Projets et programmes

par ROCHER Caroline

Mes travaux :

- Mise au point et élevage du bourgeon d’Oscarella lobularis Eponge marine : contrôle du bourgeonnement, étude du developpement du bourgeon au cours du temps.

- Mise au point de techniques de dissociation cellulaire et ré-agrégation pour étudier la fonction des gènes impliqués dans les processus morphogénétiques. Recherche bibliographique et tests.

- Développement de marqueurs cellulaires et mise au point de protocoles d’immunohistochimie dans le cadre de l’étude de la fonction des gènes impliqués aussi dans les processus de morphogenèse.

- Adaptation et mise au point de protocoles HIS (hybridation in situ) pour étudier l’expression des gènes.

- Utilisation de marqueurs génétiques (microsatellites, introns) et de préparation des individus pour le séquençage de gènes (COI, 16S, 28S, ITS) en routine pour des études de phylogénie ou de phylogéographie (éponges, cnidaires, oursins, crustacés (crevettes et mysidacés)) adaptés aux questions posées, soit pour des études de génétique des populations, soit pour des études phylogénétiques(courts projets)

- Mises au point pour préparer des échantillons avec des locus différents (marqueur COI, et introns) dans diverses espèces et populations, pour une analyse de génétique des populations via une technique de pyroséquençage 454 (société extérieure).

- Mise au point et calibration de l’extraction d’ADN de 2 modèles pour le séquençage de leur génome complet. Et préparation des tissus de ces modèles pour leur transcriptome. (génome et transcriptome réalisés par société extérieure)

Programmes de recherche : participation

• PICS CNRS StraS (2018-2020) - collaboration Franco-Australienne avec l’Université du Queensland, Brisbane-Australie, Professeur B. Degnan.

Amidex-spongex (2012-2014) - Emergence et Innovation

CIGESMED

• ANR :
- ECIMAR (2007-2010)
- Antflocks (2007-2010)
- MedChange (2003-2008)

• Réseaux d’Excellence Européens :
- Marine Genomics Europe : MGE (2003-2008) dont le projet EPIC (Exon Primed Intron Crossing)
- Marine Biology and Ecosystem Functioning : MARBEF (2004-2009) dont le projet GBIRM (marine genetics biodiversity)