines. Tree Phys 37(12):1622-1636 (Remerciements Lecareux)
DOI HAL

Localisations

• SCECM site Saint-Charles
Centre Saint-Charles - Bât. Sciences Naturelles - Aile Centre Ouest
3, place Victor Hugo
13003 Marseille

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• SCECM site d’Endoume
Station marine d’Endoume - Bâtiment 4
Chemin de la Batterie des Lions
13007 Marseille

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Contacts

Responsables scientifiques
Charlotte SIMMLER (CR CNRS) - Endoume
Catherine FERNANDEZ (PR AMU) - Saint-Charles

Personnels techniques
Stéphane GREFF (IGE AMU) - Co-responsable Endoume
Caroline LECAREUX (IE AMU) - Co-responsable Saint-Charles
Sacha MOLINARI (TCN CNRS) - Endoume

Contacts
stephane.greff@imbe.fr (UHPLC-MS, Microtox)
Tél. : 04 13 94 50 33 (Endoume)

caroline.lecareux@imbe.fr (GC-MS)
Tél. : 04 13 55 12 24