SC Ecologie Chimique et Métabolomique

Responsables SC Ecologie Chimique et Métabolomique :

Stéphane GREFF
Caroline LECAREUX

Présentation du SCECM

L’écologie chimique est un domaine de recherche pluridisciplinaire qui permet d’étudier les interactions entre organismes, ainsi que les interactions organismes-environnement. Ces interactions sont médiées principalement par les métabolites spécialisés qui jouent des rôles essentiels pour la survie d’un organisme dans son milieu naturel. Ils constituent les médiateurs principaux intervenant dans les processus de communication chimique (phéromones, composés allélochimiques, composés organiques volatils) et contribuent ainsi significativement à la structuration de la biodiversité et au fonctionnement des écosystèmes. Ils participent également à la protection des organismes face aux stress environnementaux.

L’étude de la biosynthèse et de la fonction de ces molécules est primordiale dans le cadre de questions environnementales, d’écologie fonctionnelle ou encore d’écologie évolutive. Le service commun d’écologie chimique réunit un parc d’instruments complémentaires pour mener à bien ces analyses.

Ce service commun offrira aux membres de l’unité :
• des outils pour préparer et conditionner les échantillons avant analyse chimique
• des méthodes d’analyses des composés organiques dans les échantillons
• une formation aux méthodes d’analyse en routine mais aussi à l’interprétation des résultats et aux consignes d’hygiène et de sécurité en laboratoire d’analyses chimiques
• une aide au développement et à la mise en place de nouvelles méthodes.

Pour toute demande, merci de remplir la demande d’analyses jointe à la charte d’utilisation du SC, et de la transmettre à votre correspondant technique.

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Services

Les principaux outils de ce service sont :

• un appareil de chromatographie gazeuse couplé à un détecteur de spectrométrie de masse basse résolution (injection par thermodésorption avec passeur automatique : TD/GC-MS, Saint-Charles).
L’analyse par TD/GC-MS permet de caractériser les composés organiques volatils de faible polarité émis par les plantes, la litière ou le sol. Cette approche peut être appliquée aussi à des organismes aquatiques d’eau douce ou marins (e.g. phytoplancton, magnoliophytes marines).
Analyses possibles : isoprène, mono et sesquiterpènes principalement.

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• un appareil de chromatographie gazeuse couplé à un détecteur de spectrométrie de masse basse résolution (injection directe avec passeur automatique : DI/GC-MS, Saint-Charles).
Cet appareil est dédié à l’analyse des composés organiques volatils de faible polarité contenus par les organismes, la litière ou le sol.
L’analyse des PLFA (Phospholipid-derived fatty acids) permet également d’analyser la diversité bactérienne associée à des échantillons de sols (ou de feuilles).
Analyses possibles : terpénoïdes (huiles essentielles ou extraction solvant à froid), acides gras (cires cuticulaires, PLFA).

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• un appareil de chromatographie liquide ultra haute performance couplé à un spectrométre de masse haute résolution (UHPLC-QqToF, plateau technique MALLABAR, Endoume).
Premier plateau régional de métabolomique dédié à l’écologie et à l’environnement, cet équipement est aussi mutualisé avec des collaborateurs des Universités de Toulon, Nice et Galway (Irlande). L’analyse UHPLC-HRMS permet de caractériser avec une grande précision la diversité chimique contenue dans des matrices biologiques ou environnementales.
Analyses possibles : analyses métabolomiques non-ciblées (fingerprinting) ou ciblées (e.g. alcaloïdes, flavonoïdes).

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En plus de ces équipements, ce service commun réunira différents dispositifs de prélèvements permettant de capter ou d’extraire des composés (chambre de prélèvement dynamique pour COVB), de réaliser des tests écotoxicologiques (Microtox®) ou d’écologie comportementale (olfactomètres).

• systèmes de prélèvement COVs (Saint-Charles)

Trois chambres d’enfermements (1* 60L et 2* 30L) sont à disposition des équipes qui souhaiteraient réaliser des prélèvements de Composés Organiques Volatils (COVs). Les COVs sont piègés sur tubes d’adsorbant (tenaxTA/charbon actif) avant d’être analysés en TD-GC/MS.
NB : un CIRAS-3 Portable Photosynthesis System pour la mesure d’échanges gazeux (non inclus dans le service commun) peut-être mis à disposition dans le cadre de collaborations scientifiques avec DFME

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• un appareil de tests écotoxicologiques Microtox (Endoume)

L’appareil Microtox (Microbics) permet de mesurer la toxicité de composés ou d’extraits sur la bactérie marine bioluminescente Aliivibrio fischeri (test écotoxicologique standardisé). La toxicité, donnée en EC50 (μg de composé ou d’extrait par mL de solution), représente la concentration de composé/d’extrait diminuant de 50 % la bioluminescence de la bactérie après 5 min d’exposition.

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• des olfactomètres (Saint-Charles/Endoume)

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Tests d’olfaction avec des acariens Stratiolaelaps scimitus face aux odeurs de Folsomia candida. Dans le premier bras, on place un groupe de plusieurs individus de F. candida alors qu’aucun collembole ne se trouve dans le deuxième bras. L’extrémité du tube en Y (d) est reliée à une pompe à air permettant de maintenir un flux constant d’air durant toute la durée du test. Un seul individu acarien est introduit au milieu du tube en Y (c). Tests d’olfaction sur des crustacés face à des eaux de mers conditionnées à l’aide d’éponges. L’olfactomètre se compose également de deux bras en Y : (a) le premier transporte l’eau conditionnée par les éponges (matérialisé ici par la fluorescéine), (b) le deuxième transporte l’eau de mer « contrôle ». Le compartiment (c) représente le bras du dispositif contenant le flux descendant et (d) le trou d’introduction des crustacés.
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Tests d’olfaction sur des crabes face à des odeurs de feuilles de palétuviers. L’olfactomètre se compose dans ce cas de deux compartiments : (a) le premier transporte le flux d’air conditionné par les feuilles (sous la cloche), (b) l’autre transporte le flux d’air « contrôle » Tests d’olfaction sur des crabes face à des eaux de mers conditionnées à l’aide de feuilles de palétuviers. L’olfactomètre se compose comme précédemment de deux compartiments : (a) le premier transporte l’eau conditionnée par les feuilles (matérialisé ici par la fluorescéine), (b) l’autre transporte l’eau de mer « contrôle ».

Participations à Publications

Projets portés par l’IMBE
Projets portés par des Externes IMBE

2021

A - Publications à comité de lecture :

1) Carriot N, Paix B, Greff S, Viguier B, Briand JF, Culioli G 2021 Integration of LC/MS-based molecular networking and classical phytochemical approach allows in-depth annotation of the metabolome of non-model organisms - The case study of the brown seaweed Taonia atomaria. Talanta 225:121925 (Greff co-auteur)
DOI HAL

2) Hughes K, Ho R, Chazaud C, Hermitte S, Greff S, Butaud JF, Filaire E, Ranouille E, Berthon JY, Raharivelomanana P 2021 In Vitro Hair Dermal Papilla Cells Induction by Fagraea berteroana, a Tree of the Marquesan Cosmetopoeia (French Polynesia). Cosmetics 8(1):13 (Greff co-auteur)
DOI HAL

3) Aupic-Samain A, Santonja M, Chomel M, Pereira S, Quer E, Lecareux C, Limousin JM, Ourcival JM, Simioni G, Gauquelin T, Fernandez C, Baldy V 2021 Soil biota response to experimental rainfall reduction depends on the dominant tree species in mature northern Mediterranean forests. Soil Biol Biochem 154:108122 (Lecareux co-auteur)
DOI HAL

4) Mion S, Carriot N, Lopez J, Plener L, Ortalo-Magné A, Chabrière E, Culioli G, Daudé D 2021 Disrupting quorum sensing alters social interactions in Chromobacterium violaceum. NPJ Biofilms Microbiome 7(1):40 (Remerciements Greff, Mallabar)
DOI HAL

5) Paix B, Vieira C, Potin P, Leblanc C, De Clerck O, Briand JF, Culioli G 2021 French Mediterranean and Atlantic populations of the brown algal genus Taonia (Dictyotales) display differences in phylogeny, surface metabolomes and epibacterial communities. Algal Research 59:102452 (remerciements Greff, Mallabar)
DOI HAL

6) Paix B, Potin P, Schires G, Le Poupon C, Misson B, Leblanc C, Culioli G, Briand JF 2021 Synergistic effects of temperature and light affect the relationship between Taonia atomaria and its epibacterial community : a controlled conditions study. Environmental Microbiology 00(00), 00–00 (remerciements Greff).
DOI HAL

7) Paix B, Layglon N, Le Poupon C, D’Onofrio S, Misson B, Garnier C, Culioli G, Briand JF 2021 Integration of spatio-temporal variations of surface metabolomes and epibacterial communities highlights the importance of copper stress as a major factor shaping host-microbiota interactions within a Mediterranean seaweed holobiont. Microbiome 9:201 (remerciements Greff)
DOI HAL

B - Communications orales congrès international

C - Communications orales congrès national
1) Devault DA, Massat F, Greff S, Dolique F, Macarie H 2021 Suivi d’un andain-pilote de compostage de sargasses polluées par la chlordécone. GFP2021 : Congrès du Groupe Français de recherches sur les Pesticides. 27 mai 2021 (distanciel)

D - Communications par affiche congrès international :

1) Stierlin E, Ho R, Greff S, Herbette G, Raharivelomanana P 2021 Metabolomic approach using LC-MS/MS analysis and molecular networking to follow up bioactive constituents of Callophyllum inophyllum nuts during drying process. Vanguards of Natural Product Research 2021. 23rd July 2021 (distanciel)

2) Mauduit M, Greff S, Pérez T, Simmler C 2021 Exploring the diversity of brominated alkaloids naturally released by the sponge Aplysina cavernicola. XII European Confernce on Natural Products, Galway, Ireland. 30th Aug - 1st Sept 2021 (distanciel)

E - Communications par affiche congrès national :

2020

A - Publications à comité de lecture :

1) Gaubert J, Rodolfo-Metalpa R, Greff S, Thomas O, Payri C 2020 Impact of ocean acidification on the metabolome of the brown macroalgae Lobophora rosacea from New Caledonia. Algal Research 46:101783 (Greff co-auteur)
DOI HAL

2) Nakhoul J, Fernandez C, Bousquet-Mélou A, Santonja M, Greff S, Dupouyet S, Nemer N, Kattar S, Abboud J, Prevosto B 2020 Soil scarification favors natural regeneration of Pinus pinea in Lebanon forests : evidences from field and laboratory experiments. Forest Ecology and Management 459:117840 (Greff co-auteur)
DOI HAL

3) Paix B, Carriot N, Barry-Martinet R, Greff S, Misson B, Briand JF, Culioli G 2020 A multi-omics analysis suggests links between the differentiated surface metabolome and epiphytic microbiota along the thallus of a Mediterranean seaweed holobiont. Frontiers in Microbiology 11:494 (Greff co-auteur)
DOI HAL

4) Chomel M, Baldy V, Guittonny M, Greff S, DesRochers A 2020 Litter leachates have stronger impact than leaf litter on Folsomia candida fitness. Soil Biology and Biochemistry 147:107850 (Greff co-auteur)
DOI HAL

5) Viros J, Fernandez C, Wortham H, Gavinet J, Lecareux C, Ormeño E 2020 Litter of Mediterranean species as a source of volatile organic compounds. Atmospheric Environment 242:117815 (Lecareux co-auteur)
DOI HAL

6) Hughes K, Ho R, Greff S, Filaire E, Ranouille E, Chazaud C, Herbette G, Butaud JF, Berthon JY, Raharivelomanana P 2020 Hair Growth Activity of Three Plants of the Polynesian Cosmetopoeia and Their Regulatory Effect on Dermal Papilla Cells. Molecules 25(19):4360 (Greff co-auteur)
DOI HAL

B - Communications orales congrès international

C - Communications orales congrès national

D - Communications par affiche congrès international :

1) Hughes K, Ho R, Butaud JF, Greff S, Herbette G, Ranouille E, Filaire E, Berthon JY, Raharivelomanana P 2020 Molecular networks as a metabolomic tool to link traditional uses to biological activities and potential valuation of Polynesian plants. European RFMF Metabomeeting - 22 to 24 january 2020 - Toulouse

E - Communications par affiche congrès national :

2019

A - Publications à comité de lecture :

1) Gaubert J, Greff S, Thomas OP, Payri C 2019 Metabolomic variability of four macroalgal species of the genus Lobophora using diverse approaches. Phytochemistry 162:165-172 (Greff co-auteur, remerciements SCECM)
DOI HAL

2) Gavinet J, Santonja M, Baldy V, Hashoum H, Peano S, Tchong T, Gros R, Greff S, Fernandez C, Bousquet-Mélou A 2019 Phenolics of the understory shrub Cotinus coggygria as driver of Mediterranean oak forests diversity and dynamics. Forest Ecology and Management 441:262-270 (Greff co-auteur)
DOI HAL

3) Santonja M, Bousquet-Mélou A, Greff S, Ormeño E 2019 Allelopathic effects of volatile organic compounds released from Pinus halepensis needles and roots. Ecology and Evolution 9:8201-8213 (Greff co-auteur)
DOI HAL

4) Paix B, Othmani A, Debroas D, Culioli G, Briand JF 2019 Temporal covariation of epibacterial community and surface metabolome in the Mediterranean seaweed holobiont Taonia atomaria. Environmental microbiology 21:346-3363 (remerciements Mallabar)
DOI HAL

5) Romero B, Fernandez C, Lecareux C, Ormeño E, Ganteaume A 2019 How terpene content affects fuel flammability of wildland–urban interface vegetation. International Journal of Wildland Fire 28(8):614-627. (remerciements SCECM, Lecareux co-auteur)
DOI HAL

6) Santonja M, Milcu A, Fromin N, Rancon A, Shihan A, Fernandez C, Baldy V, Hättenschwiler S 2019 Temporal shifts in plant diversity effects on carbon and nitrogen dynamics in a Mediterranean shrubland exposed to reduced precipitation. Ecosystems 22:939-954. (Remerciements Lecareux)
DOI HAL

B - Communications orales congrès international

C - Communications orales congrès national

1) Quer E, DesRochers A, Greff S, Dupouyet S, Duval P, Lecareux C, Baldy V 2019 Study of root grafting in balsam fir Abies balsamea (L.). Congrès de l’Ecole Doctorale 251 - Marseille - Mars 2019

2) Saunier A, Greff S, Fernandez C, Ormeno-Lafuente E 2019 Leaf specialized metabolome of Quercus pubescens exposed to amplified drought. Journées MétaSud - Toulon - 12 et 13 Juin 2019.

3) Longeard P, Lecareux C 2019 Le contenu en composés organiques volatils varie-t-il en réponse à l’adaptation des espèces au changement de régime de feu ? Journées MétaSud - Toulon - 12 et 13 Juin 2019.

4) Carriot N, Paix B, Greff S, Briand JF, Culioli G 2019 Utilisation de l’approche des réseaux moléculaires pour l’annotation du métabolome de la macroalgue brune Taonia atomaria. Journées MetaSUD - Toulon - 12 et 13 juin 2019.

5) Pereira S, Quer E, Santonja M, Gauquelin T, Simioni G, Ourcival JM, Joffre R, Limousin JM, Aupic-Samain A, Greff S, Lecareux C, Dupouyet S, Orts JP, Reiter I, Bousquet-Mélou A, Gros R, Sagova-Mareckova M, Fernandez C, Baldy V 2019 Climate change alters leaf litter chemistry, slowdowns litter decomposition and modifies “Home field advantage” in three Mediterranean forests. Final Conference OTMED - what kind of environmental transition for the mediterranean region ? Marseille - 14 to 16 October 2019.

D - Communications par affiche congrès international :

1) Saunier A, Greff S, Ormeño E, Fernandez C 2019 Leaf specialized metabolome of Quercus pubescens exposed to amplified drought. 12eme Colloque du Réseau Francophone de Métabolomique et Fluxomique - Clermont-Ferrand - 21 au 23 mai 2019.

2) Carriot N, Paix B, Greff S, Briand JF, Culioli G 2019 Annotation of new classes of lipids in the metabolome of the brown macroalga Taonia atomaria by the molecular network approach. 12eme Colloque du Réseau Francophone de Métabolomique et Fluxomique - Clermont-Ferrand - 21 au 23 mai 2019.

3) Dhaou D, Fernandez C, Greff S, Duplais C, Gros R, Baldy B,
Bousquet-Mélou A 2019 Exploring metabolic response of Avicennia germinans along a salinity gradient. Mahury, Kourou and Sinnamary estuaries, French Guyana. Mangrove, Macrobenthos and Management. 7 to 11 july 2019. Singapore.

E - Communications par affiche congrès national :

1) Carriot N, Paix B, Greff S, Briand JF, Culioli G 2019 Annotation du métabolome de la macroalgue brune Taonia atomaria par l’approche des réseaux moléculaires. 26ème Journée de la Chimie - Université de Nice Sophia-Antipolis, Valrose, Nice - 26 avril 2019.

2) Carriot N, Paix B, Greff S, Briand JF, Culioli G 2019 Annotation de nouvelles classes de glycérolipides par l’approche des réseaux moléculaires au sein du métabolome de la macroalgue brune Taonia atomaria. Réseau Français de métabolomique et Fluxomique - Clermont-Ferrand - 21 au 23 Mai 2019.

3) Saunier A, Greff S, Fernandez C, Ormeno-Lafuente E 2019 Leaf specialized metabolome of Quercus pubescens exposed to amplified drought. Réseau Français de métabolomique et Fluxomique - Clermont-Ferrand - 21 au 23 Mai 2019.

4) Saunier A, Greff S, Fernandez C, Ormeno-Lafuente E 2019 Leaf specialized metabolome of Quercus pubescens exposed to amplified drought. Journées MétaSud - Toulon - 12 au 13 Juin 2019.

2018

A - Publications à comité de lecture :

1) Favre L, Ortalo-Magné A, Pichereaux C, Gargaros A, Burlet-Schiltz O, Cotelle V, Culioli G 2018 Metabolome and proteome changes between biofilm and planktonic phenotypes of the marine bacterium Pseudoalteromonas lipolytica TC8, Biofouling 34(2):132-148 (remerciements Mallabar)
DOI HAL

2) Gavinet J, Prévosto B, Bousquet-Mélou A, Gros R, Quer E, Baldy V, Fernandez C 2018 Do litter-mediated plant-soil feedbacks influence Mediterranean oak regeneration ? A two-year pot experiment. Plant and Soil 430(1-2):59-71 (remerciements Lecareux)
DOI HAL

3) Genard-Zielinski AC, Boissard C, Ormeno E, Lathiere J, Reiter I, Wortham H, Orts JP, Temime-Roussel B, Guenet B, Bartsch S, Gauquelin T, Fernandez C 2018 Seasonal variations of Quercus pubescens isoprene emissions from an in natura forest under drought stress and sensitivity to future climate change in the Mediterranean area. Biogeosciences 15(15):4711-4730 (Remerciements Lecareux, Greff)
DOI HAL

4) Reverter M, Tribalat MA, Pérez T, Thomas O 2018 Metabolome variability for two Mediterranean sponge species of the genus Haliclona : specificity, time, and space. Metabolomics 14(9):114 (remerciements Mallabar)
DOI HAL

5) Santonja M, Greff S, Le Croller M, Thomas OP, Pérez T 2018 Distance interaction between marine cave-dwelling sponges and crustaceans. Marine Biology, 165:121 (Greff co-auteur, remerciements Mallabar)
DOI HAL

6) Santonja M, Foucault Q, Rancon A, Gauquelin T, Fernandez C, Baldy V, Mirleau P 2018 Contrasting responses of bacterial and fungal communities to plant litter diversity in a Mediterranean oak forest. Soil Biology and Biochemistry 125:27-36 (Remerciements Lecareux)
DOI HAL

7) Saunier A, Ormeño E, Havaux M, Wortham H, Ksas B, Temime-Roussel B, Blande J, Lecareux C, Mevy JP, Bousquet-Mélou A, Gauquelin T, Fernandez C 2018 Resistance of native oak to recurrent drought conditions simulating predicted climatic changes in the Mediterranean region. Plant Cell & Environment 41(10):2299-2312 (Remerciements Greff, Lecareux co-auteur)
DOI HAL

8) Ternon E, Pavaux AS, Marro S, Thomas OP, Lemée R 2018 Allelopathic interactions between the benthic toxic dinoflagellate Ostreopsis cf. ovata and a co-occurring diatom. Harmful Algae 75:35-44 (Remerciements Mallabar)
DOI HAL

B - Communications orales congrès international

C - Communications orales congrès national

1) Briand JF, Pollet T, Garnier C, Misson B, Réhel K, Fay F, Tunin-Ley A, Turquet J, Bressy C, Culioli G 2018 Dynamique et facteurs conditionnant la colonisation de surfaces polymères par les biofilms en milieu marin. Colloque Polymères & Océans - Montpellier (France) - janvier 2018.

2) Paix B, Othmani A, Carriot N, Debroas D, Briand JF, Culioli G 2018 Coupling metabolome and microbiome analyses for deciphering the chemical dialogue between the brown alga Taonia atomaria and its epiphytic bacterial communities. 5èmes Journées du GDR MediatEC - Rennes (France) - octobre 2018.

3) Quer E, DesRochers A, Greff S, Dupouyet S, Duval P, Lecareux C, Baldy V 2018 Study of root grafting in balsam fir Abies balsamea (L.). Journée du GDR MediaTEC - Rennes - Novembre 2018

D - Communications par affiche congrès international :

1) Paix B, Othmani A, Carriot N, Debroas D, Briand JF, Culoli G 2018 Coupling metabolome and microbiome analyses for deciphering the chemical dialogue between the brown alga Taonia atomaria and its epiphytic bacterial communities. 11èmes Journées Scientifiques du Réseau Francophone de Métabolomique et Fluxomique (RFMF), Liège (Belgique) - may 2018.

2) Favre L, Ortalo-Magné A, Kerloch L, Pichereaux C, Briand JF, Misson B, Garnier C, Bressy C, Culioli G 2018 Metabolomic and proteomic profiling of the marine biofilm-forming Pseudoalteromonas lipolytica response to copper stress. 19th International Congress on Marine Corrosion and Fouling (ICMCF) - Melbourne (USA) - June 2018.

3) Paix B, Othmani A, Catao E, Debroas D, Culioli G, Briand JF 2018 Seasonal covariation of epibacterial community and surface metabolome in the Mediterranean seaweed holobiont of Taonia atomaria. 19th International Congress on Marine Corrosion and Fouling (ICMCF) - Melbourne (USA) - June 2018.

4) Said Hassane C, Fouillaud M, Boyer JB, Clerc P, De Voogd N, Garayev E, Greff S, Perez T, Herbette G, Baghdikian B, Ollivier E, Dufossé L, Gauvin-Bialecki A 2018 Identification of anti-aging natural products from southwestern Indian Ocean marine sponges and their microbial symbionts. 18th European Congress on Biotechnology - Genève (Suisse) - July 2018.

5) Catao E, Pollet T, Garnier C, Misson B, Bressy C, Culioli G, Briand JF 2018 Multi-species marine biofilms selected on artificial surfaces in dynamic and/or static conditions. 17th International Symposium on Microbial Ecology - Leipzig (Germany) - August 2018.

6) Paix B, Othmani A, Catao E, Debroas D, Culioli G, Briand JF 2018 Seasonal covariation of epibacterial community and surface metabolome in the Mediterranean seaweed holobiont of Taonia atomaria. 17th International Symposium on Microbial Ecology - Leipzig (Germany) - August 2018.

7) Réveillon D, Tunin-Ley A, Turquet J, Briand JF, Culioli G 2018 A metabolomics approach to investigate the response of Navicula mollis P-91 to salinity and irradiance stresses. 18th International Conference on Harmful Algae (ICHA) - Nantes (France) - octobre 2018.

8) Andraud JP, Criquet S, Oursel B, Greff S, Woignier T, Macarie H 2018 The sixth International Symposium on Environmental Biotechnology and Engineering. Ciudad Obregon, Sonora (Mexico) - November 2018, Prix du 3eme meilleur Poster.

E - Communications par affiche congrès national :

1) Andraud JP, Criquet S, Oursel B, Greff S, Woignier T, Macarie H 2018 Essai de déchloration de la CLD par réduction chimique via un couplage Fe(II) – oxydes de Fe(III). Colloque CHLORDECONE-SANTE-ENVIRONNEMENT, (Session 1). Schoelcher, Martinique - 16 au 17 Octobre 2018.

1) Bousquet-Mélou A, Baldy V, Dao Van T, Greff S, Malachin JR, Culioli G, Fernandez C 2018 Metabolomic fingerprinting of eight mangroves species from Vietnam. European Conference of Tropical Ecology - Paris (France) - March 2018.

2) Fernandez C, Dao Van T, Baldy V, de Rodez-Bénavent R, Proffit M, Bousquet-Mélou A 2018 Involvement of water soluble or volatile compounds from leaves of two mangroves Avicennia marina and Kandelia obovata in crabs’ attraction. European Conference of Tropical Ecology - Paris (France) - March 2018.

3) Ruiz C, Perez T, Thomas OP 2018 Combining metabarcoding and metabolomics to better understand the ecological success of Homoscleromorpha sponges in underwater caves. Conference of Tropical Ecology - Paris (France) - March 2018.

4) Favre L, Ortalo-Magné A, Kerloch L, Pichereaux C, Misson B, Briand JF, Garnier C, Culioli G 2018 Metabolomic and proteomic responses of the marine bacterium Pseudoalteromonas lipolytica to copper stress. 11èmes Journées Scientifiques du Réseau Francophone de Métabolomique et Fluxomique (RFMF) - Liège (Belgique) - May 2018.

5) Paix B, Othmani A, Carriot N, Debroas D, Greff S, Briand JF, Culioli G 2018 Seasonal co-variation of surface metabolome and epibacterial community of the holobiont Taonia atomaria. 11ème Journées Scientifiques du Réseau Francophone de Métabolomique et Fluxomique - Liège (Belgique) - May 2018

6) Catao E, Pollet T, Garnier C, Misson B, Bressy C, Culioli G, Briand JF 2018 Kinetics of multi-species biofilms on artificial surfaces in static and dynamic mode using a multi-omics approach. 19th International Congress on Marine Corrosion and Fouling (ICMCF) - Melbourne (USA) - June 2018.

2017

A - Publications à comité de lecture :

1) Favre L, Ortalo-Magné A, Greff S, Pérez T, Thomas O, Martin JC, Culioli G 2017 Discrimination of Four Marine Biofilm-Forming Bacteria by LC-MS Metabolomics and Influence of Culture Parameters. Journal of Proteome Research 16(5):1962-1975 (Greff co-author, Remerciements Mallabar)
DOI HAL

2) Greff S, Zubia M, Payri C, Thomas OP, Pérez T 2017 Chemogeography of the red macroalgae Asparagopsis : metabolomics, bioactivity, and relation to invasiveness. Metabolomics 13:33 (Greff auteur)
DOI HAL

3) Greff S, Aires T, Serrão EA, Engelen AH, Thomas OP, Perez T 2017 The interaction between the proliferating macroalga Asparagopsis taxiformis and the coral Astroides calycularis induces changes in microbiome and metabolomic fingerprints. Scientific Reports 7:42625. (Greff author)
DOI HAL

4) Hashoum H, Santonja M, Gauquelin T, Saatkamp A, Gavinet J, Greff S, Lecareux C, Fernandez C, Bousquet-Mélou A 2017 Biotic interactions in a Mediterranean oak forest : role of allelopathy along phenological development of woody species. European Journal of Forest Research 136(4):699-710 (Greff Co-author)
DOI HAL

5) Saunier A, Ormeño E, Wortham H, Temime-Roussel B, Lecareux C, Boissard C, Fernandez C 2017 Chronic Drought Decreases Anabolic and Catabolic BVOC Emissions of Quercus pubescens in a Mediterranean Forest. Frontiers in Plant Science 8:71 (Lecareux co-author)
DOI HAL

6) Saunier A, Ormeño E, Boissard C, Wortham H, Temime-Roussel B, Lecareux C, Armengaud A, Fernandez C 2017 Effect of mid-term drought on Quercus pubescens BVOCs’ emission seasonality and their dependency on light and/or temperature. Atmospheric Chemistry and Physics 17:7555-7566. (Lecareux co-auhor)
DOI HAL

7) Valor T, Ormeño E, Casals P 2017 Temporal effects of prescribed burning on terpene production in Mediterranean pines. Tree Phys 37(12):1622-1636 (Remerciements Lecareux)
DOI HAL

Localisations

• SCECM site Saint-Charles
Centre Saint-Charles - Bât. Sciences Naturelles - Aile Centre Ouest
3, place Victor Hugo
13003 Marseille

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• SCECM site d’Endoume
Station marine d’Endoume - Bâtiment 4
Chemin de la Batterie des Lions
13007 Marseille

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Contacts

Responsables scientifiques
Charlotte SIMMLER (CR CNRS) - Endoume
Catherine FERNANDEZ (PR AMU) - Saint-Charles

Personnels techniques
Stéphane GREFF (IGE AMU) - Co-responsable Endoume
Caroline LECAREUX (IE AMU) - Co-responsable Saint-Charles
Sacha MOLINARI (TCN CNRS) - Endoume

Contacts
stephane.greff@imbe.fr (UHPLC-MS, Microtox)
Tél. : 04 13 94 50 33 (Endoume)

caroline.lecareux@imbe.fr (GC-MS)
Tél. : 04 13 55 12 24